test/jalview/io/FileIOTester.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25
  26 import org.testng.AssertJUnit;
  27 import org.testng.annotations.AfterClass;
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 /**
  32  * @author jimp
  33  *
  34  */
  35 public class FileIOTester
  36 {
  37
  38   /**
  39    * @throws java.lang.Exception
  40    */
  41   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  42   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  43   {
  44   }
  45
  46   /**
  47    * @throws java.lang.Exception
  48    */
  49   @AfterClass
  50   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  51   {
  52   }
  53
  54   // TODO: make a better/more comprehensive test harness for identify/io
  55
  56   final static File ALIGN_FILE = new File(
  57           "test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
  58
  59   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File(
  60           "test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
  61
  62   final static File STARS_FA_FILE1 = new File(
  63           "test/jalview/io/test_fasta_stars.fa");
  64
  65   final static File STARS_FA_FILE2 = new File(
  66           "test/jalview/io/test_fasta_stars2.fa");
  67
  68   private void assertValidFormat(String fmt, String src, FileParse fp)
  69   {
  70     AssertJUnit.assertTrue("Couldn't resolve " + src + " as a valid file",
  71             fp.isValid());
  72     String type = new IdentifyFile().Identify(fp);
  73     AssertJUnit.assertTrue("Data from '" + src + "' Expected to be '" + fmt
  74             + "' identified as '" + type + "'", type.equalsIgnoreCase(fmt));
  75   }
  76
  77   @Test(groups = { "Functional" })
  78   public void testStarsInFasta1() throws IOException
  79   {
  80     String uri;
  81     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE1.getAbsoluteFile()
  82             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
  83     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  84   }
  85
  86   @Test(groups = { "Functional" })
  87   public void testStarsInFasta2() throws IOException
  88   {
  89     String uri;
  90     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE2.getAbsoluteFile()
  91             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
  92     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  93   }
  94
  95   @Test(groups = { "Functional" })
  96   public void testGzipIo() throws IOException
  97   {
  98     String uri;
  99     FileParse fp = new FileParse(uri = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI()
 100             .toString(), AppletFormatAdapter.URL);
 101     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
 102   }
 103
 104   @Test(groups = { "Functional" })
 105   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
 106   {
 107     String filepath;
 108     FileParse fp = new FileParse(filepath = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
 109             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
 110     assertValidFormat("FASTA", filepath, fp);
 111   }
 112
 113   @Test(groups = { "Functional" })
 114   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
 115   {
 116     String uri;
 117     FileParse fp = new FileParse(uri = NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
 118             .toURI().toString(), AppletFormatAdapter.URL);
 119     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
 120   }
 121
 122   @Test(groups = { "Functional" })
 123   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
 124   {
 125     String filepath;
 126     FileParse fp = new FileParse(filepath = NOTGZALIGN_FILE
 127             .getAbsoluteFile().toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
 128     assertValidFormat("FASTA", filepath, fp);
 129   }
 130 }