test/jalview/io/ImportHomologyModelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.Desktop;
  29
  30 import org.junit.Assert;
  31 import org.testng.annotations.AfterClass;
  32 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  33 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 public class ImportHomologyModelTest
  37 {
  38
  39   public static String base = "examples/testdata/phyre2/";
  40
  41   public static String profile_msa = base + "query.jal",
  42           profile_annot = base + "query.jal.ann";
  43
  44   public static String templaten[] = new String[] { "c1o1nA_", "c3pt8B_",
  45       "d1scta_" };
  46
  47   AlignmentI al;
  48   AlignFrame af;
  49
  50   /**
  51    * Ensure 'process secondary structure from PDB and add annotations' are set
  52    * in preferences, and load PDB example file 1gaq
  53    *
  54    * @throws Exception
  55    */
  56   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  57   public void setup() throws Exception
  58   {
  59     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  60             Boolean.TRUE.toString());
  61     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  62             Boolean.TRUE.toString());
  63     FileLoader loader = new FileLoader(false);
  64     af = loader.LoadFileWaitTillLoaded(profile_msa,
  65             jalview.io.DataSourceType.FILE);
  66     Desktop.addInternalFrame(af, "homology models", 800, 500);
  67     al = af.getViewport().getAlignment();
  68     af.loadJalviewDataFile(profile_annot, jalview.io.DataSourceType.FILE,
  69             null, null);
  70     // if file was loaded, the view should have a reference sequence set
  71     Assert.assertTrue(al.hasSeqrep());
  72   }
  73
  74
  75   @Test(groups = { "Functional" })
  76   public void testModelsAssociated()
  77   {
  78     for (String template : templaten)
  79     {
  80       SequenceI templseq = al.findName(template);
  81       Assert.assertNotNull("Couldn't find template sequence for "
  82               + template, templseq);
  83       PDBEntry querymdl = al.getSeqrep().getPDBEntry(template);
  84       PDBEntry templmdl = templseq.getPDBEntry(template);
  85       Assert.assertEquals(querymdl.getFile(), templmdl.getFile());
  86     }
  87   }
  88
  89   /**
  90    * @throws java.lang.Exception
  91    */
  92   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  93   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  94   {
  95     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  96         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  97   }
  98
  99   /**
 100    * @throws java.lang.Exception
 101    */
 102   @AfterClass(alwaysRun = true)
 103   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
 104   {
 105     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 106   }
 107
 108
 109 }