test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.api.AlignViewportI;
  30 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  31 import jalview.api.ViewStyleI;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  34 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  35 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.gui.AlignFrame;
  39 import jalview.gui.Desktop;
  40 import jalview.gui.Jalview2XML;
  41 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  42 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  43 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  44 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  45
  46 import java.io.File;
  47 import java.util.ArrayList;
  48 import java.util.HashMap;
  49 import java.util.List;
  50 import java.util.Map;
  51
  52 import org.testng.Assert;
  53 import org.testng.AssertJUnit;
  54 import org.testng.annotations.Test;
  55
  56 @Test(singleThreaded = true)
  57 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  58 {
  59
  60   @Test(groups = { "Functional" })
  61   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
  62   {
  63     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  64     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
  65             .getAbsolutePath();
  66     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  67             inFile, FormatAdapter.FILE);
  68     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
  69     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
  70     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
  71     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
  72     assertTrue(
  73             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
  74             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  75     assertTrue("Failed to store as a project.",
  76             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
  77     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
  78     af = null;
  79     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
  80             FormatAdapter.FILE);
  81     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
  82     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
  83     assertTrue(
  84             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
  85                     + olddsann + " and now " + newdsann,
  86             olddsann == newdsann);
  87     System.out
  88             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
  89                     + olddsann + ")");
  90     assertTrue(
  91             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
  92             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  93   }
  94
  95   @Test(groups = { "Functional" })
  96   public void testTCoffeeScores() throws Exception
  97   {
  98     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
  99     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 100             .getAbsolutePath();
 101     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 102             inFile, FormatAdapter.FILE);
 103     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 104     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 105     assertTrue(
 106             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 107             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 108                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 109     assertTrue(
 110             "Recognise T-Coffee score from string",
 111             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 112                     .getAlignment(),
 113                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 114                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 115
 116     assertTrue("Failed to store as a project.",
 117             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 118     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 119     af = null;
 120     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 121             FormatAdapter.FILE);
 122     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 123     assertTrue(
 124             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 125             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 126                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 127     System.out
 128             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 129   }
 130
 131   @Test(groups = { "Functional" })
 132   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 133   {
 134     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 135     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 136             .getAbsolutePath();
 137     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 138             inFile, FormatAdapter.FILE);
 139     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 140     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 141     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 142             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 143     assertTrue(
 144             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 145             aa != null && aa.length > 0);
 146     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 147             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 148     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 149             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 150     cs.setSeqAssociated(true);
 151     gcs.setSeqAssociated(true);
 152     af.changeColour(cs);
 153     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 154     sg.setStartRes(57);
 155     sg.setEndRes(92);
 156     sg.cs = gcs;
 157     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 158     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 159     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 160     af.alignPanel.alignmentChanged();
 161     assertTrue("Failed to store as a project.",
 162             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 163     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 164     af = null;
 165     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 166             FormatAdapter.FILE);
 167     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 168
 169     // check for group and alignment colourschemes
 170
 171     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 172     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 173             .get(0).cs;
 174     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 175     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 176             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 177     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 178     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 179             __rcs.isSeqAssociated());
 180
 181     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 182     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 183     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 184             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 185     {
 186       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 187               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 188       {
 189         diffseqcols = true;
 190       }
 191     }
 192     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 193     System.out
 194             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 195
 196     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 197     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 198             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 199     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 200     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 201             __rcs.isSeqAssociated());
 202
 203     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 204             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 205     {
 206       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 207               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 208       {
 209         diffgseqcols = true;
 210       }
 211     }
 212     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 213     System.out
 214             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 215   }
 216
 217   @Test(groups = { "Functional" })
 218   public void gatherViewsHere() throws Exception
 219   {
 220     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 221             .getAlignFrames().length;
 222     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 223             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 224     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 225     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 226             Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount);
 227
 228   }
 229
 230   @Test(groups = { "Functional" })
 231   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 232   {
 233     // TODO: Make this pass without setting StructureParser.JALVIEW_PARSER
 234     // StructureImportSettings
 235     // .setDefaultPDBFileParser(StructureParser.JALVIEW_PARSER);
 236     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 237     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 238     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 239             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 240     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 241     AlignmentViewPanel sps = null;
 242     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 243     {
 244       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 245       {
 246         sps = ap;
 247         break;
 248       }
 249     }
 250     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 251     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 252     AlignmentAnnotation refan = null;
 253     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 254             .getAlignmentAnnotation())
 255     {
 256       if (ra.graph != 0)
 257       {
 258         refan = ra;
 259         break;
 260       }
 261     }
 262     assertTrue("Annotation secondary structure not found.", refan != null);
 263     assertTrue("Couldn't find 1a70 null chain", sq != null);
 264     // compare the manually added temperature factor annotation
 265     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 266     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 267     {
 268       AlignmentAnnotation alaa;
 269       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 270       alaa.adjustForAlignment();
 271       if (ala.graph == refan.graph)
 272       {
 273         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 274         {
 275           sq.findPosition(p);
 276           try
 277           {
 278             assertTrue(
 279                     "Mismatch at alignment position " + p,
 280                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 281                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value);
 282           } catch (NullPointerException q)
 283           {
 284             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 285                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 286                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 287           }
 288         }
 289       }
 290     }
 291
 292   }
 293
 294   @Test(groups = { "Functional" })
 295   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 296   {
 297     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 298             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 299     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 300     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 301     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 302     {
 303       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 304       {
 305         sps = ap;
 306       }
 307       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 308       {
 309         groups = ap;
 310       }
 311     }
 312     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 313     assertTrue("Couldn't find the MAFFT view", groups != null);
 314
 315     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 316     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 317     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 318
 319     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 320     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 321             .getViewStyle()));
 322     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 323             .getViewStyle()));
 324
 325   }
 326
 327   /**
 328    * test store and recovery of expanded views
 329    *
 330    * @throws Exception
 331    */
 332   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 333   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 334   {
 335     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 336
 337     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 338             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 339     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 340     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 341     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 342
 343     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 344     // actually on the Desktop
 345     assertTrue(
 346             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window",
 347             af == Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()));
 348
 349     Desktop.explodeViews(af);
 350
 351     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 352     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 353             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 354     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 355     try
 356     {
 357       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 358     } catch (Error e)
 359     {
 360       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 361     } catch (Exception e)
 362     {
 363       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 364     }
 365     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 366     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 367     {
 368       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 369     }
 370     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 371             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 372     Assert.assertNotNull(af);
 373     Assert.assertEquals(
 374             Desktop.getAlignFrames().length,
 375             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 376     Assert.assertEquals(
 377             oldviews,
 378             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 379   }
 380
 381   /**
 382    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 383    * in each view.
