test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.gui.JvOptionPane;
  24 import jalview.json.binding.biojs.BioJSReleasePojo;
  25 import jalview.json.binding.biojs.BioJSRepositoryPojo;
  26
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.net.MalformedURLException;
  30 import java.net.URISyntaxException;
  31 import java.net.URL;
  32 import java.net.URLConnection;
  33 import java.util.TreeMap;
  34
  35 import org.testng.Assert;
  36 import org.testng.AssertJUnit;
  37 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  38 import org.testng.annotations.Test;
  39
  40 public class BioJsHTMLOutputTest
  41 {
  42
  43   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  44   public void setUpJvOptionPane()
  45   {
  46     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  47     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  48   }
  49
  50   @Test(groups = { "Functional" })
  51   public void getJalviewAlignmentAsJsonString()
  52   {
  53     String bjsTemplate = null;
  54     try
  55     {
  56       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
  57       try
  58       {
  59         // allow the update some three seconds to complete before getting latest
  60         // version of BioJS template
  61         Thread.sleep(1000 * 3);
  62       } catch (InterruptedException e)
  63       {
  64         e.printStackTrace();
  65       }
  66       bjsTemplate = HTMLOutput.readFileAsString(BioJsHTMLOutput
  67               .getCurrentBJSTemplateFile());
  68       // System.out.println(bjsTemplate);
  69     } catch (IOException e)
  70     {
  71       e.printStackTrace();
  72     }
  73     Assert.assertNotNull(bjsTemplate);
  74   }
  75
  76   @Test(
  77     groups = { "Functional" },
  78     expectedExceptions = NullPointerException.class)
  79   public void expectedNullPointerException()
  80   {
  81     try
  82     {
  83       BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(null);
  84     } catch (URISyntaxException e)
  85     {
  86       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  87       e.printStackTrace();
  88     }
  89   }
  90
  91   @Test(groups = { "Functional" })
  92   public void getBioJsMSAVersions()
  93   {
  94     TreeMap<String, File> versions = null;
  95     try
  96     {
  97       BioJsHTMLOutput
  98               .refreshVersionInfo(BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
  99       versions = BioJsHTMLOutput.getBioJsMSAVersions();
 100     } catch (URISyntaxException e)
 101     {
 102       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
 103       e.printStackTrace();
 104     }
 105     AssertJUnit.assertNotNull("No versions found", versions);
 106     AssertJUnit.assertTrue("One or more Templates required",
 107             versions.size() > 0);
 108     System.out
 109             .println("Number of discovered versions : " + versions.size());
 110     for (String v : versions.keySet())
 111     {
 112       System.out.println("version : " + v);
 113       System.out.println("File : " + versions.get(v));
 114     }
 115
 116     System.out.println("\nCurrent latest version : "
 117             + BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
 118     AssertJUnit.assertNotNull("Latest BioJsMSA version NOT found!",
 119             BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
 120
 121   }
 122
 123   @Test(groups = { "Network" })
 124   public void testBioJsUpdate()
 125   {
 126     String url = BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATE_GIT_REPO;
 127     AssertJUnit
 128             .assertTrue("URL not reacable : " + url, urlIsReachable(url));
 129     String response = BioJsHTMLOutput.getURLContentAsString(url);
 130     AssertJUnit.assertNotNull("Null response read from url!", response);
 131     BioJSRepositoryPojo repository = new BioJSRepositoryPojo(response);
 132     System.out.println(">>> description : " + repository.getDescription());
 133     System.out.println(">>> latest version : "
 134             + repository.getLatestReleaseVersion());
 135     System.out.println(">>> repo count : "
 136             + repository.getReleases().size());
 137     for (BioJSReleasePojo release : repository.getReleases())
 138     {
 139       System.out.println("repo type : " + release.getType());
 140       System.out.println("url : " + release.getUrl());
 141       System.out.println("release version : " + release.getVersion());
 142     }
 143   }
 144
 145   private static boolean urlIsReachable(String urlString)
 146   {
 147     try
 148     {
 149       final URL url = new URL(urlString);
 150       final URLConnection conn = url.openConnection();
 151       conn.connect();
 152       return true;
 153     } catch (MalformedURLException e)
 154     {
 155       throw new RuntimeException(e);
 156     } catch (IOException e)
 157     {
 158       return false;
 159     }
 160   }
 161 }