test/jalview/io/GenBankFileTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   6
   7 import java.io.File;
   8 import java.io.IOException;
   9 import java.net.MalformedURLException;
  10 import java.util.Arrays;
  11 import java.util.List;
  12 import java.util.Set;
  13
  14 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 import jalview.bin.Cache;
  18 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  19 import jalview.datamodel.Mapping;
  20 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  21 import jalview.datamodel.SequenceI;
  22 import jalview.datamodel.features.SequenceFeatures;
  23 import jalview.util.MapList;
  24
  25 public class GenBankFileTest
  26 {
  27   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  28   public void setUp()
  29   {
  30     Cache.initLogger();
  31   }
  32
  33   /**
  34    * A fairly tough test, using J03321 (circular DNA), which has 8 CDS features,
  35    * one of them reverse strand
  36    *
  37    * @throws MalformedURLException
  38    * @throws IOException
  39    */
  40   @Test(groups = "Functional")
  41   public void testParse() throws MalformedURLException, IOException
  42   {
  43     File dataFile = new File("test/jalview/io/J03321.gb");
  44     FileParse fp = new FileParse(dataFile.getAbsolutePath(),
  45             DataSourceType.FILE);
  46     FlatFile parser = new GenBankFile(fp, "GenBankTest");
  47     parser.parse();
  48     List<SequenceI> seqs = parser.getSeqs();
  49
  50     assertEquals(seqs.size(), 1);
  51     SequenceI seq = seqs.get(0);
  52     assertEquals(seq.getName(), "GenBankTest|J03321");
  53     assertEquals(seq.getLength(), 7502);
  54     assertEquals(seq.getDescription(),
  55             "Chlamydia trachomatis plasmid pCHL1, complete sequence");
  56
  57     /*
  58      * should be 9 CDS features (one is a 'join' of two exons)
  59      */
  60     Set<String> featureTypes = seq.getFeatures().getFeatureTypes();
  61     assertEquals(featureTypes.size(), 1);
  62     assertTrue(featureTypes.contains("CDS"));
  63
  64     /*
  65      * inspect some features (sorted just for convenience of test assertions)
  66      */
  67     List<SequenceFeature> features = seq.getFeatures()
  68             .getAllFeatures("CDS");
  69     SequenceFeatures.sortFeatures(features, true);
  70     assertEquals(features.size(), 9);
  71
  72     SequenceFeature sf = features.get(0);
  73     assertEquals(sf.getBegin(), 1);
  74     assertEquals(sf.getEnd(), 437);
  75     assertEquals(sf.getDescription(),
  76             "Exon 2 for protein EMBLCDS:AAA91567.1");
  77     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "GenBankTest");
  78     assertEquals(sf.getEnaLocation(), "join(7022..7502,1..437)");
  79     assertEquals(sf.getPhase(), "0");
  80     assertEquals(sf.getStrand(), 1);
  81     assertEquals(sf.getValue("note"), "pGP7-D");
  82     // this is the second exon of circular CDS!
  83     assertEquals(sf.getValue("exon number"), 2);
  84     assertEquals(sf.getValue("product"), "hypothetical protein");
  85     assertEquals(sf.getValue("transl_table"), "11");
  86
  87     sf = features.get(1);
  88     assertEquals(sf.getBegin(), 488);
  89     assertEquals(sf.getEnd(), 1480);
  90     assertEquals(sf.getDescription(),
  91             "Exon 1 for protein EMBLCDS:AAA91568.1");
  92     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "GenBankTest");
  93     assertEquals(sf.getEnaLocation(), "complement(488..1480)");
  94     assertEquals(sf.getPhase(), "0");
  95     assertEquals(sf.getStrand(), -1); // reverse strand!