 384    *
 385    * @throws Exception
 386    */
 387   @Test(groups = { "Functional" })
 388   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 389   {
 390     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 391     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 392             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 393     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 394     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 395
 396     // remember reference sequence for each panel
 397     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 398
 399     /*
 400      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 401      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 402      */
 403     int n = 1;
 404     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 405     {
 406       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 407       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 408       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 409       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 410       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 411
 412       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 413       // todo refactor this to an alignment view controller
 414       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 415       av.setColourByReferenceSeq(true);
 416       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 417
 418       n++;
 419     }
 420     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 421             ".jvp");
 422     try
 423     {
 424       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 425     } catch (Throwable e)
 426     {
 427       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 428     }
 429     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 430     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 431     {
 432       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 433     }
 434
 435     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 436             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 437     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 438
 439     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 440     {
 441       // check representative
 442       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 443       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 444       Assert.assertNotNull(rep,
 445               "Couldn't restore sequence representative from project");
 446       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 447       // will be different.
 448       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 449       // load/saves.
 450       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 451               rep.toString(),
 452               "Representative wasn't the same when recovered.");
 453       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 454               "Display reference sequence view setting not set.");
 455       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 456               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 457     }
 458   }
 459
 460   @Test(groups = { "Functional" })
 461   public void testIsVersionStringLaterThan()
 462   {
 463     /*
 464      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 465      * compatible
 466      */
 467     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 468     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 469     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 470     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 471             "Development Build"));
 472     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 473             "DEVELOPMENT BUILD"));
 474     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 475             "Development Build"));
 476     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 477     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 478     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 479     assertTrue(Jalview2XML
 480             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 481     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 482             "Automated Build"));
 483     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 484             "AUTOMATED BUILD"));
 485
 486     /*
 487      * same version returns true i.e. compatible
 488      */
 489     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 490     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 491     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 492     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 493     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 494
 495     /*
 496      * later version returns true
 497      */
 498     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 499     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 500     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 501     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 502     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 503
 504     /*
 505      * earlier version returns false
 506      */
 507     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 508     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 509     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 510     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 511     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 516    * representative sequence) in each view.
 517    *
 518    * @throws Exception
 519    */
 520   @Test(groups = { "Functional" })
 521   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 522   {
 523     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 524     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 525             "examples/uniref50.fa", FormatAdapter.FILE);
 526     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 527     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 528     // make a second view of the alignment
 529     af.newView_actionPerformed(null);
 530
 531     /*
 532      * remember representative and hidden sequences marked
 533      * on each panel
 534      */
 535     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 536     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<String, List<String>>();
 537
 538     /*
 539      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 540      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 541      */
 542     int n = 1;
 543     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 544     {
 545       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 546       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 547       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 548       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 549       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 550       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 551       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 552       List<String> hiddenNames = new ArrayList<String>();
 553       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 554
 555       /*
 556        * have rep sequence represent itself and the one before it
 557        * this hides the group (except for the rep seq)
 558        */
 559       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 560       sg.addSequence(repSeq, false);
 561       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 562       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 563       sg.setSeqrep(repSeq);
 564       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 565       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 566       av.setSelectionGroup(sg);
 567       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 568
 569       /*
 570        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 571        * (it does not create a group on the alignment)
 572        */
 573       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 574       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 575       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 576       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 577       assertTrue("alignment has groups", alignment.getGroups().isEmpty());
 578       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av.getHiddenRepSequences();
 579       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 580       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 581       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 582       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 583       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 584       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 585
 586       n++;
 587     }
 588     File tfile = File
 589             .createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 590             ".jvp");
 591     try
 592     {
 593       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 594     } catch (Throwable e)
 595     {
 596       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 597     }
 598     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 599     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 600     {
 601       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 602     }
 603
 604     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 605             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 606     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 607
 608     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 609     {
 610       String viewName = ap.getViewName();
 611       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 612       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 613       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 614       assertNotNull(groups);
 615       assertTrue("Alignment has groups", groups.isEmpty());
 616       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 617               .getHiddenRepSequences();
 618       assertNotNull("No hidden represented sequences", hiddenRepSeqsMap);
 619       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 620       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 621               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 622                       .getDisplayId(true));
 623
 624       /*
 625        * verify hidden sequences in restored panel
 626        */
 627       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 628       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 629       assertEquals(
 630               "wrong number of restored hidden sequences in "
 631                       + ap.getViewName(),
 632               hidden.size(), hs.getSize());
 633     }
 634   }
 635 }