test/jalview/io/FileIOTester.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.IOException;
  27
  28 import org.junit.AfterClass;
  29 import org.junit.BeforeClass;
  30 import org.junit.Test;
  31
  32 /**
  33  * @author jimp
  34  *
  35  */
  36 public class FileIOTester
  37 {
  38
  39   /**
  40    * @throws java.lang.Exception
  41    */
  42   @BeforeClass
  43   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  44   {
  45   }
  46
  47   /**
  48    * @throws java.lang.Exception
  49    */
  50   @AfterClass
  51   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  52   {
  53   }
  54   // TODO: make a better/more comprehensive test harness for identify/io
  55
  56   final static File ALIGN_FILE = new File("test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
  57   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File("test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
  58   final static File STARS_FA_FILE1 = new File("test/jalview/io/test_fasta_stars.fa");
  59   final static File STARS_FA_FILE2 = new File("test/jalview/io/test_fasta_stars2.fa");
  60
  61   private void assertValidFormat(String fmt, String src, FileParse fp)
  62   {
  63     assertTrue("Couldn't resolve "+src+" as a valid file",fp.isValid());
  64     String type = new IdentifyFile().Identify(fp);
  65     assertTrue("Data from '"+src+"' Expected to be '"+fmt+"' identified as '"+type+"'",type.equalsIgnoreCase(fmt));
  66   }
  67   @Test
  68   public void testStarsInFasta1() throws IOException
  69   {
  70     String uri;
  71     FileParse fp = new FileParse(uri=STARS_FA_FILE1.getAbsoluteFile().toString(),AppletFormatAdapter.FILE);
  72     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  73   }
  74   @Test
  75   public void testStarsInFasta2() throws IOException
  76   {
  77     String uri;
  78     FileParse fp = new FileParse(uri=STARS_FA_FILE2.getAbsoluteFile().toString(),AppletFormatAdapter.FILE);
  79     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  80   }
  81   @Test
  82   public void testGzipIo() throws IOException
  83   {
  84     String uri;
  85     FileParse fp = new FileParse(uri=ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI().toString(),AppletFormatAdapter.URL);
  86     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  87   }
  88
  89   @Test
  90   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
  91   {
  92     String filepath;
  93     FileParse fp = new FileParse(filepath=ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
  94     assertValidFormat("FASTA",filepath, fp);
  95   }
  96   @Test
  97   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
  98   {
  99     String uri;
 100     FileParse fp = new FileParse(uri=NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI().toString(),AppletFormatAdapter.URL);
 101     assertValidFormat("FASTA",uri, fp);
 102   }
 103   @Test
 104   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
 105   {
 106     String filepath;
 107     FileParse fp = new FileParse(filepath=NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
 108     assertValidFormat("FASTA",filepath, fp);
 109   }
 110 }