test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.json.binding.v1.BioJSReleasePojo;
   4 import jalview.json.binding.v1.BioJSRepositoryPojo;
   5
   6 import java.io.File;
   7 import java.io.IOException;
   8 import java.net.MalformedURLException;
   9 import java.net.URISyntaxException;
  10 import java.net.URL;
  11 import java.net.URLConnection;
  12 import java.util.TreeMap;
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  14 import org.junit.Assert;
  15 import org.junit.Test;
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  18 public class BioJsHTMLOutputTest
  19 {
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  21   @Test
  22   public void getJalviewAlignmentAsJsonString()
  23   {
  24     BioJsHTMLOutput bioJsHtmlOutput = new BioJsHTMLOutput(null, null);
  25     String bjsTemplate = null;
  26     try
  27     {
  28       bioJsHtmlOutput.updateBioJS();
  29       try
  30       {
  31         // allow the update some three seconds to complete before getting latest
  32         // version of BioJS template
  33         Thread.sleep(1000 * 3);
  34       } catch (InterruptedException e)
  35       {
  36         e.printStackTrace();
  37       }
  38       bjsTemplate = BioJsHTMLOutput.getBioJsTemplateAsString();
  39       // System.out.println(bjsTemplate);
  40     } catch (IOException e)
  41     {
  42       e.printStackTrace();
  43     }
  44     Assert.assertNotNull(bjsTemplate);
  45   }
  46
  47   @Test(expected = NullPointerException.class)
  48   public void expectedNullPointerException()
  49   {
  50     BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(null, null);
  51     try
  52     {
  53       bjs.refreshBioJSVersionsInfo(null);
  54     } catch (URISyntaxException e)
  55     {
  56       Assert.fail("Expception occured while testing!");
  57       e.printStackTrace();
  58     }
  59   }
  60
  61   @Test
  62   public void getBioJsMSAVersions()
  63   {
  64     BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(null, null);
  65     TreeMap<String, File> versions = null;
  66     try
  67     {
  68       bjs.refreshBioJSVersionsInfo(BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
  69       versions = BioJsHTMLOutput.getBioJsMSAVersions();
  70     } catch (URISyntaxException e)
  71     {
  72       Assert.fail("Expception occured while testing!");
  73       e.printStackTrace();
  74     }
  75     Assert.assertNotNull("No versions found", versions);
  76     Assert.assertTrue("One or more Templates required", versions.size() > 0);
  77     System.out
  78             .println("Number of discovered versions : "
  79             + versions.size());
  80     for (String v : versions.keySet())
  81     {
  82       System.out.println("version : " + v);
  83       System.out.println("File : " + versions.get(v));
  84     }
  85
  86     System.out.println("\nCurrent latest version : "
  87             + BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  88     Assert.assertNotNull("Latest BioJsMSA version NOT found!",
  89             BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  90
  91   }
  92
  93   @Test
  94   public void testBioJsUpdate()
  95   {
  96     String url = BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATE_GIT_REPO;
  97     Assert.assertTrue("URL not reacable : " + url, urlIsReachable(url));
  98     String response = BioJsHTMLOutput.getURLContentAsString(url);
  99     Assert.assertNotNull("Null response read from url!", response);
 100     BioJSRepositoryPojo repository = new BioJSRepositoryPojo(response);
 101     System.out.println(">>> description : " + repository.getDescription());
 102     System.out
 103 .println(">>> latest version : "
 104             + repository.getLatestReleaseVersion());
 105     System.out.println(">>> repo count : "
 106             + repository.getReleases().size());
 107     for (BioJSReleasePojo release : repository.getReleases())
 108     {
 109       System.out.println("repo type : " + release.getType());
 110       System.out.println("url : " + release.getUrl());
 111       System.out.println("release version : " + release.getVersion());
 112     }
 113   }
 114
 115   private static boolean urlIsReachable(String urlString)
 116   {
 117     try
 118     {
 119       final URL url = new URL(urlString);
 120       final URLConnection conn = url.openConnection();
 121       conn.connect();
 122       return true;
 123     } catch (MalformedURLException e)
 124     {
 125       throw new RuntimeException(e);
 126     } catch (IOException e)
 127     {
 128       return false;
 129     }
 130   }
 131 }