test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   5 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.AlignFrame;
   8 import jalview.gui.Desktop;
   9 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  10 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
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  12 import java.io.File;
  13
  14 import org.junit.AfterClass;
  15 import org.junit.BeforeClass;
  16 import org.junit.Test;
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  18 public class Jalview2xmlTests
  19 {
  20
  21   /**
  22    * @throws java.lang.Exception
  23    */
  24   @BeforeClass
  25   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  26   {
  27     jalview.bin.Jalview.main(new String[] {"-props","test/src/jalview/io/testProps.jvprops"});
  28   }
  29
  30   /**
  31    * @throws java.lang.Exception
  32    */
  33   @AfterClass
  34   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  35   {
  36     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  37
  38   }
  39   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  40   {
  41     int numdsann=0;
  42     for (SequenceI sq: avp.getAlignment().getDataset().getSequences()) {
  43       if (sq.getAnnotation() != null)
  44       {
  45         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  46         {
  47           if (dssa.isValidStruc())
  48           {
  49             numdsann++;
  50           }
  51         }
  52       }
  53     }
  54     return numdsann;
  55   }
  56   @Test
  57   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
  58   {
  59     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  60     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
  61     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
  62     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
  63     int olddsann=countDsAnn(af.getViewport());
  64     assertTrue("Didn't find any dataset annotations",olddsann>0);
  65     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
  66     assertTrue("Couldn't apply RNA helices colourscheme",af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  67     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
  68     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
  69     af=null;
  70     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
  71     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
  72     int newdsann=countDsAnn(af.getViewport());
  73     assertTrue("Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "+olddsann+" and now "+newdsann,olddsann==newdsann);
  74     System.out.println("Read in same number of annotations as originally present ("+olddsann+")");
  75     assertTrue("RNA helices colourscheme was not applied on import.",af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  76   }
  77   @Test
  78   public void testTCoffeeScores() throws Exception
  79   {
  80     String inFile = "examples/uniref50.fa",inAnnot="examples/uniref50.score_ascii";
  81     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
  82     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
  83     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
  84     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null,null);
  85     assertTrue(
  86             "Didn't set T-coffee colourscheme",
  87             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
  88                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
  89     assertTrue(
  90             "Recognise T-Coffee score from string",
  91             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
  92                     .getAlignment(),
  93                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
  94                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
  95
  96     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
  97     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
  98     af=null;
  99     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
 100     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
 101     assertTrue("Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass().equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 102     System.out.println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 103   }
 104   @Test
 105   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 106   {
 107     String inFile = "examples/uniref50.fa",inAnnot="examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 108     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
 109     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
 110     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
 111     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null,null);
 112     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 113     assertTrue("Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",aa!=null && aa.length>0);
 114     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 115     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 116     cs.setSeqAssociated(true);
 117     gcs.setSeqAssociated(true);
 118     af.changeColour(cs);
 119     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 120     sg.setStartRes(57);
 121     sg.setEndRes(92);
 122     sg.cs = gcs;
 123     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 124     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 125     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 126     af.alignPanel.alignmentChanged();
 127     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 128     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 129     af=null;
 130     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
 131     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
 132
 133     // check for group and alignment colourschemes
 134
 135     ColourSchemeI _rcs=af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 136     ColourSchemeI _rgcs=af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0).cs;
 137     assertTrue("Didn't recover global colourscheme",_rcs!=null);
 138     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",_rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 139     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 140     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",__rcs.isSeqAssociated());
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 143     boolean diffseqcols=false,diffgseqcols=false;
 144     SequenceI[] sqs=af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 145     for (int p=0,pSize=af.getViewport().getAlignment().getWidth();p<pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols);p++)
 146     {
 147       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0])!=_rcs.findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 148       {
 149         diffseqcols = true;
 150       }
 151     }
 152     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 153     System.out.println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 154
 155     assertTrue("Didn't recover group colourscheme",_rgcs!=null);
 156     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",_rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 157     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 158     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",__rcs.isSeqAssociated());
 159
 160     for (int p=0,pSize=af.getViewport().getAlignment().getWidth();p<pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols);p++)
 161     {
 162     if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1])!=_rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 163       {
 164         diffgseqcols = true;
 165       }
 166     }
 167     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 168     System.out.println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 169   }
 170   @Test
 171   public void gatherViewsHere() throws Exception
 172   {
 173     int origCount = Desktop.getAlignframes().length;
 174     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 175     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.",af!=null);
 176     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.", Desktop.getAlignframes().length==1+origCount);
 177
 178   }
 179 }