test/jalview/io/BackupFilesTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.Sequence;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.AlignFrame;
   8 import jalview.gui.JvOptionPane;
   9
  10 import java.io.File;
  11 import java.io.IOException;
  12 import java.nio.file.Files;
  13 import java.nio.file.Path;
  14 import java.nio.file.Paths;
  15 import java.util.Arrays;
  16 import java.util.Collections;
  17 import java.util.Enumeration;
  18 import java.util.HashMap;
  19 import java.util.List;
  20 import java.util.TreeMap;
  21
  22 import org.testng.Assert;
  23 import org.testng.annotations.AfterClass;
  24 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  25 import org.testng.annotations.Test;
  26
  27 public class BackupFilesTest
  28 {
  29   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  30   public void setUpJvOptionPane()
  31   {
  32     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  33     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  34   }
  35
  36   private static boolean actuallyDeleteTmpFiles = true;
  37   private static String testDir = "examples";
  38
  39   private static String testBasename = "backupfilestest";
  40
  41   private static String testExt = ".fa";
  42
  43   private static String testFilename = testBasename + testExt;
  44
  45
  46   private static String testFile = testDir + File.separatorChar
  47           + testFilename;
  48
  49   private static String newBasename = testBasename + "Temp";
  50
  51   private static String newFilename = newBasename + testExt;
  52
  53   private static String newFile = testDir + File.separatorChar
  54           + newFilename;
  55
  56   private static String sequenceName = "BACKUP_FILES";
  57
  58   private static String sequenceDescription = "backupfiles";
  59
  60   private static String sequenceData = "AAAARG";
  61
  62   private static String suffix = "_BACKUPTEST-%n";
  63
  64   private static int digits = 8;
  65
  66   private static int rollMax = 2;
  67
  68   private AlignFrame af;
  69
  70   // read and save with backupfiles disabled
  71   @Test(groups = { "Functional" })
  72   public void noBackupsEnabledTest() throws Exception
  73   {
  74     // set BACKUPFILES_ENABLED to false (i.e. turn off BackupFiles feature -- no
  75     // backup files to be made when saving)
  76     setBackupFilesOptions(false, true, true);
  77
  78     // init the newFile and backups (i.e. make sure newFile exists on its own
  79     // and has no backups
  80     initNewFileForTesting();
  81
  82     // now save again
  83     save();
  84
  85     // check no backup files
  86     File[] backupFiles = getBackupFiles();
  87     Assert.assertTrue(backupFiles.length == 0);
  88   }
  89
  90   // save keeping all backup files
  91   @Test(groups = { "Functional" })
  92   public void backupsEnabledNoRollMaxTest() throws Exception
  93   {
  94     // Enable BackupFiles and set noMax so all backupfiles get kept
  95     setBackupFilesOptions(true, false, true);
  96
  97     // init the newFile and backups (i.e. make sure newFile exists on its own
  98     // and has no backups)
  99     initNewFileForTesting();
 100
 101     // now save a few times again. No rollMax so should have more than two
 102     // backup files
 103     int numSaves = 10;
 104     for (int i = 0; i < numSaves; i++)
 105     {
 106       save();
 107     }
 108
 109     // check 10 backup files
 110     HashMap correctindexmap = new HashMap();
 111     correctindexmap.put(1, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000001");
 112     correctindexmap.put(2, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000002");
 113     correctindexmap.put(3, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000003");
 114     correctindexmap.put(4, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000004");
 115     correctindexmap.put(5, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000005");
 116     correctindexmap.put(6, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000006");
 117     correctindexmap.put(7, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000007");
 118     correctindexmap.put(8, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000008");
 119     correctindexmap.put(9, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000009");
 120     correctindexmap.put(10, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000010");
 121     HashMap wrongindexmap = new HashMap();
 122     wrongindexmap.put(1, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-1");
 123     wrongindexmap.put(2, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000002");
 124     wrongindexmap.put(3, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000003");
 125     wrongindexmap.put(4, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000004");
 126     wrongindexmap.put(5, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000005");
 127     wrongindexmap.put(6, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000006");
 128     wrongindexmap.put(7, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000007");
 129     wrongindexmap.put(8, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000008");
