test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.Desktop;
  29 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  30 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  31
  32 import java.io.File;
  33
  34 import org.junit.AfterClass;
  35 import org.junit.BeforeClass;
  36 import org.junit.Test;
  37
  38 public class Jalview2xmlTests
  39 {
  40
  41   /**
  42    * @throws java.lang.Exception
  43    */
  44   @BeforeClass
  45   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  46   {
  47     jalview.bin.Jalview.main(new String[]
  48     { "-props", "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  49   }
  50
  51   /**
  52    * @throws java.lang.Exception
  53    */
  54   @AfterClass
  55   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  56   {
  57     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  58
  59   }
  60
  61   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  62   {
  63     int numdsann = 0;
  64     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  65     {
  66       if (sq.getAnnotation() != null)
  67       {
  68         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  69         {
  70           if (dssa.isValidStruc())
  71           {
  72             numdsann++;
  73           }
  74         }
  75       }
  76     }
  77     return numdsann;
  78   }
  79
  80   @Test
  81   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
  82   {
  83     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  84     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
  85             .getAbsolutePath();
  86     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  87             inFile, FormatAdapter.FILE);
  88     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
  89     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
  90     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
  91     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
  92     assertTrue(
  93             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
  94             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  95     assertTrue("Failed to store as a project.",
  96             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
  97     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
  98     af = null;
  99     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 100             FormatAdapter.FILE);
 101     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 102     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 103     assertTrue(
 104             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 105                     + olddsann + " and now " + newdsann,
 106             olddsann == newdsann);
 107     System.out
 108             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 109                     + olddsann + ")");
 110     assertTrue(
 111             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
 112             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 113   }
 114
 115   @Test
 116   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 117   {
 118     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 119     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 120             .getAbsolutePath();
 121     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 122             inFile, FormatAdapter.FILE);
 123     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 124     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 125     assertTrue(
 126             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 127             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 128                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 129     assertTrue(
 130             "Recognise T-Coffee score from string",
 131             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 132                     .getAlignment(),
 133                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 134                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 135
 136     assertTrue("Failed to store as a project.",
 137             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 138     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 139     af = null;
 140     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 141             FormatAdapter.FILE);
 142     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 143     assertTrue(
 144             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 145             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 146                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 147     System.out
 148             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 149   }
 150
 151   @Test
 152   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 153   {
 154     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 155     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 156             .getAbsolutePath();
 157     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 158             inFile, FormatAdapter.FILE);
 159     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 160     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 161     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 162             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 163     assertTrue(
 164             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 165             aa != null && aa.length > 0);
 166     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 167             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 168     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 169             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 170     cs.setSeqAssociated(true);
 171     gcs.setSeqAssociated(true);
 172     af.changeColour(cs);
 173     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 174     sg.setStartRes(57);
 175     sg.setEndRes(92);
 176     sg.cs = gcs;
 177     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 178     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 179     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 180     af.alignPanel.alignmentChanged();
 181     assertTrue("Failed to store as a project.",
 182             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 183     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 184     af = null;
 185     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 186             FormatAdapter.FILE);
 187     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 188
 189     // check for group and alignment colourschemes
 190
 191     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 192     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 193             .get(0).cs;
 194     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 195     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 196             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 197     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 198     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 199             __rcs.isSeqAssociated());
 200
 201     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 202     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 203     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 204             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 205     {
 206       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 207               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 208       {
 209         diffseqcols = true;
 210       }
 211     }
 212     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 213     System.out
 214             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 215
 216     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 217     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 218             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 219     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 220     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 221             __rcs.isSeqAssociated());
 222
 223     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 224             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 225     {
 226       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 227               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 228       {
 229         diffgseqcols = true;
 230       }
 231     }
 232     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 233     System.out
 234             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 235   }
 236
 237   @Test
 238   public void gatherViewsHere() throws Exception
 239   {
 240     int origCount = Desktop.getAlignframes().length;
 241     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 242             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 243     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 244     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 245             Desktop.getAlignframes().length == 1 + origCount);
 246
 247   }
 248 }