test/jalview/io/Jalview2xmlBase.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.bin.Jalview;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.Desktop;
   8
   9 import java.util.Date;
  10
  11 import org.testng.annotations.AfterClass;
  12 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  13 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  14
  15 public class Jalview2xmlBase
  16 {
  17
  18   /**
  19    * @throws java.lang.Exception
  20    */
  21   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  22   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  23   {
  24     /*
  25      * use read-only test properties file
  26      */
  27     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  28
  29     /*
  30      * set news feed last read to a future time to ensure no
  31      * 'unread' news item is displayed
  32      */
  33     Date oneHourFromNow = new Date(System.currentTimeMillis() + 3600 * 1000);
  34     Cache.setDateProperty("JALVIEW_NEWS_RSS_LASTMODIFIED", oneHourFromNow);
  35
  36     Jalview.main(new String[] {});
  37   }
  38
  39   /**
  40    * @throws java.lang.Exception
  41    */
  42   @AfterClass(alwaysRun = true)
  43   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  44   {
  45     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  46   }
  47
  48   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  49   public static void clearDesktop()
  50   {
  51     if (Desktop.instance != null && Desktop.getAlignFrames() != null)
  52     {
  53       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  54     }
  55   }
  56
  57   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  58   {
  59     int numdsann = 0;
  60     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  61     {
  62       if (sq.getAnnotation() != null)
  63       {
  64         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  65         {
  66           if (dssa.isValidStruc())
  67           {
  68             numdsann++;
  69           }
  70         }
  71       }
  72     }
  73     return numdsann;
  74   }
  75
  76 }