test/jalview/io/GenBankFileTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   6
   7 import java.io.File;
   8 import java.io.IOException;
   9 import java.net.MalformedURLException;
  10 import java.util.List;
  11 import java.util.Set;
  12
  13 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 import jalview.bin.Cache;
  17 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  18 import jalview.datamodel.Mapping;
  19 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  20 import jalview.datamodel.SequenceI;
  21 import jalview.datamodel.features.SequenceFeatures;
  22 import jalview.util.MapList;
  23
  24 public class GenBankFileTest
  25 {
  26   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  27   public void setUp()
  28   {
  29     Cache.initLogger();
  30   }
  31
  32   /**
  33    * A fairly tough test, using J03321 (circular DNA), which has 8 CDS features,
  34    * one of them reverse strand
  35    *
  36    * @throws MalformedURLException
  37    * @throws IOException
  38    */
  39   @Test(groups = "Functional")
  40   public void testParse() throws MalformedURLException, IOException
  41   {
  42     File dataFile = new File("test/jalview/io/J03321.gb");
  43     FileParse fp = new FileParse(dataFile.getAbsolutePath(),
  44             DataSourceType.FILE);
  45     EMBLLikeFlatFile parser = new GenBankFile(fp, "GenBankTest");
  46     List<SequenceI> seqs = parser.getSeqs();
  47
  48     assertEquals(seqs.size(), 1);
  49     SequenceI seq = seqs.get(0);
  50     assertEquals(seq.getName(), "GenBankTest|J03321");
  51     assertEquals(seq.getLength(), 7502);
  52     assertEquals(seq.getDescription(),
  53             "Chlamydia trachomatis plasmid pCHL1, complete sequence");
  54
  55     /*
  56      * should be 9 CDS features (one is a 'join' of two exons)
  57      */
  58     Set<String> featureTypes = seq.getFeatures().getFeatureTypes();
  59     assertEquals(featureTypes.size(), 1);
  60     assertTrue(featureTypes.contains("CDS"));
  61
  62     /*
  63      * inspect some features (sorted just for convenience of test assertions)
  64      */
  65     List<SequenceFeature> features = seq.getFeatures()
  66             .getAllFeatures("CDS");
  67     SequenceFeatures.sortFeatures(features, true);
  68     assertEquals(features.size(), 9);
  69
  70     SequenceFeature sf = features.get(0);
  71     assertEquals(sf.getBegin(), 1);
  72     assertEquals(sf.getEnd(), 437);
  73     assertEquals(sf.getDescription(),
  74             "Exon 2 for protein EMBLCDS:AAA91567.1");
  75     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "GenBankTest");
  76     assertEquals(sf.getEnaLocation(), "join(7022..7502,1..437)");
  77     assertEquals(sf.getPhase(), "0");
  78     assertEquals(sf.getStrand(), 1);
  79     assertEquals(sf.getValue("note"), "pGP7-D");
  80     // this is the second exon of circular CDS!
  81     assertEquals(sf.getValue("exon number"), 2);
  82     assertEquals(sf.getValue("product"), "hypothetical protein");
  83     assertEquals(sf.getValue("transl_table"), "11");
  84
  85     sf = features.get(1);
  86     assertEquals(sf.getBegin(), 488);
  87     assertEquals(sf.getEnd(), 1480);
  88     assertEquals(sf.getDescription(),
  89             "Exon 1 for protein EMBLCDS:AAA91568.1");
  90     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "GenBankTest");
  91     assertEquals(sf.getEnaLocation(), "complement(488..1480)");
  92     assertEquals(sf.getPhase(), "0");
  93     assertEquals(sf.getStrand(), -1); // reverse strand!
