test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   5 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.AlignFrame;
   8 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
   9 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
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  11 import java.io.File;
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  13 import org.junit.AfterClass;
  14 import org.junit.BeforeClass;
  15 import org.junit.Test;
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  17 public class Jalview2xmlTests
  18 {
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  20   /**
  21    * @throws java.lang.Exception
  22    */
  23   @BeforeClass
  24   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  25   {
  26     jalview.bin.Jalview.main(new String[] {"-props","test/src/jalview/io/testProps.jvprops"});
  27   }
  28
  29   /**
  30    * @throws java.lang.Exception
  31    */
  32   @AfterClass
  33   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  34   {
  35     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  36
  37   }
  38   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  39   {
  40     int numdsann=0;
  41     for (SequenceI sq: avp.getAlignment().getDataset().getSequences()) {
  42       if (sq.getAnnotation() != null)
  43       {
  44         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  45         {
  46           if (dssa.isValidStruc())
  47           {
  48             numdsann++;
  49           }
  50         }
  51       }
  52     }
  53     return numdsann;
  54   }
  55   @Test
  56   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
  57   {
  58     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  59     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
  60     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
  61     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
  62     int olddsann=countDsAnn(af.getViewport());
  63     assertTrue("Didn't find any dataset annotations",olddsann>0);
  64     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
  65     assertTrue("Couldn't apply RNA helices colourscheme",af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  66     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
  67     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
  68     af=null;
  69     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
  70     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
  71     int newdsann=countDsAnn(af.getViewport());
  72     assertTrue("Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "+olddsann+" and now "+newdsann,olddsann==newdsann);
  73     System.out.println("Read in same number of annotations as originally present ("+olddsann+")");
  74     assertTrue("RNA helices colourscheme was not applied on import.",af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  75   }
  76   @Test
  77   public void testTCoffeeScores() throws Exception
  78   {
  79     String inFile = "examples/uniref50.fa",inAnnot="examples/uniref50.score_ascii";
  80     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
  81     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
  82     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
  83     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null,null);
  84     assertTrue(
  85             "Didn't set T-coffee colourscheme",
  86             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
  87                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
  88     assertTrue(
  89             "Recognise T-Coffee score from string",
  90             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
  91                     .getAlignment(),
  92                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
  93                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
  94
  95     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
  96     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
  97     af=null;
  98     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
  99     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
 100     assertTrue("Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass().equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 101     System.out.println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 102   }
 103   @Test
 104   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 105   {
 106     String inFile = "examples/uniref50.fa",inAnnot="examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 107     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
 108     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
 109     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
 110     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null,null);
 111     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 112     assertTrue("Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",aa!=null && aa.length>0);
 113     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 114     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 115     cs.setSeqAssociated(true);
 116     gcs.setSeqAssociated(true);
 117     af.changeColour(cs);
 118     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 119     sg.setStartRes(57);
 120     sg.setEndRes(92);
 121     sg.cs = gcs;
 122     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 123     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 124     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 125     af.alignPanel.alignmentChanged();
 126     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 127     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 128     af=null;
 129     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
 130     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
 131
 132     // check for group and alignment colourschemes
 133
 134     ColourSchemeI _rcs=af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 135     ColourSchemeI _rgcs=af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0).cs;
 136     assertTrue("Didn't recover global colourscheme",_rcs!=null);
 137     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",_rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 138     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 139     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",__rcs.isSeqAssociated());
 140
 141
 142     boolean diffseqcols=false,diffgseqcols=false;
 143     SequenceI[] sqs=af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 144     for (int p=0,pSize=af.getViewport().getAlignment().getWidth();p<pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols);p++)
 145     {
 146       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0])!=_rcs.findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 147       {
 148         diffseqcols = true;
 149       }
 150     }
 151     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 152     System.out.println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 153
 154     assertTrue("Didn't recover group colourscheme",_rgcs!=null);
 155     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",_rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 156     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 157     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",__rcs.isSeqAssociated());
 158
 159     for (int p=0,pSize=af.getViewport().getAlignment().getWidth();p<pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols);p++)
 160     {
 161     if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1])!=_rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 162       {
 163         diffgseqcols = true;
 164       }
 165     }
 166     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 167     System.out.println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 168   }
 169 }