test/jalview/io/JSONFileTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3
   4 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
   5 import jalview.datamodel.Alignment;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.datamodel.Annotation;
   9 import jalview.datamodel.Sequence;
  10 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  11 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13 import jalview.gui.AlignFrame;
  14 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  15 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  16 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed;
  17
  18 import java.io.IOException;
  19 import java.util.ArrayList;
  20 import java.util.HashMap;
  21
  22 import org.junit.After;
  23 import org.junit.Assert;
  24 import org.junit.Before;
  25 import org.junit.Test;
  26
  27 public class JSONFileTest
  28 {
  29
  30   private int TEST_SEQ_HEIGHT = 0;
  31
  32   private int TEST_GRP_HEIGHT = 0;
  33
  34   private int TEST_ANOT_HEIGHT = 0;
  35
  36   private AlignFrame af;
  37
  38   AlignmentI alignment;
  39
  40   AlignmentPanel alignPanel;
  41
  42   HashMap<String, SequenceI> testSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
  43   HashMap<String, AlignmentAnnotation> testAnnots = new HashMap<String, AlignmentAnnotation>();
  44   HashMap<String, SequenceGroup> testGrps = new HashMap<String, SequenceGroup>();
  45
  46   @Before
  47   public void setup() throws Exception
  48   {
  49     // create and add sequences
  50     Sequence[] seqs = new Sequence[5];
  51     seqs[0] = new Sequence("FER_CAPAN",
  52             "SVSATMISTSFMPRKPAVTSL-KPIPNVGE--ALF", 3, 34);
  53     seqs[1] = new Sequence("FER1_SOLLC",
  54             "SISGTMISTSFLPRKPAVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  55     seqs[2] = new Sequence("Q93XJ9_SOLTU",
  56             "SISGTMISTSFLPRKPVVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  57     seqs[3] = new Sequence("FER1_PEA",
  58             "ALYGTAVSTSFLRTQPMPMSV-TTTKAFSN--GFL", 6, 37);
  59     seqs[4] = new Sequence("Q7XA98_TRIPR",
  60             "ALYGTAVSTSFMRRQPVPMSV-ATTTTTKAFPSGF", 6, 39);
  61
  62     // create and add sequence features
  63     SequenceFeature seqFeature2 = new SequenceFeature("feature_x",
  64             "desciption", "status", 6, 15, "Jalview");
  65     SequenceFeature seqFeature3 = new SequenceFeature("feature_x",
  66             "desciption", "status", 9, 18, "Jalview");
  67     SequenceFeature seqFeature4 = new SequenceFeature("feature_x",
  68             "desciption", "status", 9, 18, "Jalview");
  69     seqs[2].addSequenceFeature(seqFeature2);
  70     seqs[3].addSequenceFeature(seqFeature3);
  71     seqs[4].addSequenceFeature(seqFeature4);
  72
  73     // add created features to features displayed
  74     FeaturesDisplayed fDis = new FeaturesDisplayed();
  75     fDis.setVisible("feature_x");
  76     // jsonFile.setDisplayedFeatures(fDis);
  77     // jsonFile.setShowSeqFeatures(true);
  78
  79     for (Sequence seq : seqs)
  80     {
  81       seq.setDatasetSequence(seq);
  82       testSeqs.put(seq.getName(), seq);
  83       // jsonFile.seqs.add(seq);
  84     }
  85
  86     // create and add sequence groups
  87     ArrayList<SequenceI> grpSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
  88     grpSeqs.add(seqs[1]);
  89     grpSeqs.add(seqs[2]);
  90     grpSeqs.add(seqs[3]);
  91     grpSeqs.add(seqs[4]);
  92     ColourSchemeI scheme = JSONFile.getJalviewColorScheme("zappo");
  93     SequenceGroup seqGrp = new SequenceGroup(grpSeqs, "JGroup:1883305585",
  94             scheme, true, true, false, 21, 29);
  95     seqGrp.setShowNonconserved(false);
  96     seqGrp.setDescription(null);
  97     // jsonFile.seqGroups.add(seqGrp);
  98     testGrps.put(seqGrp.getName(), seqGrp);
  99
 100     // create and add annotation
 101     Annotation[] annot = new Annotation[35];
 102     annot[0] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 103     annot[1] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 104     annot[2] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 105     annot[3] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 106     annot[4] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 107     annot[5] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 108     annot[6] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 109     annot[7] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 110     annot[8] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 111     annot[9] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 112     annot[10] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 