test/jalview/io/IdentifyFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import org.testng.Assert;
  24 import org.testng.annotations.DataProvider;
  25 import org.testng.annotations.Test;
  26
  27 public class IdentifyFileTest
  28 {
  29
  30   @Test(groups = { "Functional" }, dataProvider = "identifyFiles")
  31   public void Identify(String data, String expectedFileType)
  32   {
  33     String protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
  34     IdentifyFile ider = new IdentifyFile();
  35     String actualFiletype = ider.Identify(data, protocol);
  36     Assert.assertEquals(actualFiletype, expectedFileType,
  37             "File identification Failed!");
  38   }
  39
  40   @DataProvider(name = "identifyFiles")
  41   public Object[][] IdentifyFileDP()
  42   {
  43     return new Object[][] {
  44         { "examples/example.json", "JSON" },
  45         { "examples/plantfdx.fa", "FASTA" },
  46         { "examples/dna_interleaved.phy", "PHYLIP" },
  47         { "examples/2GIS.pdb", "PDB" },
  48         { "examples/rf00031_folded.stk", "STH" },
  49         { "examples/testdata/test.rnaml", "RNAML" },
  50         { "examples/testdata/test.aln", "CLUSTAL" },
  51         { "examples/testdata/test.pfam", "PFAM" },
  52         { "examples/testdata/test.msf", "MSF" },
  53         { "examples/testdata/test.pir", "PIR" },
  54         { "examples/testdata/test.html", "HTML" },
  55         { "examples/testdata/test.pileup", "PileUp" },
  56         { "examples/testdata/test.blc", "BLC" },
  57         { "examples/testdata/simplegff3.gff", "GFF v2 or v3" },
  58         { "examples/testdata/test.jvp", "Jalview" },
  59         {
  60             "examples/testdata/cullpdb_pc25_res3.0_R0.3_d150729_chains9361.fasta.15316",
  61             "FASTA" },
  62
  63     // { "examples/testdata/test.amsa", "AMSA" },
  64     // { "examples/test.jnet", "JnetFile" },
  65     };
  66   }
  67
  68 }