test/jalview/io/FileIOTester.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import org.testng.annotations.AfterClass;
  24 import org.testng.annotations.Test;
  25 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  26 import org.testng.AssertJUnit;
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.IOException;
  29
  30 /**
  31  * @author jimp
  32  *
  33  */
  34 public class FileIOTester
  35 {
  36
  37   /**
  38    * @throws java.lang.Exception
  39    */
  40   @BeforeClass
  41   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  42   {
  43   }
  44
  45   /**
  46    * @throws java.lang.Exception
  47    */
  48   @AfterClass
  49   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  50   {
  51   }
  52
  53   // TODO: make a better/more comprehensive test harness for identify/io
  54
  55   final static File ALIGN_FILE = new File(
  56           "test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
  57
  58   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File(
  59           "test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
  60
  61   final static File STARS_FA_FILE1 = new File(
  62           "test/jalview/io/test_fasta_stars.fa");
  63
  64   final static File STARS_FA_FILE2 = new File(
  65           "test/jalview/io/test_fasta_stars2.fa");
  66
  67   private void assertValidFormat(String fmt, String src, FileParse fp)
  68   {
  69     AssertJUnit.assertTrue("Couldn't resolve " + src + " as a valid file", fp.isValid());
  70     String type = new IdentifyFile().Identify(fp);
  71     AssertJUnit.assertTrue("Data from '" + src + "' Expected to be '" + fmt
  72             + "' identified as '" + type + "'", type.equalsIgnoreCase(fmt));
  73   }
  74
  75   @Test
  76   public void testStarsInFasta1() throws IOException
  77   {
  78     String uri;
  79     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE1.getAbsoluteFile()
  80             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
  81     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  82   }
  83
  84   @Test
  85   public void testStarsInFasta2() throws IOException
  86   {
  87     String uri;
  88     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE2.getAbsoluteFile()
  89             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
  90     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  91   }
  92
  93   @Test
  94   public void testGzipIo() throws IOException
  95   {
  96     String uri;
  97     FileParse fp = new FileParse(uri = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI()
  98             .toString(), AppletFormatAdapter.URL);
  99     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
 100   }
 101
 102   @Test
 103   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
 104   {
 105     String filepath;
 106     FileParse fp = new FileParse(filepath = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
 107             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
 108     assertValidFormat("FASTA", filepath, fp);
 109   }
 110
 111   @Test
 112   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
 113   {
 114     String uri;
 115     FileParse fp = new FileParse(uri = NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
 116             .toURI().toString(), AppletFormatAdapter.URL);
 117     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
 118   }
 119
 120   @Test
 121   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
 122   {
 123     String filepath;
 124     FileParse fp = new FileParse(filepath = NOTGZALIGN_FILE
 125             .getAbsoluteFile().toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
 126     assertValidFormat("FASTA", filepath, fp);
 127   }
 128 }