test/jalview/io/FileIOTester.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.io;
   5
   6 import static org.junit.Assert.*;
   7
   8 import java.io.File;
   9 import java.io.IOException;
  10
  11 import org.junit.AfterClass;
  12 import org.junit.BeforeClass;
  13 import org.junit.Test;
  14
  15 /**
  16  * @author jimp
  17  *
  18  */
  19 public class FileIOTester
  20 {
  21
  22   /**
  23    * @throws java.lang.Exception
  24    */
  25   @BeforeClass
  26   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  27   {
  28   }
  29
  30   /**
  31    * @throws java.lang.Exception
  32    */
  33   @AfterClass
  34   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  35   {
  36   }
  37   final static File ALIGN_FILE = new File("test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
  38   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File("test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
  39
  40   private void assertValidFasta(String src, FileParse fp)
  41   {
  42     assertTrue("Couldn't resolve "+src+" as a valid file",fp.isValid());
  43     String type = new IdentifyFile().Identify(fp);
  44     assertTrue("Gzipped data from '"+src+"' identified as '"+type+"'",type.equalsIgnoreCase("FASTA"));
  45   }
  46   @Test
  47   public void testGzipIo() throws IOException
  48   {
  49     String uri;
  50     FileParse fp = new FileParse(uri=ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI().toString(),AppletFormatAdapter.URL);
  51     assertValidFasta(uri, fp);
  52   }
  53
  54   @Test
  55   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
  56   {
  57     String filepath;
  58     FileParse fp = new FileParse(filepath=ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
  59     assertValidFasta(filepath, fp);
  60   }
  61   @Test
  62   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
  63   {
  64     String uri;
  65     FileParse fp = new FileParse(uri=NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI().toString(),AppletFormatAdapter.URL);
  66     assertValidFasta(uri, fp);
  67   }
  68   @Test
  69   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
  70   {
  71     String filepath;
  72     FileParse fp = new FileParse(filepath=NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
  73     assertValidFasta(filepath, fp);
  74   }
  75 }