test/jalview/io/FileIOTester.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25
  26 import org.testng.AssertJUnit;
  27 import org.testng.annotations.AfterClass;
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 /**
  32  * @author jimp
  33  *
  34  */
  35 public class FileIOTester
  36 {
  37
  38   /**
  39    * @throws java.lang.Exception
  40    */
  41   @BeforeClass
  42   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  43   {
  44   }
  45
  46   /**
  47    * @throws java.lang.Exception
  48    */
  49   @AfterClass
  50   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  51   {
  52   }
  53
  54   // TODO: make a better/more comprehensive test harness for identify/io
  55
  56   final static File ALIGN_FILE = new File(
  57           "test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
  58
  59   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File(
  60           "test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
  61
  62   final static File STARS_FA_FILE1 = new File(
  63           "test/jalview/io/test_fasta_stars.fa");
  64
  65   final static File STARS_FA_FILE2 = new File(
  66           "test/jalview/io/test_fasta_stars2.fa");
  67
  68   private void assertValidFormat(String fmt, String src, FileParse fp)
  69   {
  70     AssertJUnit.assertTrue("Couldn't resolve " + src + " as a valid file", fp.isValid());
  71     String type = new IdentifyFile().Identify(fp);
  72     AssertJUnit.assertTrue("Data from '" + src + "' Expected to be '" + fmt
  73             + "' identified as '" + type + "'", type.equalsIgnoreCase(fmt));
  74   }
  75
  76   @Test(groups ={ "Functional" })
  77   public void testStarsInFasta1() throws IOException
  78   {
  79     String uri;
  80     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE1.getAbsoluteFile()
  81             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
  82     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  83   }
  84
  85   @Test(groups ={ "Functional" })
  86   public void testStarsInFasta2() throws IOException
  87   {
  88     String uri;
  89     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE2.getAbsoluteFile()
  90             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
  91     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  92   }
  93
  94   @Test(groups ={ "Functional" })
  95   public void testGzipIo() throws IOException
  96   {
  97     String uri;
  98     FileParse fp = new FileParse(uri = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI()
  99             .toString(), AppletFormatAdapter.URL);
 100     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
 101   }
 102
 103   @Test(groups ={ "Functional" })
 104   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
 105   {
 106     String filepath;
 107     FileParse fp = new FileParse(filepath = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
 108             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
 109     assertValidFormat("FASTA", filepath, fp);
 110   }
 111
 112   @Test(groups ={ "Functional" })
 113   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
 114   {
 115     String uri;
 116     FileParse fp = new FileParse(uri = NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
 117             .toURI().toString(), AppletFormatAdapter.URL);
 118     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
 119   }
 120
 121   @Test(groups ={ "Functional" })
 122   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
 123   {
 124     String filepath;
 125     FileParse fp = new FileParse(filepath = NOTGZALIGN_FILE
 126             .getAbsoluteFile().toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
 127     assertValidFormat("FASTA", filepath, fp);
 128   }
 129 }