113     annot[11] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 114     annot[12] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 115     annot[13] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 116     annot[14] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 117     annot[15] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 118     annot[16] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 119     annot[17] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 120     annot[18] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 121     annot[19] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 122     annot[20] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 123     annot[21] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 124     annot[22] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 125     annot[23] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 126     annot[24] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 127     annot[25] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 128     annot[26] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 129     annot[27] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 130     annot[28] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 131     annot[29] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 132     annot[30] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 133     annot[31] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 134     annot[32] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 135     annot[33] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 136     annot[34] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 137
 138     AlignmentAnnotation alignAnnot = new AlignmentAnnotation(
 139             "Secondary Structure", "New description", annot);
 140     // jsonFile.annotations.add(alignAnnot);
 141     testAnnots.put(alignAnnot.label, alignAnnot);
 142
 143     // Alignment al = new Alignment(seqs);
 144     TEST_SEQ_HEIGHT = testSeqs.size();
 145     TEST_GRP_HEIGHT = testGrps.size();
 146     TEST_ANOT_HEIGHT = testAnnots.size();
 147   }
 148
 149   @After
 150   public void tearDown() throws Exception
 151   {
 152   }
 153
 154   @Test
 155   public void testParse()
 156   {
 157     String jsonFile = "examples/example.json";
 158     AppletFormatAdapter rf = new AppletFormatAdapter();
 159     Alignment al = null;
 160     try
 161     {
 162       al = rf.readFile(jsonFile, AppletFormatAdapter.FILE,
 163               JSONFile.FILE_DESC);
 164     } catch (IOException e)
 165     {
 166       e.printStackTrace();
 167     }
 168     assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
 169
 170     int passedCount = 0;
 171     for (SequenceI seq : al.getSequences())
 172     {
 173       SequenceI expectedSeq = testSeqs.get(seq.getName());
 174       Assert.assertTrue("Failed Sequence Test  for >>> " + seq.getName(),
 175               isSeqMatched(expectedSeq, seq));
 176       passedCount++;
 177     }
 178     Assert.assertEquals("Some Sequences did not pass the test",
 179             TEST_SEQ_HEIGHT, passedCount);
 180
 181     passedCount = 0;
 182     for (SequenceGroup seqGrp : al.getGroups())
 183     {
 184       SequenceGroup expectedGrp = testGrps.get(seqGrp.getName());
 185       Assert.assertTrue(
 186               "Failed SequenceGroup Test for >>> " + seqGrp.getName(),
 187               isGroupMatched(expectedGrp, seqGrp));
 188       passedCount++;
 189     }
 190     Assert.assertEquals("Some SequenceGroups did not pass the test",
 191             TEST_GRP_HEIGHT, passedCount);
 192
 193     passedCount = 0;
 194     for (AlignmentAnnotation annot : al.getAlignmentAnnotation())
 195     {
 196       AlignmentAnnotation expectedAnnot = testAnnots.get(annot.label);
 197       Assert.assertTrue("Failed AlignmentAnnotation Test for >>> "
 198               + annot.label, isAnnotationMatched(expectedAnnot, annot));
 199       passedCount++;
 200     }
 201     Assert.assertEquals("Some Sequences did not pass the test",
 202             TEST_ANOT_HEIGHT, passedCount);
 203
 204     // af = new AlignFrame(al, 700, 500);
 205     // AlignViewport viewport = af.getViewport();
 206     // alignPanel = new AlignmentPanel(af, viewport);
 207   }
 208
 209   public boolean isAnnotationMatched(AlignmentAnnotation eAnnot,
 210           AlignmentAnnotation annot)
 211   {
 212     if (!eAnnot.label.equals(annot.label)
 213             || !eAnnot.description.equals(annot.description)
 214             || eAnnot.annotations.length != annot.annotations.length)
 215     {
 216       return false;
 217     }
 218
