test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  24 import static org.junit.Assert.fail;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.AlignFrame;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  33
  34 import java.io.File;
  35
  36 import org.junit.AfterClass;
  37 import org.junit.BeforeClass;
  38 import org.junit.Test;
  39
  40 public class Jalview2xmlTests
  41 {
  42
  43   /**
  44    * @throws java.lang.Exception
  45    */
  46   @BeforeClass
  47   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  48   {
  49     jalview.bin.Jalview.main(new String[]
  50     { "-props", "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  51   }
  52
  53   /**
  54    * @throws java.lang.Exception
  55    */
  56   @AfterClass
  57   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  58   {
  59     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  60
  61   }
  62
  63   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  64   {
  65     int numdsann = 0;
  66     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  67     {
  68       if (sq.getAnnotation() != null)
  69       {
  70         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  71         {
  72           if (dssa.isValidStruc())
  73           {
  74             numdsann++;
  75           }
  76         }
  77       }
  78     }
  79     return numdsann;
  80   }
  81
  82   @Test
  83   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
  84   {
  85     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  86     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
  87             .getAbsolutePath();
  88     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  89             inFile, FormatAdapter.FILE);
  90     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
  91     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
  92     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
  93     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
  94     assertTrue(
  95             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
  96             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  97     assertTrue("Failed to store as a project.",
  98             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
  99     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 100     af = null;
 101     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 102             FormatAdapter.FILE);
 103     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 104     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 105     assertTrue(
 106             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 107                     + olddsann + " and now " + newdsann,
 108             olddsann == newdsann);
 109     System.out
 110             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 111                     + olddsann + ")");
 112     assertTrue(
 113             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
 114             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 115   }
 116
 117   @Test
 118   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 119   {
 120     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 121     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 122             .getAbsolutePath();
 123     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 124             inFile, FormatAdapter.FILE);
 125     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 126     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 127     assertTrue(
 128             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 129             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 130                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 131     assertTrue(
 132             "Recognise T-Coffee score from string",
 133             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 134                     .getAlignment(),
 135                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 136                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 137
 138     assertTrue("Failed to store as a project.",
 139             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 140     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 141     af = null;
 142     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 143             FormatAdapter.FILE);
 144     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 145     assertTrue(
 146             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 147             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 148                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 149     System.out
 150             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 151   }
 152
 153   @Test
 154   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 155   {
 156     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 157     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 158             .getAbsolutePath();
 159     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 160             inFile, FormatAdapter.FILE);
 161     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 162     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 163     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 164             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 165     assertTrue(
 166             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 167             aa != null && aa.length > 0);
 168     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 169             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 170     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 171             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 172     cs.setSeqAssociated(true);
 173     gcs.setSeqAssociated(true);
 174     af.changeColour(cs);
 175     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 176     sg.setStartRes(57);
 177     sg.setEndRes(92);
 178     sg.cs = gcs;
 179     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 180     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 181     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 182     af.alignPanel.alignmentChanged();
 183     assertTrue("Failed to store as a project.",
 184             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 185     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 186     af = null;
 187     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 188             FormatAdapter.FILE);
 189     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 190
 191     // check for group and alignment colourschemes
 192
 193     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 194     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 195             .get(0).cs;
 196     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 197     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 198             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 199     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 200     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 201             __rcs.isSeqAssociated());
 202
 203     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 204     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 205     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 206             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 207     {
 208       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 209               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 210       {
 211         diffseqcols = true;
 212       }
 213     }
 214     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 215     System.out
 216             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 217
 218     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 219     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 220             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 221     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 222     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 223             __rcs.isSeqAssociated());
 224
 225     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 226             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 227     {
 228       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 229               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 230       {
 231         diffgseqcols = true;
 232       }
 233     }
 234     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 235     System.out
 236             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 237   }
 238
 239   @Test
 240   public void gatherViewsHere() throws Exception
 241   {
 242     int origCount = Desktop.getAlignframes() == null ? 0 : Desktop
 243             .getAlignframes().length;
 244     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 245             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 246     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 247     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 248             Desktop.getAlignframes().length == 1 + origCount);
 249
 250   }
 251
 252   @Test
 253   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 254   {
 255     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 256             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 257     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 258     AlignmentViewPanel sps = null;
 259     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 260     {
 261       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 262       {
 263         sps = ap;
 264         break;
 265       }
 266     }
 267     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 268     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 269     AlignmentAnnotation refan = null;
 270     for (AlignmentAnnotation ra:sps.getAlignment().getAlignmentAnnotation())
 271     {
 272       if (ra.graph != 0)
 273       {
 274         refan = ra;
 275         break;
 276       }
 277     }
 278     assertTrue("Annotation secondary structure not found.",refan!=null);
 279     assertTrue("Couldn't find 1a70 null chain", sq != null);
 280     // compare the manually added temperature factor annotation
 281     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 282     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 283     {
 284       AlignmentAnnotation alaa;
 285       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 286       alaa.adjustForAlignment();
 287       if (ala.graph == refan.graph)
 288       {
 289         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 290         {
 291           sq.findPosition(p);
 292           try {
 293             assertTrue(
 294                     "Mismatch at alignment position " + p,
 295                   (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 296                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value);
 297           }
 298           catch (NullPointerException q)
 299           {
 300             fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 301                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 302                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 303           }
 304           }
 305       }
 306     }
 307
 308   }
 309 }