test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.api.ViewStyleI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  30 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.AlignFrame;
  33 import jalview.gui.Desktop;
  34 import jalview.gui.Jalview2XML;
  35 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  36 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  37
  38 import java.io.File;
  39 import java.util.HashMap;
  40 import java.util.Map;
  41
  42 import org.testng.Assert;
  43 import org.testng.AssertJUnit;
  44 import org.testng.annotations.AfterClass;
  45 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  46 import org.testng.annotations.Test;
  47
  48 @Test(singleThreaded = true)
  49 public class Jalview2xmlTests
  50 {
  51
  52   /**
  53    * @throws java.lang.Exception
  54    */
  55   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  56   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  57   {
  58     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  59         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  60   }
  61
  62   /**
  63    * @throws java.lang.Exception
  64    */
  65   @AfterClass
  66   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  67   {
  68     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  69
  70   }
  71
  72   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  73   {
  74     int numdsann = 0;
  75     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  76     {
  77       if (sq.getAnnotation() != null)
  78       {
  79         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  80         {
  81           if (dssa.isValidStruc())
  82           {
  83             numdsann++;
  84           }
  85         }
  86       }
  87     }
  88     return numdsann;
  89   }
  90
  91   @Test(groups = { "Functional" })
  92   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
  93   {
  94     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  95     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
  96             .getAbsolutePath();
  97     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  98             inFile, FormatAdapter.FILE);
  99     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 100     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 101     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
 102     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
 103     assertTrue(
 104             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
 105             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 106     assertTrue("Failed to store as a project.",
 107             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 108     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 109     af = null;
 110     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 111             FormatAdapter.FILE);
 112     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 113     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 114     assertTrue(
 115             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 116                     + olddsann + " and now " + newdsann,
 117             olddsann == newdsann);
 118     System.out
 119             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 120                     + olddsann + ")");
 121     assertTrue(
 122             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
 123             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 124   }
 125
 126   @Test(groups = { "Functional" })
 127   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 128   {
 129     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 130     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 131             .getAbsolutePath();
 132     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 133             inFile, FormatAdapter.FILE);
 134     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 135     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 136     assertTrue(
 137             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 138             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 139                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 140     assertTrue(
 141             "Recognise T-Coffee score from string",
 142             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 143                     .getAlignment(),
 144                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 145                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 146
 147     assertTrue("Failed to store as a project.",
 148             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 149     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 150     af = null;
 151     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 152             FormatAdapter.FILE);
 153     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 154     assertTrue(
 155             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 156             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 157                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 158     System.out
 159             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 160   }
 161
 162   @Test(groups = { "Functional" })
 163   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 164   {
 165     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 166     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 167             .getAbsolutePath();
 168     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 169             inFile, FormatAdapter.FILE);
 170     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 171     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 172     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 173             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 174     assertTrue(
 175             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 176             aa != null && aa.length > 0);
 177     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 178             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 179     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 180             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 181     cs.setSeqAssociated(true);
 182     gcs.setSeqAssociated(true);
 183     af.changeColour(cs);
 184     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 185     sg.setStartRes(57);
 186     sg.setEndRes(92);
 187     sg.cs = gcs;
 188     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 189     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 190     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 191     af.alignPanel.alignmentChanged();
 192     assertTrue("Failed to store as a project.",
 193             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 194     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 195     af = null;
 196     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 197             FormatAdapter.FILE);
 198     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 199
 200     // check for group and alignment colourschemes
 201
 202     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 203     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 204             .get(0).cs;
 205     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 206     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 207             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 208     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 209     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 210             __rcs.isSeqAssociated());
 211
 212     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 213     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 214     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 215             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 216     {
 217       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 218               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 219       {
 220         diffseqcols = true;
 221       }
 222     }
 223     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 224     System.out
 225             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 226
 227     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 228     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 229             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 230     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 231     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 232             __rcs.isSeqAssociated());
 233
 234     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 235             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 236     {
 237       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 238               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 239       {
 240         diffgseqcols = true;
 241       }
 242     }
 243     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 244     System.out
 245             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 246   }
 247
 248   @Test(groups = { "Functional" })
 249   public void gatherViewsHere() throws Exception
 250   {
 251     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 252             .getAlignFrames().length;
 253     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 254             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 255     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 256     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 257             Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount);
 258
 259   }
 260
 261   @Test(groups = { "Functional" })
 262   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 263   {
 264     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
 265             Boolean.TRUE.toString());
 266     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
 267             Boolean.TRUE.toString());
 268     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 269             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 270     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 271     AlignmentViewPanel sps = null;
 272     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 273     {
 274       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 275       {
 276         sps = ap;
 277         break;
 278       }
 279     }
 280     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 281     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 282     AlignmentAnnotation refan = null;
 283     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 284             .getAlignmentAnnotation())
 285     {
 286       if (ra.graph != 0)
 287       {
 288         refan = ra;
 289         break;
 290       }
 291     }
 292     assertTrue("Annotation secondary structure not found.", refan != null);
 293     assertTrue("Couldn't find 1a70 null chain", sq != null);
 294     // compare the manually added temperature factor annotation
 295     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 296     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 297     {
 298       AlignmentAnnotation alaa;
 299       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 300       alaa.adjustForAlignment();
 301       if (ala.graph == refan.graph)
 302       {
 303         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 304         {
 305           sq.findPosition(p);
 306           try
 307           {
 308             assertTrue(
 309                     "Mismatch at alignment position " + p,
 310                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 311                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value);
 312           } catch (NullPointerException q)
 313           {
 314             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 315                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 316                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 317           }
 318         }
 319       }
 320     }
 321
 322   }
 323
 324   @Test(groups = { "Functional" })
 325   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 326   {
 327     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 328             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 329     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 330     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 331     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 332     {
 333       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 334       {
 335         sps = ap;
 336       }
 337       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 338       {
 339         groups = ap;
 340       }
 341     }
 342     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 343     assertTrue("Couldn't find the MAFFT view", groups != null);
 344
 345     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 346     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 347     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 348
 349     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 350     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 351             .getViewStyle()));
 352     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 353             .getViewStyle()));
 354
 355   }
 356
 357   /**
 358    * test store and recovery of expanded views - currently this is disabled
 359    * since the Desktop.explodeViews method doesn't seem to result in the views
 360    * being expanded to distinct align frames when executed programmatically.
