test/jalview/io/CrossRef2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.analysis.CrossRef;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.AlignFrame;
  30 import jalview.gui.CrossRefAction;
  31 import jalview.gui.Desktop;
  32
  33 import java.util.IdentityHashMap;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.testng.Assert;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 @Test(singleThreaded = true)
  40 public class CrossRef2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  41 {
  42
  43   /**
  44    * test store and recovery of expanded views
  45    *
  46    * @throws Exception
  47    */
  48   @Test(groups = { "Operational" }, enabled = true)
  49   public void testRetrieveAndShowCrossref() throws Exception
  50   {
  51     // for every set of db queries
  52     // retrieve db query
  53     // verify presence of expected xrefs
  54     // show xrefs - verify expected type of frame is shown for each xref
  55     // show xrefs again
  56     // - verify original -> xref -> xref(original) recovers frame containing at
  57     // least the first retrieved sequence
  58     // store
  59     // 1. whole project
  60     // 2. individual frames
  61     // 3. load each one back and verify
  62     // . aligned sequences (.toString() )
  63     // . xrefs (.toString() )
  64     // . codonframes
  65     //
  66     //
  67     for (String[] did : new String[][] { { "UNIPROT", "P01731" } })
  68     {
  69       AlignFrame af = jalview.gui.SequenceFetcher.fetchAndShow(did[0],
  70               did[1]).get(0);
  71       assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
  72       boolean dna = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
  73       AlignmentI retral = af.getViewport().getAlignment();
  74       AlignmentI dataset = retral.getDataset();
  75       SequenceI[] seqs = retral.getSequencesArray();
  76       List<String> ptypes = (seqs == null || seqs.length == 0) ? null
  77               : new CrossRef(seqs, dataset)
  78                       .findXrefSourcesForSequences(dna);
  79       /*
  80        * map between a view, and views generated after retrieving xrefs
  81        */
  82       IdentityHashMap<AlignmentViewPanel, List<AlignmentViewPanel>> viewxrefview = new IdentityHashMap<AlignmentViewPanel, List<AlignmentViewPanel>>();
  83       /*
  84        * map between a particular view and it's originating dbref path
  85        */
  86       IdentityHashMap<AlignmentViewPanel, String> viewsourcedb = new IdentityHashMap<AlignmentViewPanel, String>();
  87
  88       String first = did[0] + " " + did[1];
  89       viewsourcedb.put(af.alignPanel, first);
  90       for (String db : ptypes)
  91       {
  92         // retrieve and show cross-refs in this thread
  93         CrossRefAction cra = new CrossRefAction(af, seqs, dna, db);
  94         cra.run();
  95         Assert.assertTrue(cra.getXrefViews().size() > 0,
  96                 "No crossrefs retrieved for " + db);
  97         viewxrefview.put(af.alignPanel, cra.getXrefViews());
  98
  99         for (AlignmentViewPanel avp : cra.getXrefViews())
 100         {
 101
 102           SequenceI[] xrseqs = avp.getAlignment().getSequencesArray();
 103           String nextxref = first + " -> " + db;
 104           viewsourcedb.put(avp, nextxref);
 105           List<String> xrptypes = (seqs == null || seqs.length == 0) ? null
 106                   : new CrossRef(xrseqs, dataset)
 107                           .findXrefSourcesForSequences(avp
 108                                   .getAlignViewport().isNucleotide());
 109           for (String xrefdb : xrptypes)
 110           {
 111             AlignFrame nextaf = Desktop.getAlignFrameFor(avp
 112                     .getAlignViewport());
 113             cra = new CrossRefAction(nextaf, xrseqs, avp.getAlignViewport()
 114                     .isNucleotide(), xrefdb);
 115             cra.run();
 116             Assert.assertTrue(cra.getXrefViews().size() > 0,
 117                     "No crossrefs found for '" + nextxref + "' to "
 118                             + xrefdb + " via '" + nextaf.getTitle() + "'");
 119             // save views for analysis
 120             viewxrefview.put(avp, cra.getXrefViews());
 121             for (AlignmentViewPanel nextavp : cra.getXrefViews())
 122             {
 123
 124               viewsourcedb.put(nextavp, nextxref + " -> " + xrefdb);
 125             }
 126           }
 127         }
 128       }
 129     }
 130     Thread.sleep(50000);
 131   }
 132
 133 }