test/jalview/io/ExonerateGffTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
   7
   8 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
   9 import jalview.datamodel.Alignment;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.datamodel.Mapping;
  12 import jalview.datamodel.Sequence;
  13 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
  14 import jalview.datamodel.SequenceI;
  15 import jalview.gui.AlignFrame;
  16
  17 import java.util.Set;
  18
  19 import org.testng.annotations.Test;
  20
  21 /**
  22  * Tests of use cases that include parsing exonerate GFF 'similarity' features.
  23  * These describe mappings between protein and cDNA
  24  *
  25  * @author gmcarstairs
  26  *
  27  */
  28 public class ExonerateGffTest
  29 {
  30
  31   /**
  32    * Test the case where we load a protein ('query') sequence, then exonerateGff
  33    * describing its mapping to cDNA, and then a DNA sequence including the
  34    * mapped region
  35    */
  36   @Test(groups = "Functional")
  37   public void testLoadProteinGffCdna()
  38   {
  39     String proteinSeq = ">prot1/10-16\nYCWRSGA";
  40     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
  41             proteinSeq, FormatAdapter.PASTE);
  42
  43     /*
  44      * exonerate GFF output mapping residues 11-15 (CWRSG)
  45      * to bases 24-10 in sequence 'dna1' (reverse strand)
  46      */
  47     String exonerateGff = "##gff-version 2\n"
  48             + "prot1\tprotein2genome\tsimilarity\t11\t15\t99\t-\t.\talignment_id 0 ; Target dna1 ; Align 11 24 5";
  49     af.loadJalviewDataFile(exonerateGff, FormatAdapter.PASTE, null, null);
  50
  51     /*
  52      * check we have a mapping from prot1 to SequenceDummy 'dna1'
  53      */
  54     AlignmentI dataset = af.getViewport().getAlignment().getDataset();
  55     assertEquals(1, dataset.getSequences().size());
  56     assertEquals("prot1", dataset.getSequenceAt(0).getName());
  57     assertEquals("YCWRSGA", dataset.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
  58     Set<AlignedCodonFrame> mappings = dataset.getCodonFrames();
  59     assertEquals(1, mappings.size());
  60     AlignedCodonFrame mapping = mappings.iterator().next();
  61     SequenceI mappedDna = mapping.getDnaForAaSeq(dataset.getSequenceAt(0));
  62     assertTrue(mappedDna instanceof SequenceDummy);
  63     assertEquals("dna1", mappedDna.getName());
  64     Mapping[] mapList = mapping.getProtMappings();
  65     assertEquals(1, mapList.length);
  66     // 11 in protein should map to codon [24, 23, 22] in dna
  67     int[] mappedRegion = mapList[0].getMap().locateInFrom(11, 11);
  68     assertArrayEquals(new int[] { 24, 22 }, mappedRegion);
  69     // 15 in protein should map to codon [12, 11, 10] in dna
  70     mappedRegion = mapList[0].getMap().locateInFrom(15, 15);
  71     assertArrayEquals(new int[] { 12, 10 }, mappedRegion);
  72
  73     // so far so good; TODO: programmatically add mapped sequences
  74     // and verify the mappings are 'realised'
  75     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "AAACCCGGGTTTAAACCCGGGTTT");
  76     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { dna1 });
  77     al.setDataset(null);
  78
  79     /*
  80      * Now 'realise' the virtual mapping to the real DNA sequence;
  81      * interactively this could be by a drag or fetch of the sequence data
  82      */
  83     mapping.realiseWith(dna1);
  84     // verify the mapping is now from the real, not the dummy sequence
  85     assertSame(dna1.getDatasetSequence(),
  86             mapping.getDnaForAaSeq(dataset.getSequenceAt(0)));
  87   }
  88 }