test/jalview/io/JSONFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  24
  25 import jalview.api.AlignExportSettingI;
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.Sequence;
  32 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  33 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.gui.AlignFrame;
  36 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  37 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  38
  39 import java.io.IOException;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.HashMap;
  42 import java.util.List;
  43
  44 import org.testng.Assert;
  45 import org.testng.AssertJUnit;
  46 import org.testng.annotations.AfterTest;
  47 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  48 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  49 import org.testng.annotations.Test;
  50
  51 public class JSONFileTest
  52 {
  53
  54   private int TEST_SEQ_HEIGHT = 0;
  55
  56   private int TEST_GRP_HEIGHT = 0;
  57
  58   private int TEST_ANOT_HEIGHT = 0;
  59
  60   private int TEST_CS_HEIGHT = 0;
  61
  62   private String TEST_JSON_FILE = "examples/example.json";
  63
  64   private Alignment alignment;
  65
  66   private HashMap<String, SequenceI> expectedSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
  67
  68   private HashMap<String, AlignmentAnnotation> expectedAnnots = new HashMap<String, AlignmentAnnotation>();
  69
  70   private HashMap<String, SequenceGroup> expectedGrps = new HashMap<String, SequenceGroup>();
  71
  72   private ColumnSelection expectedColSel = new ColumnSelection();
  73
  74   private SequenceI[] expectedHiddenSeqs = new SequenceI[1];
  75
  76   private AlignmentI testAlignment;
  77
  78   private int passedCount;
  79
  80   private JSONFile testJsonFile;
  81
  82   private JSONFile jf;
  83
  84   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  85   public void setup() throws Exception
  86   {
  87     // create and add sequences
  88     Sequence[] seqs = new Sequence[5];
  89     seqs[0] = new Sequence("FER_CAPAN",
  90             "SVSATMISTSFMPRKPAVTSL-KPIPNVGE--ALF", 3, 34);
  91     seqs[1] = new Sequence("FER1_SOLLC",
  92             "SISGTMISTSFLPRKPAVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  93     seqs[2] = new Sequence("Q93XJ9_SOLTU",
  94             "SISGTMISTSFLPRKPVVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  95     seqs[3] = new Sequence("FER1_PEA",
  96             "ALYGTAVSTSFLRTQPMPMSV-TTTKAFSN--GFL", 6, 37);
  97     seqs[4] = new Sequence("Q7XA98_TRIPR",
  98             "ALYGTAVSTSFMRRQPVPMSV-ATTTTTKAFPSGF", 6, 39);
  99
 100     SequenceI hiddenSeq = new Sequence("FER_TOCH",
 101             "FILGTMISKSFLFRKPAVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
 102     expectedHiddenSeqs[0] = hiddenSeq;
 103
 104     // create and add sequence features
 105     SequenceFeature seqFeature2 = new SequenceFeature("feature_x",
 106             "desciption", "status", 6, 15, "Jalview");
 107     SequenceFeature seqFeature3 = new SequenceFeature("feature_x",
 108             "desciption", "status", 9, 18, "Jalview");
 109     SequenceFeature seqFeature4 = new SequenceFeature("feature_x",
 110             "desciption", "status", 9, 18, "Jalview");
 111     seqs[2].addSequenceFeature(seqFeature2);
 112     seqs[3].addSequenceFeature(seqFeature3);
 113     seqs[4].addSequenceFeature(seqFeature4);
 114
 115     for (Sequence seq : seqs)
 116     {
 117       seq.createDatasetSequence();
 118       expectedSeqs.put(seq.getName(), seq);
 119     }
 120
 121     // create and add sequence groups
 122     ArrayList<SequenceI> grpSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
 123     grpSeqs.add(seqs[1]);
 124     grpSeqs.add(seqs[2]);
 125     grpSeqs.add(seqs[3]);
 126     grpSeqs.add(seqs[4]);
 127     SequenceGroup seqGrp = new SequenceGroup(grpSeqs, "JGroup:1883305585",
 128             null, true, true, false, 21, 29);
 129     ColourSchemeI scheme = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 130             "zappo", seqGrp);
 131     seqGrp.cs = scheme;
 132     seqGrp.setShowNonconserved(false);
 133     seqGrp.setDescription(null);
 134
 135     expectedGrps.put(seqGrp.getName(), seqGrp);
 136
 137     // create and add annotation
 138     Annotation[] annot = new Annotation[35];
