test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.api.AlignViewportI;
  30 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  31 import jalview.api.ViewStyleI;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  36 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  37 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.gui.AlignFrame;
  40 import jalview.gui.Desktop;
  41 import jalview.gui.Jalview2XML;
  42 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  43 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  44 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  45 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  46
  47 import java.io.File;
  48 import java.time.Instant;
  49 import java.util.ArrayList;
  50 import java.util.Date;
  51 import java.util.HashMap;
  52 import java.util.List;
  53 import java.util.Map;
  54
  55 import org.testng.Assert;
  56 import org.testng.AssertJUnit;
  57 import org.testng.annotations.AfterClass;
  58 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  59 import org.testng.annotations.Test;
  60
  61 @Test(singleThreaded = true)
  62 public class Jalview2xmlTests
  63 {
  64
  65   /**
  66    * @throws java.lang.Exception
  67    */
  68   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  69   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  70   {
  71     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  72         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  73     jalview.bin.Cache.setProperty("JALVIEW_NEWS_RSS_LASTMODIFIED",
  74             Cache.date_format.format(Date.from(Instant.now().plusSeconds(
  75                     3600))));
  76   }
  77
  78   /**
  79    * @throws java.lang.Exception
  80    */
  81   @AfterClass(alwaysRun = true)
  82   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  83   {
  84     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  85   }
  86
  87   int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  88   {
  89     int numdsann = 0;
  90     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  91     {
  92       if (sq.getAnnotation() != null)
  93       {
  94         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  95         {
  96           if (dssa.isValidStruc())
  97           {
  98             numdsann++;
  99           }
 100         }
 101       }
 102     }
 103     return numdsann;
 104   }
 105
 106   @Test(groups = { "Functional" })
 107   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 108   {
 109     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 110     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 111             .getAbsolutePath();
 112     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 113             inFile, FormatAdapter.FILE);
 114     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 115     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 116     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
 117     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
 118     assertTrue(
 119             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
 120             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 121     assertTrue("Failed to store as a project.",
 122             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 123     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 124     af = null;
 125     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 126             FormatAdapter.FILE);
 127     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 128     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 129     assertTrue(
 130             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 131                     + olddsann + " and now " + newdsann,
 132             olddsann == newdsann);
 133     System.out
 134             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 135                     + olddsann + ")");
 136     assertTrue(
 137             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
 138             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 139   }
 140
 141   @Test(groups = { "Functional" })
 142   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 143   {
 144     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 145     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 146             .getAbsolutePath();
 147     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 148             inFile, FormatAdapter.FILE);
 149     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 150     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 151     assertTrue(
 152             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 153             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 154                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 155     assertTrue(
 156             "Recognise T-Coffee score from string",
 157             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 158                     .getAlignment(),
 159                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 160                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 161
 162     assertTrue("Failed to store as a project.",
 163             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 164     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 165     af = null;
 166     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 167             FormatAdapter.FILE);
 168     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 169     assertTrue(
 170             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 171             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 172                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 173     System.out
 174             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 175   }
 176
 177   @Test(groups = { "Functional" })
 178   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 179   {
 180     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 181     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 182             .getAbsolutePath();
 183     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 184             inFile, FormatAdapter.FILE);
 185     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 186     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 187     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 188             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 189     assertTrue(
 190             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 191             aa != null && aa.length > 0);
 192     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 193             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 194     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 195             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 196     cs.setSeqAssociated(true);
 197     gcs.setSeqAssociated(true);
 198     af.changeColour(cs);
 199     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 200     sg.setStartRes(57);
 201     sg.setEndRes(92);
 202     sg.cs = gcs;
 203     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 204     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 205     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 206     af.alignPanel.alignmentChanged();
 207     assertTrue("Failed to store as a project.",
 208             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 209     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 210     af = null;
 211     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 212             FormatAdapter.FILE);
 213     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 214
 215     // check for group and alignment colourschemes
 216
 217     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 218     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 219             .get(0).cs;
 220     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 221     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 222             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 223     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 224     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 225             __rcs.isSeqAssociated());