 130     wrongindexmap.put(9, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000009");
 131     wrongindexmap.put(10, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000010");
 132     int[] indexes2 = { 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 };
 133     int[] indexes3 = { 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 };
 134     Assert.assertTrue(checkBackupFiles(correctindexmap));
 135     Assert.assertFalse(checkBackupFiles(wrongindexmap));
 136     Assert.assertFalse(checkBackupFiles(indexes2));
 137     Assert.assertFalse(checkBackupFiles(indexes3));
 138   }
 139
 140   // save keeping only the last rollMax (2) backup files
 141   @Test(groups = { "Functional" })
 142   public void backupsEnabledRollMaxTest() throws Exception
 143   {
 144     // Enable BackupFiles and set noMax so all backupfiles get kept
 145     setBackupFilesOptions(true, false, false);
 146
 147     // init the newFile and backups (i.e. make sure newFile exists on its own
 148     // and has no backups)
 149     initNewFileForTesting();
 150
 151     // now save a few times again. No rollMax so should have more than two
 152     // backup files
 153     int numSaves = 10;
 154     for (int i = 0; i < numSaves; i++)
 155     {
 156       save();
 157     }
 158
 159     // check there are "rollMax" backup files and they are all saved correctly
 160     // check 10 backup files
 161     HashMap correctindexmap = new HashMap();
 162     correctindexmap.put(9, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000009");
 163     correctindexmap.put(10, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000010");
 164     int[] indexes2 = { 10 };
 165     int[] indexes3 = { 8, 9, 10 };
 166     Assert.assertTrue(checkBackupFiles(correctindexmap));
 167     Assert.assertFalse(checkBackupFiles(indexes2));
 168     Assert.assertFalse(checkBackupFiles(indexes3));
 169   }
 170
 171   // save keeping only the last rollMax (2) backup files
 172   @Test(groups = { "Functional" })
 173   public void backupsEnabledReverseRollMaxTest() throws Exception
 174   {
 175     // Enable BackupFiles and set noMax so all backupfiles get kept
 176     setBackupFilesOptions(true, true, false);
 177
 178     // init the newFile and backups (i.e. make sure newFile exists on its own
 179     // and has no backups)
 180     initNewFileForTesting();
 181
 182     // now save a few times again. No rollMax so should have more than two
 183     // backup files
 184     int numSaves = 10;
 185     for (int i = 0; i < numSaves; i++)
 186     {
 187       save();
 188     }
 189
 190     // check there are "rollMax" backup files and they are all saved correctly
 191     // check 10 backup files
 192     HashMap correctindexmap = new HashMap();
 193     correctindexmap.put(1, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000001");
 194     correctindexmap.put(2, "backupfilestestTemp.fa_BACKUPTEST-00000002");
 195     int[] indexes2 = { 1 };
 196     int[] indexes3 = { 1, 2, 3 };
 197     Assert.assertTrue(checkBackupFiles(correctindexmap));
 198     Assert.assertFalse(checkBackupFiles(indexes2));
 199     Assert.assertFalse(checkBackupFiles(indexes3));
 200   }
 201
 202   private void setBackupFilesOptions()
 203   {
 204     setBackupFilesOptions(true, false, false);
 205   }
 206
 207   private void setBackupFilesOptions(boolean enabled, boolean reverse,
 208           boolean noMax)
 209   {
 210     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 211
 212     Cache.applicationProperties.setProperty(BackupFiles.ENABLED,
 213             Boolean.toString(enabled));
 214     Cache.applicationProperties.setProperty(BackupFiles.SUFFIX, suffix);
 215     Cache.applicationProperties.setProperty(BackupFiles.SUFFIX_DIGITS,
 216             Integer.toString(digits));
 217     Cache.applicationProperties.setProperty(BackupFiles.REVERSE_ORDER,
 218             Boolean.toString(reverse));
 219     Cache.applicationProperties.setProperty(BackupFiles.NO_MAX,
 220             Boolean.toString(noMax));
 221     Cache.applicationProperties.setProperty(BackupFiles.ROLL_MAX,
 222             Integer.toString(rollMax));
 223     Cache.applicationProperties.setProperty(BackupFiles.CONFIRM_DELETE_OLD,
 224             "false");
 225   }
 226
 227   private void save()
 228   {
 229     if (af != null)
 230     {
 231     af.saveAlignment(newFile, jalview.io.FileFormat.Fasta);
 232     }
 233   }
 234
 235   // this runs cleanTmpFiles and then writes the newFile once as a starting
 236   // point for all tests
 237   private void initNewFileForTesting() throws Exception
 238   {
 239     cleanupTmpFiles();
 240
 241     AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 242     AlignmentI al = afa.readFile(testFile, DataSourceType.FILE,
 243             jalview.io.FileFormat.Fasta);
 244     List<SequenceI> l = al.getSequences();
 245
 246     // check this is right
 247     if (l.size() != 1)
 248     {
 249       throw new Exception("single sequence from '" + testFile
 250               + "' not read in correctly (should be a single short sequence). List<SequenceI> size is wrong.");
 251     }
 252     SequenceI s = l.get(0);
 253     Sequence ref = new Sequence(sequenceName, sequenceData);
