test/jalview/io/FeaturesFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (2.9.0b1)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.gui.AlignFrame;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.File;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.Map;
  35
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 public class FeaturesFileTest
  39 {
  40
  41   static String TestFiles[][] = { { "Test example features import/export",
  42       "examples/uniref50.fa", "examples/exampleFeatures.txt" } };
  43
  44   @Test(groups = { "Functional" })
  45   public void testParse() throws Exception
  46   {
  47     testFeaturesFileIO("Features file test");
  48   }
  49
  50   public static AlignmentI readAlignmentFile(File f) throws IOException
  51   {
  52     System.out.println("Reading file: " + f);
  53     String ff = f.getPath();
  54     FormatAdapter rf = new FormatAdapter();
  55
  56     AlignmentI al = rf.readFile(ff, AppletFormatAdapter.FILE,
  57             new IdentifyFile().Identify(ff, AppletFormatAdapter.FILE));
  58
  59     al.setDataset(null); // creates dataset sequences
  60     assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
  61     return al;
  62   }
  63
  64   /**
  65    * Helper method for testing
  66    *
  67    * @param testname
  68    * @param f
  69    *          alignment file
  70    * @param featFile
  71    *          features file to load on to the alignment
  72    * @throws IOException
  73    */
  74   public static void testFeaturesFileIO(String testname) throws IOException
  75   {
  76     File f = new File("examples/uniref50.fa");
  77     AlignmentI al = readAlignmentFile(f);
  78     AlignFrame af = new AlignFrame(al, 500, 500);
  79     Map<String, Object> colours = af.getFeatureRenderer()
  80             .getFeatureColours();
  81     FeaturesFile featuresFile = new FeaturesFile(
  82             "examples/exampleFeatures.txt", FormatAdapter.FILE);
  83     assertTrue("Test " + testname + "\nFailed to parse features file.",
  84             featuresFile.parse(al.getDataset(), colours, true));
  85
  86     /*
  87      * Refetch the colour map from the FeatureRenderer (to confirm it has been
  88      * updated - JAL-1904), and verify (some) feature group colours
  89      */
  90     colours = af.getFeatureRenderer().getFeatureColours();
  91     assertEquals("26 feature group colours not found", 26, colours.size());
  92     assertEquals(colours.get("Cath"), new Color(0x93b1d1));
  93     assertEquals(colours.get("ASX-MOTIF"), new Color(0x6addbb));
  94
  95     /*
  96      * verify (some) features on sequences
  97      */
  98     SequenceFeature[] sfs = al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence()
  99             .getSequenceFeatures(); // FER_CAPAA
 100     assertEquals(7, sfs.length);
 101     SequenceFeature sf = sfs[0];
 102     assertEquals("Iron-sulfur (2Fe-2S)", sf.description);
 103     assertEquals(39, sf.begin);
 104     assertEquals(39, sf.end);
 105     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 106     assertEquals("METAL", sf.type);
 107     sf = sfs[1];
 108     assertEquals("Iron-sulfur (2Fe-2S)", sf.description);
 109     assertEquals(44, sf.begin);
 110     assertEquals(44, sf.end);
 111     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 112     assertEquals("METAL", sf.type);
 113     sf = sfs[2];
 114     assertEquals("Iron-sulfur (2Fe-2S)", sf.description);
 115     assertEquals(47, sf.begin);
 116     assertEquals(47, sf.end);
 117     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 118     assertEquals("METAL", sf.type);
 119     sf = sfs[3];
 120     assertEquals("Iron-sulfur (2Fe-2S)", sf.description);
 121     assertEquals(77, sf.begin);
 122     assertEquals(77, sf.end);
 123     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 124     assertEquals("METAL", sf.type);
 125     sf = sfs[4];
 126     assertEquals("Fer2 Status: True Positive Pfam 8_8%LINK%",
 127             sf.description);
 128     assertEquals("Pfam 8_8|http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111",
 129             sf.links.get(0).toString());
 130     assertEquals(8, sf.begin);
 131     assertEquals(83, sf.end);
 132     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 133     assertEquals("Pfam", sf.type);
 134     sf = sfs[5];
 135     assertEquals("Ferredoxin_fold Status: True Positive ", sf.description);
 136     assertEquals(3, sf.begin);
 137     assertEquals(93, sf.end);
 138     assertEquals("uniprot", sf.featureGroup);
 139     assertEquals("Cath", sf.type);
 140     sf = sfs[6];
 141     assertEquals(
 142             "High confidence server. Only hits with scores over 0.8 are reported. PHOSPHORYLATION (T) 89_8%LINK%",
 143             sf.description);
 144     assertEquals(
 145             "PHOSPHORYLATION (T) 89_8|http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/proview/webface-link?seqid=P83527&amp;service=NetPhos-2.0",
 146             sf.links.get(0).toString());
 147     assertEquals(89, sf.begin);
 148     assertEquals(89, sf.end);
 149     assertEquals("netphos", sf.featureGroup);
 150     assertEquals("PHOSPHORYLATION (T)", sf.type);
 151   }
 152 }