 226
 227     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 228     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 229     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 230             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 231     {
 232       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 233               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 234       {
 235         diffseqcols = true;
 236       }
 237     }
 238     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 239     System.out
 240             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 241
 242     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 243     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 244             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 245     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 246     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 247             __rcs.isSeqAssociated());
 248
 249     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 250             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 251     {
 252       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 253               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 254       {
 255         diffgseqcols = true;
 256       }
 257     }
 258     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 259     System.out
 260             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 261   }
 262
 263   @Test(groups = { "Functional" })
 264   public void gatherViewsHere() throws Exception
 265   {
 266     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 267             .getAlignFrames().length;
 268     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 269             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 270     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 271     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 272             Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount);
 273
 274   }
 275
 276   @Test(groups = { "Functional" })
 277   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 278   {
 279     // TODO: Make this pass without setting StructureParser.JALVIEW_PARSER
 280     // StructureImportSettings
 281     // .setDefaultPDBFileParser(StructureParser.JALVIEW_PARSER);
 282     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 283     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 284     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 285             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 286     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 287     AlignmentViewPanel sps = null;
 288     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 289     {
 290       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 291       {
 292         sps = ap;
 293         break;
 294       }
 295     }
 296     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 297     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 298     AlignmentAnnotation refan = null;
 299     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 300             .getAlignmentAnnotation())
 301     {
 302       if (ra.graph != 0)
 303       {
 304         refan = ra;
 305         break;
 306       }
 307     }
 308     assertTrue("Annotation secondary structure not found.", refan != null);
 309     assertTrue("Couldn't find 1a70 null chain", sq != null);
 310     // compare the manually added temperature factor annotation
 311     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 312     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 313     {
 314       AlignmentAnnotation alaa;
 315       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 316       alaa.adjustForAlignment();
 317       if (ala.graph == refan.graph)
 318       {
 319         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 320         {
 321           sq.findPosition(p);
 322           try
 323           {
 324             assertTrue(
 325                     "Mismatch at alignment position " + p,
 326                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 327                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value);
 328           } catch (NullPointerException q)
 329           {
 330             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 331                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 332                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 333           }
 334         }
 335       }
 336     }
 337
 338   }
 339
 340   @Test(groups = { "Functional" })
 341   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 342   {
 343     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 344             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 345     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 346     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 347     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 348     {
 349       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 350       {
 351         sps = ap;
 352       }
 353       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 354       {
 355         groups = ap;
 356       }
 357     }
 358     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 359     assertTrue("Couldn't find the MAFFT view", groups != null);
 360
 361     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 362     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 363     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 364
 365     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 366     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 367             .getViewStyle()));
 368     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 369             .getViewStyle()));
 370
 371   }
 372
 373   /**
 374    * test store and recovery of expanded views
 375    *
 376    * @throws Exception
 377    */
 378   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 379   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 380   {
 381     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 382
 383     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 384             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 385     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 386     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 387     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 388
 389     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 390     // actually on the Desktop
 391     assertTrue(
 392             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window",
 393             af == Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()));
 394
 395     Desktop.explodeViews(af);
 396
 397     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 398     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 399             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 400     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 401     try
 402     {
 403       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 404     } catch (Error e)
 405     {
 406       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 407     } catch (Exception e)
 408     {
 409       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 410     }
 411     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 412     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 413     {
 414       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 415     }
 416     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 417             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 418     Assert.assertNotNull(af);
 419     Assert.assertEquals(
 420             Desktop.getAlignFrames().length,
 421             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 422     Assert.assertEquals(
 423             oldviews,
 424             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 425   }
 426
 427   /**
 428    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 429    * in each view.