 361    *
 362    * @throws Exception
 363    */
 364   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
 365   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 366   {
 367     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 368             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 369     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 370     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 371     {
 372       final AlignFrame xaf = af;
 373       af = null;
 374       new Thread(new Runnable()
 375       {
 376         @Override
 377         public void run()
 378         {
 379           Desktop.instance.explodeViews(xaf);
 380         }
 381       }).start();
 382       Thread.sleep(1000);
 383     }
 384     // int times = 0;
 385     // while (++times < 5 && Desktop.getAlignFrames().length < )
 386     // {
 387     // Thread.sleep(300);
 388     // }
 389     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 390     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 391             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 392     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 393     try
 394     {
 395       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 396     } catch (Error e)
 397     {
 398       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 399     } catch (Exception e)
 400     {
 401       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 402     }
 403     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 404     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 405     {
 406       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 407     }
 408     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 409             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 410     Assert.assertNotNull(af);
 411     Assert.assertEquals(
 412             Desktop.getAlignFrames().length,
 413             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 414     Assert.assertEquals(
 415             oldviews,
 416             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 417   }
 418
 419   /**
 420    * based on above test store and recovery of expanded views.
 421    *
 422    * @throws Exception
 423    */
 424   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 425   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 426   {
 427     String afid = "";
 428     {
 429       AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 430               "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 431       assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 432       afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 433     }
 434     Map<String, SequenceI> refs = new HashMap<String, SequenceI>();
 435     int n = 1;
 436     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 437     {
 438       // mark representative
 439       SequenceI rep = ap.getAlignment().getSequenceAt(
 440               n++ % ap.getAlignment().getHeight());
 441       refs.put(ap.getViewName(), rep);
 442       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 443       // todo refactor the to an alignment view controller
 444       ap.getAlignViewport().setDisplayReferenceSeq(true);
 445       ap.getAlignViewport().setColourByReferenceSeq(true);
 446       ap.getAlignViewport().getAlignment().setSeqrep(rep);
 447     }
 448     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 449             ".jvp");
 450     try
 451     {
 452       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 453     } catch (Error e)
 454     {
 455       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 456     } catch (Exception e)
 457     {
 458       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 459     }
 460     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 461     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 462     {
 463       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 464     }
 465     {
 466       AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 467             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 468       afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 469     }
 470     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 471     {
 472       // check representative
 473       SequenceI rep = ap.getAlignment().getSeqrep();
 474       Assert.assertNotNull(rep,
 475               "Couldn't restore sequence representative from project");
 476       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 477       // will be different.
 478       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 479       // load/saves.
 480       Assert.assertEquals(refs.get(ap.getViewName()).toString(),
 481               rep.toString(),
 482               "Representative wasn't the same when recovered.");
 483       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 484               "Display reference sequence view setting not set.");
 485       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 486               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 487     }
 488   }
 489
 490   @Test(groups = { "Functional" })
 491   public void testIsVersionStringLaterThan()
 492   {
 493     /*
 494      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 495      * compatible
 496      */
 497     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 498     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 499     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 500     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 501             "Development Build"));
 502     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 503             "DEVELOPMENT BUILD"));
 504     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 505             "Development Build"));
 506     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 507     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 508     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 509     assertTrue(Jalview2XML
 510             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 511     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 512             "Automated Build"));
 513     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 514             "AUTOMATED BUILD"));
 515
 516     /*
 517      * same version returns true i.e. compatible
 518      */
 519     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 520     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 521     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 522     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 523     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 524
 525     /*
 526      * later version returns true
 527      */
 528     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 529     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 530     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 531     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 532     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 533
 534     /*
 535      * earlier version returns false
 536      */
 537     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 538     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 539     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 540     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 541     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 542   }
 543 }