 139     annot[0] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 140     annot[1] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 141     annot[2] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 142     annot[3] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 143     annot[4] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 144     annot[5] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 145     annot[6] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 146     annot[7] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 147     annot[8] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 148     annot[9] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 149     annot[10] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 150     annot[11] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 151     annot[12] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 152     annot[13] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 153     annot[14] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 154     annot[15] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 155     annot[16] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 156     annot[17] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 157     annot[18] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 158     annot[19] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 159     annot[20] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 160     annot[21] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 161     annot[22] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 162     annot[23] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 163     annot[24] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 164     annot[25] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 165     annot[26] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 166     annot[27] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 167     annot[28] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 168     annot[29] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 169     annot[30] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 170     annot[31] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 171     annot[32] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 172     annot[33] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 173     annot[34] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 174
 175     AlignmentAnnotation alignAnnot = new AlignmentAnnotation(
 176             "Secondary Structure", "New description", annot);
 177     expectedAnnots.put(alignAnnot.label, alignAnnot);
 178
 179     expectedColSel.hideColumns(32, 33);
 180     expectedColSel.hideColumns(34, 34);
 181
 182     TEST_SEQ_HEIGHT = expectedSeqs.size();
 183     TEST_GRP_HEIGHT = expectedGrps.size();
 184     TEST_ANOT_HEIGHT = expectedAnnots.size();
 185     TEST_CS_HEIGHT = expectedColSel.getHiddenColumns().size();
 186
 187     AlignExportSettingI exportSettings = new AlignExportSettingI()
 188     {
 189       @Override
 190       public boolean isExportHiddenSequences()
 191       {
 192         return true;
 193       }
 194
 195       @Override
 196       public boolean isExportHiddenColumns()
 197       {
 198         return true;
 199       }
 200
 201       @Override
 202       public boolean isExportGroups()
 203       {
 204         return true;
 205       }
 206
 207       @Override
 208       public boolean isExportFeatures()
 209       {
 210         return true;
 211       }
 212
 213       @Override
 214       public boolean isExportAnnotations()
 215       {
 216         return true;
 217       }
 218
 219       @Override
 220       public boolean isCancelled()
 221       {
 222         return false;
 223       }
 224     };
 225
 226     AppletFormatAdapter formatAdapter = new AppletFormatAdapter();
 227     try
 228     {
 229       alignment = (Alignment) formatAdapter.readFile(TEST_JSON_FILE,
 230               AppletFormatAdapter.FILE, JSONFile.FILE_DESC);
 231       jf = (JSONFile) formatAdapter.getAlignFile();
 232
 233       AlignFrame af = new AlignFrame(alignment, jf.getHiddenSequences(),
 234               jf.getColumnSelection(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 235               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 236       af.getViewport().setShowSequenceFeatures(jf.isShowSeqFeatures());
 237       String colourSchemeName = jf.getGlobalColourScheme();
 238       ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 239               colourSchemeName, alignment);
 240       af.changeColour(cs);
 241       af.getViewport().setFeaturesDisplayed(jf.getDisplayedFeatures());
 242
 243       formatAdapter = new AppletFormatAdapter(af.alignPanel, exportSettings);
 244       String jsonOutput = formatAdapter.formatSequences(JSONFile.FILE_DESC,
 245               af.alignPanel.getAlignment(), false);
 246
 247       formatAdapter = new AppletFormatAdapter();
 248       testAlignment = formatAdapter.readFile(jsonOutput,