 219     for (int x = 0; x < annot.annotations.length; x++)
 220     {
 221       Annotation y = annot.annotations[x];
 222       Annotation z = annot.annotations[x];
 223
 224       if (!y.displayCharacter.equals(z.displayCharacter)
 225               || y.value != z.value
 226               || y.secondaryStructure != z.secondaryStructure)
 227       {
 228         return false;
 229       }
 230     }
 231     return true;
 232   }
 233
 234   public boolean isSeqMatched(SequenceI expectedSeq, SequenceI actualSeq)
 235   {
 236     System.out.println("Testing >>> " + actualSeq.getName());
 237
 238     if (expectedSeq.getName().equals(actualSeq.getName())
 239             && expectedSeq.getSequenceAsString().equals(
 240                     actualSeq.getSequenceAsString())
 241             && expectedSeq.getStart() == actualSeq.getStart()
 242             && expectedSeq.getEnd() == actualSeq.getEnd()
 243             && featuresMatched(expectedSeq, actualSeq))
 244     {
 245       return true;
 246     }
 247     return false;
 248   }
 249
 250   public boolean isGroupMatched(SequenceGroup expectedGrp,
 251           SequenceGroup actualGrp)
 252   {
 253
 254     System.out.println("Testing >>> " + actualGrp.getName());
 255     System.out.println(expectedGrp.getName() + " | " + actualGrp.getName());
 256     System.out.println(expectedGrp.getColourText() + " | "
 257             + actualGrp.getColourText());
 258     System.out.println(expectedGrp.getDisplayBoxes() + " | "
 259             + actualGrp.getDisplayBoxes());
 260     System.out.println(expectedGrp.getIgnoreGapsConsensus() + " | "
 261             + actualGrp.getIgnoreGapsConsensus());
 262     System.out.println(expectedGrp.getSequences().size() + " | "
 263             + actualGrp.getSequences().size());
 264     System.out.println(expectedGrp.getStartRes() + " | "
 265             + actualGrp.getStartRes());
 266     System.out.println(expectedGrp.getEndRes() + " | "
 267             + actualGrp.getEndRes());
 268
 269     if (expectedGrp.getName().equals(actualGrp.getName())
 270             && expectedGrp.getColourText() == actualGrp.getColourText()
 271             && expectedGrp.getDisplayBoxes() == actualGrp.getDisplayBoxes()
 272             && expectedGrp.getIgnoreGapsConsensus() == actualGrp
 273                     .getIgnoreGapsConsensus()
 274             && expectedGrp.cs.equals(actualGrp.cs)
 275             && expectedGrp.getSequences().size() == actualGrp
 276                     .getSequences().size()
 277             && expectedGrp.getStartRes() == actualGrp.getStartRes()
 278             && expectedGrp.getEndRes() == actualGrp.getEndRes())
 279     {
 280       return true;
 281     }
 282     return false;
 283   }
 284
 285   private boolean featuresMatched(SequenceI seq1, SequenceI seq2)
 286   {
 287     boolean matched = false;
 288     try
 289     {
 290       if (seq1 == null && seq2 == null)
 291       {
 292         return true;
 293       }
 294
 295       SequenceFeature[] inFeature = seq1.getSequenceFeatures();
 296       SequenceFeature[] outFeature = seq2.getSequenceFeatures();
 297
 298       if (inFeature == null && outFeature == null)
 299       {
 300         return true;
 301       }
 302       else if ((inFeature == null && outFeature != null)
 303               || (inFeature != null && outFeature == null))
 304       {
 305         return false;
 306       }
 307
 308       int testSize = inFeature.length;
 309       int matchedCount = 0;
 310       for (SequenceFeature in : inFeature)
 311       {
 312         for (SequenceFeature out : outFeature)
 313         {
 314           System.out.println(out.getType() + " | " + in.getType());
 315           System.out.println(out.getBegin() + " | " + in.getBegin());
 316           System.out.println(out.getEnd() + " | " + in.getEnd());
 317
 318           if (inFeature.length == outFeature.length
 319                   && in.getBegin() == out.getBegin()
 320                   && in.getEnd() == out.getEnd()
 321                   && in.getScore() == out.getScore()
 322                   && in.getFeatureGroup().equals(out.getFeatureGroup())
 323                   && in.getType().equals(out.getType()))
 324           {
 325
 326             ++matchedCount;
 327           }
 328         }
 329       }
 330       System.out.println("matched count >>>>>> " + matchedCount);
 331       if (testSize == matchedCount)
 332       {
 333         matched = true;
 334       }
 335     } catch (Exception e)
 336     {
 337       e.printStackTrace();
 338     }
 339     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>> features matched : " + matched);
 340     return matched;
 341   }
 342 }