test/jalview/io/FormatAdapterTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
  26
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  36 import org.testng.annotations.DataProvider;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class FormatAdapterTest
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Test saving and re-reading in a specified format
  51    *
  52    * @throws IOException
  53    */
  54   @Test(groups = { "Functional" }, dataProvider = "formats")
  55   public void testRoundTrip(FileFormatI format) throws IOException
  56   {
  57     try
  58     {
  59       AlignmentI al;
  60       if (format == FileFormat.HMMER3)
  61       {
  62         al = new FormatAdapter().readFile("examples/uniref50.hmm",
  63                 DataSourceType.FILE, FileFormat.HMMER3);
  64       }
  65       else
  66       {
  67         al = new FormatAdapter().readFile("examples/uniref50.fa",
  68               DataSourceType.FILE, FileFormat.Fasta);
  69       }
  70
  71       /*
  72        * 'gap' is the gap character used in the alignment data file here,
  73        * not the user preferred gap character
  74        */
  75       char gap = al.getGapCharacter();
  76       assertNotNull(al);
  77
  78       SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();
  79       String formatted = new FormatAdapter().formatSequences(format, al,
  80               false);
  81
  82       AlignmentI reloaded = new FormatAdapter().readFile(formatted,
  83               DataSourceType.PASTE, format);
  84       List<SequenceI> reread = reloaded.getSequences();
  85         assertEquals("Wrong number of reloaded sequences", seqs.length,
  86                 reread.size());
  87
  88
  89       int i = 0;
  90       for (SequenceI seq : reread)
  91       {
  92         String sequenceString = seq.getSequenceAsString();
  93
  94         /*
  95          * special case: MSF always uses '.' as gap character
  96          */
  97         sequenceString = adjustForGapTreatment(sequenceString, gap, format);
  98         assertEquals(
  99                 String.format("Sequence %d: %s", i, seqs[i].getName()),
 100                 seqs[i].getSequenceAsString(), sequenceString);
 101         i++;
 102       }
 103     } catch (IOException e)
 104     {
 105       fail(String
 106               .format("Format %s failed with %s", format, e.getMessage()));
 107     }
 108   }
 109
 110   /**
 111    * Optionally change the gap character in the string to the given character,
 112    * depending on the sequence file format
 113    *
 114    * @param sequenceString
 115    *          a sequence (as written in 'format' format)
 116    * @param gap
 117    *          the sequence's original gap character
 118    * @param format
 119    * @return
 120    */
 121   String adjustForGapTreatment(String sequenceString, char gap,
 122           FileFormatI format)
 123   {
 124     if (FileFormat.MSF.equals(format))
 125     {
 126       /*
 127        * MSF forces gap character to '.', so change it back
 128        * for comparison purposes
 129        */
 130       sequenceString = sequenceString.replace('.', gap);
 131     }
 132     return sequenceString;
 133   }
 134
 135   /**
 136    * Data provider that serves alignment formats that are both readable and
 137    * (text) writable
 138    *
 139    * @return
 140    */
 141   @DataProvider(name = "formats")
 142   static Object[][] getFormats()
 143   {
 144     List<FileFormatI> both = new ArrayList<>();
 145     for (FileFormatI format : FileFormats.getInstance().getFormats())
 146     {
 147       if (format.isReadable() && format.isWritable()
 148               && format.isTextFormat())
 149       {
 150         both.add(format);
 151       }
 152     }
 153
 154     Object[][] formats = new Object[both.size()][];
 155     int i = 0;
 156     for (FileFormatI format : both)
 157     {
 158       formats[i] = new Object[] { format };
 159       i++;
 160     }
 161     return formats;
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Enable this to isolate testing to a single file format
 166    *
 167    * @throws IOException
 168    */
 169   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
 170   public void testOneFormatRoundTrip() throws IOException
 171   {
 172     testRoundTrip(FileFormat.Json);
 173   }
 174 }