 249               AppletFormatAdapter.PASTE, JSONFile.FILE_DESC);
 250       testJsonFile = (JSONFile) formatAdapter.getAlignFile();
 251       // System.out.println(jsonOutput);
 252     } catch (IOException e)
 253     {
 254       e.printStackTrace();
 255     }
 256
 257   }
 258
 259   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 260   public void methodSetup()
 261   {
 262     passedCount = 0;
 263   }
 264
 265   @AfterTest(alwaysRun = true)
 266   public void tearDown() throws Exception
 267   {
 268     testJsonFile = null;
 269     alignment = null;
 270     expectedSeqs = null;
 271     expectedAnnots = null;
 272     expectedGrps = null;
 273     testAlignment = null;
 274     jf = null;
 275   }
 276
 277   @Test(groups = { "Functional" })
 278   public void roundTripTest()
 279   {
 280     assertNotNull("JSON roundtrip test failed!", testJsonFile);
 281   }
 282
 283   @Test(groups = { "Functional" })
 284   public void testSeqParsed()
 285   {
 286     assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", testAlignment);
 287     Assert.assertNotNull(testAlignment.getSequences());
 288     for (SequenceI seq : testAlignment.getSequences())
 289     {
 290       SequenceI expectedSeq = expectedSeqs.get(seq.getName());
 291       AssertJUnit.assertTrue(
 292               "Failed Sequence Test  for >>> " + seq.getName(),
 293               isSeqMatched(expectedSeq, seq));
 294       passedCount++;
 295     }
 296     AssertJUnit.assertEquals("Some Sequences did not pass the test",
 297             TEST_SEQ_HEIGHT, passedCount);
 298   }
 299
 300   @Test(groups = { "Functional" })
 301   public void hiddenColsTest()
 302   {
 303     ColumnSelection cs = testJsonFile.getColumnSelection();
 304     Assert.assertNotNull(cs);
 305     Assert.assertNotNull(cs.getHiddenColumns());
 306     List<int[]> hiddenCols = cs.getHiddenColumns();
 307     Assert.assertEquals(hiddenCols.size(), TEST_CS_HEIGHT);
 308     Assert.assertEquals(hiddenCols, expectedColSel.getHiddenColumns(),
 309             "Mismatched hidden columns!");
 310   }
 311
 312   @Test(groups = { "Functional" })
 313   public void hiddenSeqsTest()
 314   {
 315     Assert.assertNotNull(testJsonFile.getHiddenSequences(),
 316             "Hidden sequence Expected but found Null");
 317     Assert.assertEquals(jf.getHiddenSequences().length, 1, "Hidden sequece");
 318   }
 319
 320   @Test(groups = { "Functional" })
 321   public void colorSchemeTest()
 322   {
 323     Assert.assertNotNull(testJsonFile.getGlobalColourScheme(),
 324             "Colourscheme is null, parsing failed!");
 325     Assert.assertEquals(testJsonFile.getGlobalColourScheme(), "Zappo",
 326             "Zappo colour scheme expected!");
 327   }
 328
 329   @Test(groups = { "Functional" })
 330   public void isShowSeqFeaturesSet()
 331   {
 332     Assert.assertTrue(testJsonFile.isShowSeqFeatures(),
 333             "Sequence feature isDisplayed setting expected to be true");
 334   }
 335
 336   @Test(groups = { "Functional" })
 337   public void testGrpParsed()
 338   {
 339     Assert.assertNotNull(testAlignment.getGroups());
 340     for (SequenceGroup seqGrp : testAlignment.getGroups())
 341     {
 342       SequenceGroup expectedGrp = expectedGrps.get(seqGrp.getName());
 343       AssertJUnit.assertTrue(
 344               "Failed SequenceGroup Test for >>> " + seqGrp.getName(),
 345               isGroupMatched(expectedGrp, seqGrp));
 346       passedCount++;
 347     }
 348     AssertJUnit.assertEquals("Some SequenceGroups did not pass the test",
 349             TEST_GRP_HEIGHT, passedCount);
 350   }
 351
 352   @Test(groups = { "Functional" })
 353   public void testAnnotationParsed()
 354   {
 355     Assert.assertNotNull(testAlignment.getAlignmentAnnotation());
 356     for (AlignmentAnnotation annot : testAlignment.getAlignmentAnnotation())
 357     {
 358       AlignmentAnnotation expectedAnnot = expectedAnnots.get(annot.label);
 359       AssertJUnit.assertTrue("Failed AlignmentAnnotation Test for >>> "
 360               + annot.label, isAnnotationMatched(expectedAnnot, annot));
 361       passedCount++;
 362     }
 363     AssertJUnit.assertEquals("Some Sequences did not pass the test",
 364             TEST_ANOT_HEIGHT, passedCount);
 365   }
 366
 367   public boolean isAnnotationMatched(AlignmentAnnotation eAnnot,
 368           AlignmentAnnotation annot)
 369   {
 370     if (!eAnnot.label.equals(annot.label)
 371             || !eAnnot.description.equals(annot.description)
 372             || eAnnot.annotations.length != annot.annotations.length)
 373     {
 374       return false;
 375     }
 376
 377     for (int x = 0; x < annot.annotations.length; x++)
 378     {
