test/jalview/io/FeaturesFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.api.FeatureColourI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  30 import jalview.gui.AlignFrame;
  31
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.IOException;
  35 import java.util.Map;
  36
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class FeaturesFileTest
  40 {
  41
  42   static String TestFiles[][] = { { "Test example features import/export",
  43       "examples/uniref50.fa", "examples/exampleFeatures.txt" } };
  44
  45   @Test(groups = { "Functional" })
  46   public void testParse() throws Exception
  47   {
  48     testFeaturesFileIO("Features file test");
  49   }
  50
  51   public static AlignmentI readAlignmentFile(File f) throws IOException
  52   {
  53     System.out.println("Reading file: " + f);
  54     String ff = f.getPath();
  55     FormatAdapter rf = new FormatAdapter();
  56
  57     AlignmentI al = rf.readFile(ff, AppletFormatAdapter.FILE,
  58             new IdentifyFile().Identify(ff, AppletFormatAdapter.FILE));
  59
  60     al.setDataset(null); // creates dataset sequences
  61     assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
  62     return al;
  63   }
  64
  65   /**
  66    * Helper method for testing
  67    *
  68    * @param testname
  69    * @param f
  70    *          alignment file
  71    * @param featFile
  72    *          features file to load on to the alignment
  73    * @throws IOException
  74    */
  75   public static void testFeaturesFileIO(String testname) throws IOException
  76   {
  77     File f = new File("examples/uniref50.fa");
  78     AlignmentI al = readAlignmentFile(f);
  79     AlignFrame af = new AlignFrame(al, 500, 500);
  80     Map<String, FeatureColourI> colours = af.getFeatureRenderer()
  81             .getFeatureColours();
  82     FeaturesFile featuresFile = new FeaturesFile(
  83             "examples/exampleFeatures.txt", FormatAdapter.FILE);
  84     assertTrue("Test " + testname + "\nFailed to parse features file.",
  85             featuresFile.parse(al.getDataset(), colours, true));
  86
  87     /*
  88      * Refetch the colour map from the FeatureRenderer (to confirm it has been
  89      * updated - JAL-1904), and verify (some) feature group colours
  90      */
  91     colours = af.getFeatureRenderer().getFeatureColours();
  92     assertEquals("26 feature group colours not found", 26, colours.size());
  93     assertEquals(colours.get("Cath").getColour(), new Color(0x93b1d1));
  94     assertEquals(colours.get("ASX-MOTIF").getColour(), new Color(0x6addbb));
  95
  96     /*
  97      * verify (some) features on sequences
  98      */
  99     SequenceFeature[] sfs = al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence()
 100             .getSequenceFeatures(); // FER_CAPAA
 101     assertEquals(7, sfs.length);
 102     SequenceFeature sf = sfs[0];
 103     assertEquals("Iron-sulfur (2Fe-2S)", sf.description);
 104     assertEquals(39, sf.begin);
 105     assertEquals(39, sf.end);
 106     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 107     assertEquals("METAL", sf.type);
 108     sf = sfs[1];
 109     assertEquals("Iron-sulfur (2Fe-2S)", sf.description);
 110     assertEquals(44, sf.begin);
 111     assertEquals(44, sf.end);
 112     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 113     assertEquals("METAL", sf.type);
 114     sf = sfs[2];
 115     assertEquals("Iron-sulfur (2Fe-2S)", sf.description);
 116     assertEquals(47, sf.begin);
 117     assertEquals(47, sf.end);
 118     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 119     assertEquals("METAL", sf.type);
 120     sf = sfs[3];
 121     assertEquals("Iron-sulfur (2Fe-2S)", sf.description);
 122     assertEquals(77, sf.begin);
 123     assertEquals(77, sf.end);
 124     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 125     assertEquals("METAL", sf.type);
 126     sf = sfs[4];
 127     assertEquals("Fer2 Status: True Positive Pfam 8_8%LINK%",
 128             sf.description);
 129     assertEquals("Pfam 8_8|http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111",
 130             sf.links.get(0).toString());
 131     assertEquals(8, sf.begin);
 132     assertEquals(83, sf.end);
 133     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 134     assertEquals("Pfam", sf.type);
 135     sf = sfs[5];
 136     assertEquals("Ferredoxin_fold Status: True Positive ", sf.description);
 137     assertEquals(3, sf.begin);
 138     assertEquals(93, sf.end);
 139     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 140     assertEquals("Cath", sf.type);
 141     sf = sfs[6];
 142     assertEquals(
 143             "High confidence server. Only hits with scores over 0.8 are reported. PHOSPHORYLATION (T) 89_8%LINK%",
 144             sf.description);
 145     assertEquals(
 146             "PHOSPHORYLATION (T) 89_8|http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/proview/webface-link?seqid=P83527&amp;service=NetPhos-2.0",
 147             sf.links.get(0).toString());
 148     assertEquals(89, sf.begin);
 149     assertEquals(89, sf.end);
 150     assertEquals("netphos", sf.featureGroup);
 151     assertEquals("PHOSPHORYLATION (T)", sf.type);
 152   }
 153 }