test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.gui.AlignFrame;
   7
   8 import java.io.File;
   9
  10 import org.junit.AfterClass;
  11 import org.junit.BeforeClass;
  12 import org.junit.Test;
  13
  14 public class Jalview2xmlTests
  15 {
  16
  17   /**
  18    * @throws java.lang.Exception
  19    */
  20   @BeforeClass
  21   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  22   {
  23     jalview.bin.Jalview.main(new String[] {"-props","test/src/jalview/io/testProps.jvprops"});
  24   }
  25
  26   /**
  27    * @throws java.lang.Exception
  28    */
  29   @AfterClass
  30   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  31   {
  32     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  33
  34   }
  35   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  36   {
  37     int numdsann=0;
  38     for (SequenceI sq: avp.getAlignment().getDataset().getSequences()) {
  39       if (sq.getAnnotation() != null)
  40       {
  41         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  42         {
  43           if (dssa.isValidStruc())
  44           {
  45             numdsann++;
  46           }
  47         }
  48       }
  49     }
  50     return numdsann;
  51   }
  52   @Test
  53   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
  54   {
  55     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  56     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
  57     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
  58     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
  59     int olddsann=countDsAnn(af.getViewport());
  60     assertTrue("Didn't find any dataset annotations",olddsann>0);
  61     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
  62     assertTrue("Couldn't apply RNA helices colourscheme",af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  63     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
  64     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
  65     af=null;
  66     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
  67     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
  68     int newdsann=countDsAnn(af.getViewport());
  69     assertTrue("Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "+olddsann+" and now "+newdsann,olddsann==newdsann);
  70     System.out.println("Read in same number of annotations as originally present ("+olddsann+")");
  71     assertTrue("RNA helices colourscheme was not applied on import.",af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  72   }
  73   @Test
  74   public void testTCoffeeScores() throws Exception
  75   {
  76     String inFile = "examples/uniref50.fa",inAnnot="examples/uniref50.score_ascii";
  77     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
  78     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
  79     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
  80     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null,null);
  81     assertTrue(
  82             "Didn't set T-coffee colourscheme",
  83             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
  84                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
  85     assertTrue(
  86             "Recognise T-Coffee score from string",
  87             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
  88                     .getAlignment(),
  89                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
  90                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
  91
  92     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
  93     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
  94     af=null;
  95     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
  96     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
  97     assertTrue("Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass().equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
  98     System.out.println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
  99   }
 100 }