 379       Annotation y = annot.annotations[x];
 380       Annotation z = annot.annotations[x];
 381
 382       if (!y.displayCharacter.equals(z.displayCharacter)
 383               || y.value != z.value
 384               || y.secondaryStructure != z.secondaryStructure)
 385       {
 386         return false;
 387       }
 388     }
 389     return true;
 390   }
 391
 392   public boolean isSeqMatched(SequenceI expectedSeq, SequenceI actualSeq)
 393   {
 394     System.out.println("Testing >>> " + actualSeq.getName());
 395
 396     if (expectedSeq.getName().equals(actualSeq.getName())
 397             && expectedSeq.getSequenceAsString().equals(
 398                     actualSeq.getSequenceAsString())
 399             && expectedSeq.getStart() == actualSeq.getStart()
 400             && expectedSeq.getEnd() == actualSeq.getEnd()
 401             && featuresMatched(expectedSeq, actualSeq))
 402     {
 403       return true;
 404     }
 405     return false;
 406   }
 407
 408   public boolean isGroupMatched(SequenceGroup expectedGrp,
 409           SequenceGroup actualGrp)
 410   {
 411
 412     System.out.println("Testing >>> " + actualGrp.getName());
 413     System.out.println(expectedGrp.getName() + " | " + actualGrp.getName());
 414     System.out.println(expectedGrp.getColourText() + " | "
 415             + actualGrp.getColourText());
 416     System.out.println(expectedGrp.getDisplayBoxes() + " | "
 417             + actualGrp.getDisplayBoxes());
 418     System.out.println(expectedGrp.getIgnoreGapsConsensus() + " | "
 419             + actualGrp.getIgnoreGapsConsensus());
 420     System.out.println(expectedGrp.getSequences().size() + " | "
 421             + actualGrp.getSequences().size());
 422     System.out.println(expectedGrp.getStartRes() + " | "
 423             + actualGrp.getStartRes());
 424     System.out.println(expectedGrp.getEndRes() + " | "
 425             + actualGrp.getEndRes());
 426     System.out.println(expectedGrp.cs + " | " + actualGrp.cs);
 427
 428     if (expectedGrp.getName().equals(actualGrp.getName())
 429             && expectedGrp.getColourText() == actualGrp.getColourText()
 430             && expectedGrp.getDisplayBoxes() == actualGrp.getDisplayBoxes()
 431             && expectedGrp.getIgnoreGapsConsensus() == actualGrp
 432                     .getIgnoreGapsConsensus()
 433             && (expectedGrp.cs.getClass().equals(actualGrp.cs.getClass()))
 434             && expectedGrp.getSequences().size() == actualGrp
 435                     .getSequences().size()
 436             && expectedGrp.getStartRes() == actualGrp.getStartRes()
 437             && expectedGrp.getEndRes() == actualGrp.getEndRes())
 438     {
 439       return true;
 440     }
 441     return false;
 442   }
 443
 444   private boolean featuresMatched(SequenceI seq1, SequenceI seq2)
 445   {
 446     boolean matched = false;
 447     try
 448     {
 449       if (seq1 == null && seq2 == null)
 450       {
 451         return true;
 452       }
 453
 454       SequenceFeature[] inFeature = seq1.getSequenceFeatures();
 455       SequenceFeature[] outFeature = seq2.getSequenceFeatures();
 456
 457       if (inFeature == null && outFeature == null)
 458       {
 459         return true;
 460       }
 461       else if ((inFeature == null && outFeature != null)
 462               || (inFeature != null && outFeature == null))
 463       {
 464         return false;
 465       }
 466
 467       int testSize = inFeature.length;
 468       int matchedCount = 0;
 469       for (SequenceFeature in : inFeature)
 470       {
 471         for (SequenceFeature out : outFeature)
 472         {
 473           System.out.println(out.getType() + " | " + in.getType());
 474           System.out.println(out.getBegin() + " | " + in.getBegin());
 475           System.out.println(out.getEnd() + " | " + in.getEnd());
 476
 477           if (inFeature.length == outFeature.length
 478                   && in.getBegin() == out.getBegin()
 479                   && in.getEnd() == out.getEnd()
 480                   && in.getScore() == out.getScore()
 481                   && in.getFeatureGroup().equals(out.getFeatureGroup())
 482                   && in.getType().equals(out.getType()))
 483           {
 484
 485             ++matchedCount;
 486           }
 487         }
 488       }
 489       System.out.println("matched count >>>>>> " + matchedCount);
 490       if (testSize == matchedCount)
 491       {
 492         matched = true;
 493       }
 494     } catch (Exception e)
 495     {
 496       e.printStackTrace();
 497     }
 498     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>> features matched : " + matched);
 499     return matched;
 500   }
 501 }