  94     assertEquals(sf.getValue("note"), "pGP8-D");
  95     assertEquals(sf.getValue("exon number"), 1);
  96     assertEquals(sf.getValue("product"), "hypothetical protein");
  97
  98     sf = features.get(7);
  99     assertEquals(sf.getBegin(), 6045);
 100     assertEquals(sf.getEnd(), 6788);
 101     assertEquals(sf.getDescription(),
 102             "Exon 1 for protein EMBLCDS:AAA91574.1");
 103     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "GenBankTest");
 104     assertEquals(sf.getEnaLocation(), "6045..6788");
 105     assertEquals(sf.getPhase(), "0");
 106     assertEquals(sf.getStrand(), 1);
 107     assertEquals(sf.getValue("note"), "pGP6-D (gtg start codon)");
 108     assertEquals(sf.getValue("exon number"), 1);
 109     assertEquals(sf.getValue("product"), "hypothetical protein");
 110
 111     /*
 112      * CDS at 7022-7502 is the first exon of the circular CDS
 113      */
 114     sf = features.get(8);
 115     assertEquals(sf.getBegin(), 7022);
 116     assertEquals(sf.getEnd(), 7502);
 117     assertEquals(sf.getDescription(),
 118             "Exon 1 for protein EMBLCDS:AAA91567.1");
 119     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "GenBankTest");
 120     assertEquals(sf.getEnaLocation(), "join(7022..7502,1..437)");
 121     assertEquals(sf.getPhase(), "0");
 122     assertEquals(sf.getStrand(), 1);
 123     assertEquals(sf.getValue("note"), "pGP7-D");
 124     assertEquals(sf.getValue("exon number"), 1);
 125     assertEquals(sf.getValue("product"), "hypothetical protein");
 126
 127     /*
 128      * GenBank doesn't declare accession or CDS xrefs;
 129      * dbrefs are added by Jalview for
 130      * xref to self : 1
 131      * protein products: 8
 132      */
 133     List<DBRefEntry> dbrefs = seq.getDBRefs();
 134
 135     assertEquals(dbrefs.size(), 9);
 136     // xref to 'self':
 137     DBRefEntry selfRef = new DBRefEntry("GENBANKTEST", "1", "J03321");
 138     int[] range = new int[] { 1, seq.getLength() };
 139     selfRef.setMap(new Mapping(null, range, range, 1, 1));
 140     assertTrue(dbrefs.contains(selfRef));
 141
 142     /*
 143      * dna should have dbref to itself, and to EMBLCDSPROTEIN
 144      * for each /protein_id (synthesized as no UNIPROT xref)
 145      */
 146     // TODO check if we should synthesize EMBLCDSPROTEIN dbrefs
 147     DBRefEntry dbref = dbrefs.get(0);
 148     assertEquals(dbref.getSource(), "GENBANKTEST");
 149     assertEquals(dbref.getAccessionId(), "J03321");
 150     Mapping mapping = dbref.getMap();
 151     assertNull(mapping.getTo());
 152     MapList map = mapping.getMap();
 153     assertEquals(map.getFromLowest(), 1);
 154     assertEquals(map.getFromHighest(), 7502);
 155     assertEquals(map.getToLowest(), 1);
 156     assertEquals(map.getToHighest(), 7502);
 157     assertEquals(map.getFromRatio(), 1);
 158     assertEquals(map.getToRatio(), 1);
 159
 160     // dbref to inferred EMBLCDSPROTEIN for first CDS
 161     dbref = dbrefs.get(1);
 162     assertEquals(dbref.getSource(), "EMBLCDSPROTEIN");
 163     assertEquals(dbref.getAccessionId(), "AAA91567.1");
 164     mapping = dbref.getMap();
 165     SequenceI mapTo = mapping.getTo();
 166     assertEquals(mapTo.getName(), "AAA91567.1");
 167     // the /product qualifier transfers to protein product description
 168     assertEquals(mapTo.getDescription(), "hypothetical protein");
 169     String seqString = mapTo.getSequenceAsString();
 170     assertEquals(seqString.length(), 305);
 171     assertTrue(seqString.startsWith("MGSMAF"));
 172     assertTrue(seqString.endsWith("QTPTIL"));
 173     map = mapping.getMap();
 174     assertEquals(map.getFromLowest(), 1);
 175     assertEquals(map.getFromHighest(), 7502);
 176     assertEquals(map.getToLowest(), 1);
 177     assertEquals(map.getToHighest(), 305);
 178     assertEquals(map.getFromRatio(), 3);
 179     assertEquals(map.getToRatio(), 1);
 180
 181     // dbref to inferred EMBLCDSPROTEIN for last CDS
 182     dbref = dbrefs.get(8);
 183     assertEquals(dbref.getSource(), "EMBLCDSPROTEIN");
 184     assertEquals(dbref.getAccessionId(), "AAA91574.1");
 185     mapping = dbref.getMap();
 186     mapTo = mapping.getTo();
 187     assertEquals(mapTo.getName(), "AAA91574.1");
 188     // the /product qualifier transfers to protein product description
 189     assertEquals(mapTo.getDescription(), "hypothetical protein");
 190     seqString = mapTo.getSequenceAsString();
 191     assertEquals(seqString.length(), 247);
 192     assertTrue(seqString.startsWith("MNKLK"));
 193     assertTrue(seqString.endsWith("FKQKS"));
 194     map = mapping.getMap();
 195     assertEquals(map.getFromLowest(), 6045);
 196     assertEquals(map.getFromHighest(), 6785); // excludes stop at 6788
 197     assertEquals(map.getToLowest(), 1);
 198     assertEquals(map.getToHighest(), 247);
 199     assertEquals(map.getFromRatio(), 3);
 200     assertEquals(map.getToRatio(), 1);
 201   }
 202 }