test/jalview/io/FileIOTester.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import java.io.BufferedInputStream;
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.FileInputStream;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.io.InputStream;
  31
  32 import org.testng.AssertJUnit;
  33 import org.testng.annotations.AfterClass;
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 import jalview.bin.Cache;
  38 import jalview.gui.JvOptionPane;
  39
  40 /**
  41  * @author jimp
  42  *
  43  */
  44 public class FileIOTester
  45 {
  46
  47   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  48   public void setUpJvOptionPane()
  49   {
  50     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  51     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  52   }
  53
  54   /**
  55    * @throws java.lang.Exception
  56    */
  57   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  58   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  59   {
  60     Cache.initLogger();
  61   }
  62
  63   /**
  64    * @throws java.lang.Exception
  65    */
  66   @AfterClass(alwaysRun = true)
  67   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  68   {
  69   }
  70
  71   // TODO: make a better/more comprehensive test harness for identify/io
  72
  73   final static File ALIGN_FILE = new File(
  74           "test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
  75
  76   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File(
  77           "test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
  78
  79   final static File STARS_FA_FILE1 = new File(
  80           "test/jalview/io/test_fasta_stars.fa");
  81
  82   final static File STARS_FA_FILE2 = new File(
  83           "test/jalview/io/test_fasta_stars2.fa");
  84
  85   private void assertValidFormat(FileFormatI fmt, String src, FileParse fp)
  86           throws FileFormatException
  87   {
  88     AssertJUnit.assertTrue("Couldn't resolve " + src + " as a valid file",
  89             fp.isValid());
  90     FileFormatI type = new IdentifyFile().identify(fp);
  91     AssertJUnit.assertSame("Data from '" + src + "' Expected to be '" + fmt
  92             + "' identified as '" + type + "'", type, fmt);
  93   }
  94
  95   @Test(groups = { "Functional" })
  96   public void testStarsInFasta1() throws IOException
  97   {
  98     String uri;
  99     FileParse fp = new FileParse(
 100             uri = STARS_FA_FILE1.getAbsoluteFile().toString(),
 101             DataSourceType.FILE);
 102     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
 103   }
 104
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testStarsInFasta2() throws IOException
 107   {
 108     String uri;
 109     FileParse fp = new FileParse(
 110             uri = STARS_FA_FILE2.getAbsoluteFile().toString(),
 111             DataSourceType.FILE);
 112     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
 113   }
 114
 115   @Test(groups = { "Functional" })
 116   public void testGzipIo() throws IOException
 117   {
 118     String uri;
 119     FileParse fp = new FileParse(
 120             uri = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI().toString(),
 121             DataSourceType.URL);
 122     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
 123   }
 124
 125   @Test(groups = { "Functional" })
 126   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
 127   {
 128     String filepath;
 129     FileParse fp = new FileParse(
 130             filepath = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toString(),
 131             DataSourceType.FILE);
 132     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, filepath, fp);
 133   }
 134
 135   @Test(groups = { "Functional" })
 136   public void testIsGzipInputStream() throws IOException
 137   {
 138     InputStream is = new FileInputStream(ALIGN_FILE);
 139
 140     /*
 141      * first try fails - FileInputStream does not support mark/reset
 142      */
 143     assertFalse(FileParse.isGzipStream(is));
 144
 145     /*
 146      * wrap in a BufferedInputStream and try again
 147      */
 148     is = new BufferedInputStream(is, 16);
 149     assertTrue(FileParse.isGzipStream(is));
 150   }
 151
 152   @Test(groups = { "Functional" })
 153   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
 154   {
 155     String uri;
 156     FileParse fp = new FileParse(
 157             uri = NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI().toString(),
 158             DataSourceType.URL);
 159     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
 160   }
 161
 162   @Test(groups = { "Functional" })
 163   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
 164   {
 165     String filepath;
 166     FileParse fp = new FileParse(
 167             filepath = NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toString(),
 168             DataSourceType.FILE);
 169     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, filepath, fp);
 170   }
 171 }