 430    *
 431    * @throws Exception
 432    */
 433   @Test(groups = { "Functional" })
 434   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 435   {
 436     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 437     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 438             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 439     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 440     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 441
 442     // remember reference sequence for each panel
 443     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 444
 445     /*
 446      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 447      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 448      */
 449     int n = 1;
 450     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 451     {
 452       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 453       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 454       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 455       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 456       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 457
 458       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 459       // todo refactor this to an alignment view controller
 460       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 461       av.setColourByReferenceSeq(true);
 462       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 463
 464       n++;
 465     }
 466     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 467             ".jvp");
 468     try
 469     {
 470       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 471     } catch (Throwable e)
 472     {
 473       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 474     }
 475     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 476     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 477     {
 478       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 479     }
 480
 481     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 482             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 483     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 484
 485     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 486     {
 487       // check representative
 488       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 489       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 490       Assert.assertNotNull(rep,
 491               "Couldn't restore sequence representative from project");
 492       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 493       // will be different.
 494       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 495       // load/saves.
 496       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 497               rep.toString(),
 498               "Representative wasn't the same when recovered.");
 499       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 500               "Display reference sequence view setting not set.");
 501       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 502               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 503     }
 504   }
 505
 506   @Test(groups = { "Functional" })
 507   public void testIsVersionStringLaterThan()
 508   {
 509     /*
 510      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 511      * compatible
 512      */
 513     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 514     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 515     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 516     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 517             "Development Build"));
 518     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 519             "DEVELOPMENT BUILD"));
 520     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 521             "Development Build"));
 522     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 523     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 524     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 525     assertTrue(Jalview2XML
 526             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 527     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 528             "Automated Build"));
 529     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 530             "AUTOMATED BUILD"));
 531
 532     /*
 533      * same version returns true i.e. compatible
 534      */
 535     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 536     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 537     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 538     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 539     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 540
 541     /*
 542      * later version returns true
 543      */
 544     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 547     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 548     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 549
 550     /*
 551      * earlier version returns false
 552      */
 553     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 554     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 555     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 556     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 557     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 558   }
 559
 560   /**
 561    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 562    * representative sequence) in each view.
 563    *
 564    * @throws Exception
 565    */
 566   @Test(groups = { "Functional" })
 567   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 568   {
 569     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 570     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 571             "examples/uniref50.fa", FormatAdapter.FILE);
 572     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 573     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 574     // make a second view of the alignment
 575     af.newView_actionPerformed(null);
 576
 577     /*
 578      * remember representative and hidden sequences marked
 579      * on each panel
 580      */
 581     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 582     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<String, List<String>>();
 583
 584     /*
 585      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 586      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 587      */
 588     int n = 1;
 589     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 590     {
 591       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 592       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 593       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 594       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 595       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 596       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 597       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 598       List<String> hiddenNames = new ArrayList<String>();
 599       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 600
 601       /*
 602        * have rep sequence represent itself and the one before it
 603        * this hides the group (except for the rep seq)
 604        */
 605       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 606       sg.addSequence(repSeq, false);
 607       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 608       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 609       sg.setSeqrep(repSeq);
 610       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 611       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 612       av.setSelectionGroup(sg);
 613       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 614
 615       /*
 616        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 617        * (it does not create a group on the alignment)
 618        */
 619       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 620       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 621       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 622       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 623       assertTrue("alignment has groups", alignment.getGroups().isEmpty());
 624       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av.getHiddenRepSequences();
 625       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 626       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 627       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 628       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 629       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 630       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 631
 632       n++;
 633     }
 634     File tfile = File
 635             .createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 636             ".jvp");
 637     try
 638     {
 639       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 640     } catch (Throwable e)
 641     {
 642       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 643     }
 644     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 645     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 646     {
 647       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 648     }
 649
 650     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 651             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 652     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 653
 654     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 655     {
 656       String viewName = ap.getViewName();
 657       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 658       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 659       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 660       assertNotNull(groups);
 661       assertTrue("Alignment has groups", groups.isEmpty());
 662       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 663               .getHiddenRepSequences();
 664       assertNotNull("No hidden represented sequences", hiddenRepSeqsMap);
 665       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 666       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 667               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 668                       .getDisplayId(true));
 669
 670       /*
 671        * verify hidden sequences in restored panel
 672        */
 673       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 674       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 675       assertEquals(
 676               "wrong number of restored hidden sequences in "
 677                       + ap.getViewName(),
 678               hidden.size(), hs.getSize());
 679     }
 680   }
 681 }