test/jalview/io/Jalview2xmlBase.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.gui.Desktop;
   7
   8 import java.time.Instant;
   9 import java.util.Date;
  10
  11 import org.testng.annotations.AfterClass;
  12 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  13 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  14
  15 public class Jalview2xmlBase
  16 {
  17
  18   /**
  19    * @throws java.lang.Exception
  20    */
  21   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  22   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  23   {
  24     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  25         "test/jalview/io/testProps_nodas.jvprops" });
  26     jalview.bin.Cache.setProperty(
  27             "JALVIEW_NEWS_RSS_LASTMODIFIED",
  28             Cache.date_format.format(Date.from(Instant.now().plusSeconds(
  29                     3600))));
  30   }
  31
  32   /**
  33    * @throws java.lang.Exception
  34    */
  35   @AfterClass(alwaysRun = true)
  36   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  37   {
  38     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  39   }
  40
  41   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  42   public static void clearDesktop()
  43   {
  44     if (Desktop.instance != null && Desktop.getAlignFrames() != null)
  45     {
  46       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  47     }
  48   }
  49
  50   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  51   {
  52     int numdsann = 0;
  53     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  54     {
  55       if (sq.getAnnotation() != null)
  56       {
  57         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  58         {
  59           if (dssa.isValidStruc())
  60           {
  61             numdsann++;
  62           }
  63         }
  64       }
  65     }
  66     return numdsann;
  67   }
  68
  69 }