 254     ref.setDescription(sequenceDescription);
 255     if (!sequencesEqual(s, ref))
 256     {
 257       throw new Exception("single sequence from '" + testFile
 258               + "' not read in correctly (should be a single short sequence). SequenceI name, description or data is wrong.");
 259     }
 260     // save alignment file to new filename -- this doesn't test backups disabled
 261     // yet as this file shouldn't already exist
 262     af = new AlignFrame(al, 0, 0);
 263     af.saveAlignment(newFile, jalview.io.FileFormat.Fasta);
 264   }
 265
 266   // this deletes the newFile (if it exists) and any saved backup file for it
 267   @AfterClass(alwaysRun = true)
 268   private void cleanupTmpFiles()
 269   {
 270     File newfile = new File(newFile);
 271     if (newfile.exists())
 272     {
 273       newfile.delete();
 274     }
 275     File[] tmpFiles = getBackupFiles(newFile, suffix, digits);
 276     for (int i = 0; i < tmpFiles.length; i++)
 277     {
 278       if (actuallyDeleteTmpFiles)
 279       {
 280         tmpFiles[i].delete();
 281       }
 282       else
 283       {
 284         System.out.println("Pretending to delete " + tmpFiles[i].getPath());
 285       }
 286     }
 287   }
 288
 289   private static File[] getBackupFiles(String f, String s, int i)
 290   {
 291     TreeMap<Integer, File> bfTreeMap = BackupFiles.getBackupFilesAsTreeMap(f,
 292             s, i);
 293     File[] backupFiles = new File[bfTreeMap.size()];
 294     bfTreeMap.values().toArray(backupFiles);
 295     return backupFiles;
 296   }
 297
 298   private static File[] getBackupFiles()
 299   {
 300     return getBackupFiles(newFile, suffix, digits);
 301   }
 302
 303   private static boolean checkBackupFiles(HashMap<Integer, String> indexmap)
 304           throws IOException
 305   {
 306     TreeMap<Integer, File> map = BackupFiles.getBackupFilesAsTreeMap(newFile,
 307             suffix, digits);
 308     Enumeration<Integer> indexesenum = Collections
 309             .enumeration(indexmap.keySet());
 310     while (indexesenum.hasMoreElements())
 311     {
 312       int i = indexesenum.nextElement();
 313       String indexfilename = indexmap.get(i);
 314       if (!map.containsKey(i))
 315       {
 316         return false;
 317       }
 318       File f = map.get(i);
 319       if (!filesContentEqual(newFile, f.getPath()))
 320       {
 321         return false;
 322       }
 323       map.remove(i);
 324       if (f == null)
 325       {
 326         return false;
 327       }
 328       if (!f.getName().equals(indexfilename))
 329       {
 330         return false;
 331       }
 332     }
 333     // should be nothing left in map
 334     if (map.size() > 0)
 335     {
 336       return false;
 337     }
 338
 339     return true;
 340   }
 341
 342   private static boolean checkBackupFiles(int[] indexes) throws IOException
 343   {
 344     TreeMap<Integer, File> map = BackupFiles.getBackupFilesAsTreeMap(newFile,
 345             suffix, digits);
 346     for (int m = 0; m < indexes.length; m++)
 347     {
 348       int i = indexes[m];
 349       if (!map.containsKey(i))
 350       {
 351         return false;
 352       }
 353       File f = map.get(i);
 354       if (!filesContentEqual(newFile, f.getPath()))
 355       {
 356         return false;
 357       }
 358       map.remove(i);
 359       if (f == null)
 360       {
 361         return false;
 362       }
 363       // check the filename -- although this uses the same code to forumulate the filename so not much of a test!
 364       String filename = BackupFilenameParts.getBackupFilename(i,
 365               newBasename + testExt, suffix, digits);
 366       if (!filename.equals(f.getName()))
 367       {
 368         System.out.println("Supposed filename '" + filename
 369                 + "' not equal to actual filename '" + f.getName() + "'");
 370         return false;
 371       }
 372     }
 373     // should be nothing left in map
 374     if (map.size() > 0)
 375     {
 376       return false;
 377     }
 378
 379     return true;
 380   }
 381
 382   private static String[] getBackupFilesAsStrings()
 383   {
 384     File[] files = getBackupFiles(newFile, suffix, digits);
 385     String[] filenames = new String[files.length];
 386     for (int i = 0; i < files.length; i++)
 387     {
 388       filenames[i] = files[i].getPath();
 389     }
 390     return filenames;
 391   }
 392
 393   public static boolean sequencesEqual(SequenceI s1, SequenceI s2) {
 394     if (s1 == null && s2 == null) {
 395       return true;
 396     } else if (s1 == null || s2 == null) {
 397       return false;
 398     }
 399     return (s1.getName().equals(s2.getName())
 400             && s1.getDescription().equals(s2.getDescription())
 401             && Arrays.equals(s1.getSequence(), s2.getSequence()));
 402   }
 403
 404   public static boolean filesContentEqual(String fileName1,
 405           String fileName2) throws IOException
 406   {
 407     Path file1 = Paths.get(fileName1);
 408     Path file2 = Paths.get(fileName2);
 409     byte[] bytes1 = Files.readAllBytes(file1);
 410     byte[] bytes2 = Files.readAllBytes(file2);
 411     return Arrays.equals(bytes1, bytes2);
 412   }
 413
 414 }