  96     assertEquals(sf.getValue("note"), "pGP8-D");
  97     assertEquals(sf.getValue("exon number"), 1);
  98     assertEquals(sf.getValue("product"), "hypothetical protein");
  99
 100     sf = features.get(7);
 101     assertEquals(sf.getBegin(), 6045);
 102     assertEquals(sf.getEnd(), 6788);
 103     assertEquals(sf.getDescription(),
 104             "Exon 1 for protein EMBLCDS:AAA91574.1");
 105     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "GenBankTest");
 106     assertEquals(sf.getEnaLocation(), "6045..6788");
 107     assertEquals(sf.getPhase(), "0");
 108     assertEquals(sf.getStrand(), 1);
 109     assertEquals(sf.getValue("note"), "pGP6-D (gtg start codon)");
 110     assertEquals(sf.getValue("exon number"), 1);
 111     assertEquals(sf.getValue("product"), "hypothetical protein");
 112
 113     /*
 114      * CDS at 7022-7502 is the first exon of the circular CDS
 115      */
 116     sf = features.get(8);
 117     assertEquals(sf.getBegin(), 7022);
 118     assertEquals(sf.getEnd(), 7502);
 119     assertEquals(sf.getDescription(),
 120             "Exon 1 for protein EMBLCDS:AAA91567.1");
 121     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "GenBankTest");
 122     assertEquals(sf.getEnaLocation(), "join(7022..7502,1..437)");
 123     assertEquals(sf.getPhase(), "0");
 124     assertEquals(sf.getStrand(), 1);
 125     assertEquals(sf.getValue("note"), "pGP7-D");
 126     assertEquals(sf.getValue("exon number"), 1);
 127     assertEquals(sf.getValue("product"), "hypothetical protein");
 128
 129     /*
 130      * GenBank doesn't declare accession or CDS xrefs;
 131      * dbrefs are added by Jalview for
 132      * xref to self : 1
 133      * protein products: 8
 134      */
 135     List<DBRefEntry> dbrefs = Arrays.asList(seq.getDBRefs());
 136
 137     assertEquals(dbrefs.size(), 9);
 138     // xref to 'self':
 139     DBRefEntry selfRef = new DBRefEntry("GENBANKTEST", "1", "J03321");
 140     int[] range = new int[] { 1, seq.getLength() };
 141     selfRef.setMap(new Mapping(null, range, range, 1, 1));
 142     assertTrue(dbrefs.contains(selfRef));
 143
 144     /*
 145      * dna should have dbref to itself, and to EMBLCDSPROTEIN
 146      * for each /protein_id (synthesized as no UNIPROT xref)
 147      */
 148     // TODO check if we should synthesize EMBLCDSPROTEIN dbrefs
 149     DBRefEntry dbref = dbrefs.get(0);
 150     assertEquals(dbref.getSource(), "GENBANKTEST");
 151     assertEquals(dbref.getAccessionId(), "J03321");
 152     Mapping mapping = dbref.getMap();
 153     assertNull(mapping.getTo());
 154     MapList map = mapping.getMap();
 155     assertEquals(map.getFromLowest(), 1);
 156     assertEquals(map.getFromHighest(), 7502);
 157     assertEquals(map.getToLowest(), 1);
 158     assertEquals(map.getToHighest(), 7502);
 159     assertEquals(map.getFromRatio(), 1);
 160     assertEquals(map.getToRatio(), 1);
 161
 162     // dbref to inferred EMBLCDSPROTEIN for first CDS
 163     dbref = dbrefs.get(1);
 164     assertEquals(dbref.getSource(), "EMBLCDSPROTEIN");
 165     assertEquals(dbref.getAccessionId(), "AAA91567.1");
 166     mapping = dbref.getMap();
 167     SequenceI mapTo = mapping.getTo();
 168     assertEquals(mapTo.getName(), "AAA91567.1");
 169     // the /product qualifier transfers to protein product description
 170     assertEquals(mapTo.getDescription(), "hypothetical protein");
 171     String seqString = mapTo.getSequenceAsString();
 172     assertEquals(seqString.length(), 305);
 173     assertTrue(seqString.startsWith("MGSMAF"));
 174     assertTrue(seqString.endsWith("QTPTIL"));
 175     map = mapping.getMap();
 176     assertEquals(map.getFromLowest(), 1);
 177     assertEquals(map.getFromHighest(), 7502);
 178     assertEquals(map.getToLowest(), 1);
 179     assertEquals(map.getToHighest(), 305);
 180     assertEquals(map.getFromRatio(), 3);
 181     assertEquals(map.getToRatio(), 1);
 182
 183     // dbref to inferred EMBLCDSPROTEIN for last CDS
 184     dbref = dbrefs.get(8);
 185     assertEquals(dbref.getSource(), "EMBLCDSPROTEIN");
 186     assertEquals(dbref.getAccessionId(), "AAA91574.1");
 187     mapping = dbref.getMap();
 188      mapTo = mapping.getTo();
 189     assertEquals(mapTo.getName(), "AAA91574.1");
 190     // the /product qualifier transfers to protein product description
 191     assertEquals(mapTo.getDescription(), "hypothetical protein");
 192     seqString = mapTo.getSequenceAsString();
 193     assertEquals(seqString.length(), 247);
 194     assertTrue(seqString.startsWith("MNKLK"));
 195     assertTrue(seqString.endsWith("FKQKS"));
 196     map = mapping.getMap();
 197     assertEquals(map.getFromLowest(), 6045);
 198     assertEquals(map.getFromHighest(), 6788);
 199     assertEquals(map.getToLowest(), 1);
 200     assertEquals(map.getToHighest(), 247);
 201     assertEquals(map.getFromRatio(), 3);
 202     assertEquals(map.getToRatio(), 1);
 203   }
 204 }