test/jalview/io/StockholmFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
  27
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.Annotation;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.JvOptionPane;
  34
  35 import java.io.File;
  36 import java.util.Arrays;
  37 import java.util.BitSet;
  38 import java.util.HashMap;
  39 import java.util.List;
  40 import java.util.Map;
  41
  42 import org.testng.Assert;
  43 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  44 import org.testng.annotations.Test;
  45
  46 public class StockholmFileTest
  47 {
  48
  49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  50   public void setUpJvOptionPane()
  51   {
  52     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  53     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  54   }
  55
  56   static String PfamFile = "examples/PF00111_seed.stk",
  57           RfamFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  58
  59   @Test(groups = { "Functional" })
  60   public void pfamFileIO() throws Exception
  61   {
  62     testFileIOwithFormat(new File(PfamFile), FileFormat.Stockholm, -1, 0,
  63             false, false, false);
  64   }
  65
  66   @Test(groups = { "Functional" })
  67   public void pfamFileDataExtraction() throws Exception
  68   {
  69     AppletFormatAdapter af = new AppletFormatAdapter();
  70     AlignmentI al = af.readFile(PfamFile, DataSourceType.FILE,
  71             new IdentifyFile().identify(PfamFile, DataSourceType.FILE));
  72     int numpdb = 0;
  73     for (SequenceI sq : al.getSequences())
  74     {
  75       if (sq.getAllPDBEntries() != null)
  76       {
  77         numpdb += sq.getAllPDBEntries().size();
  78       }
  79     }
  80     assertTrue(
  81             "PF00111 seed alignment has at least 1 PDB file, but the reader found none.",
  82             numpdb > 0);
  83   }
  84
  85   @Test(groups = { "Functional" })
  86   public void rfamFileIO() throws Exception
  87   {
  88     testFileIOwithFormat(new File(RfamFile), FileFormat.Stockholm, 2, 1,
  89             false, false, false);
  90   }
  91
  92   /**
  93    * test alignment data in given file can be imported, exported and reimported
  94    * with no dataloss
  95    *
  96    * @param f
  97    *          - source datafile (IdentifyFile.identify() should work with it)
  98    * @param ioformat
  99    *          - label for IO class used to write and read back in the data from
 100    *          f
 101    * @param ignoreFeatures
 102    * @param ignoreRowVisibility
 103    * @param allowNullAnnotations
 104    */
 105
 106   public static void testFileIOwithFormat(File f, FileFormatI ioformat,
 107           int naliannot, int nminseqann, boolean ignoreFeatures,
 108           boolean ignoreRowVisibility, boolean allowNullAnnotations)
 109   {
 110     System.out.println("Reading file: " + f);
 111     String ff = f.getPath();
 112     try
 113     {
 114       AppletFormatAdapter rf = new AppletFormatAdapter();
 115
 116       AlignmentI al = rf.readFile(ff, DataSourceType.FILE,
 117               new IdentifyFile().identify(ff, DataSourceType.FILE));
 118
 119       assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
 120
 121       // make sure dataset is initialised ? not sure about this
 122       for (int i = 0; i < al.getSequencesArray().length; ++i)
 123       {
 124         al.getSequenceAt(i).createDatasetSequence();
 125       }
 126       String outputfile = rf.formatSequences(ioformat, al, true);
 127       System.out.println("Output file in '" + ioformat + "':\n"
 128               + outputfile + "\n<<EOF\n");
 129       // test for consistency in io
 130       AlignmentI al_input = new AppletFormatAdapter().readFile(outputfile,
 131               DataSourceType.PASTE, ioformat);
 132       assertNotNull("Couldn't parse reimported alignment data.", al_input);
 133
 134       FileFormatI identifyoutput = new IdentifyFile().identify(outputfile,
 135               DataSourceType.PASTE);
 136       assertNotNull("Identify routine failed for outputformat " + ioformat,
 137               identifyoutput);
 138       assertTrue(
 139               "Identify routine could not recognise output generated by '"
 140                       + ioformat + "' writer",
 141               ioformat.equals(identifyoutput));
 142       testAlignmentEquivalence(al, al_input, ignoreFeatures,
 143               ignoreRowVisibility, allowNullAnnotations);
 144       int numaliannot = 0, numsqswithali = 0;
 145       for (AlignmentAnnotation ala : al_input.getAlignmentAnnotation())
 146       {
 147         if (ala.sequenceRef == null)
 148         {
 149           numaliannot++;
 150         }
 151         else
 152         {
 153           numsqswithali++;
 154         }
 155       }
 156       if (naliannot > -1)
 157       {
 158         assertEquals("Number of alignment annotations", naliannot,
 159                 numaliannot);
 160       }
 161
 162       assertTrue(
 163               "Number of sequence associated annotations wasn't at least "
 164                       + nminseqann, numsqswithali >= nminseqann);
 165
 166     } catch (Exception e)
 167     {
 168       e.printStackTrace();
 169       assertTrue("Couln't format the alignment for output file.", false);
 170     }
 171   }
 172
 173   /**
 174    * assert alignment equivalence
 175    *
 176    * @param al
 177    *          'original'
 178    * @param al_input
 179    *          'secondary' or generated alignment from some datapreserving
 180    *          transformation
 181    * @param ignoreFeatures
 182    *          when true, differences in sequence feature annotation are ignored
 183    */
 184   public static void testAlignmentEquivalence(AlignmentI al,
 185           AlignmentI al_input, boolean ignoreFeatures)
 186   {
 187     testAlignmentEquivalence(al, al_input, ignoreFeatures, false, false);
 188   }
 189
 190   /**
 191    * assert alignment equivalence - uses special comparators for RNA structure
 192    * annotation rows.
 193    *
 194    * @param al
 195    *          'original'
 196    * @param al_input
 197    *          'secondary' or generated alignment from some datapreserving
 198    *          transformation
 199    * @param ignoreFeatures
 200    *          when true, differences in sequence feature annotation are ignored
 201    *
 202    * @param ignoreRowVisibility
 203    *          when true, do not fail if there are differences in the visibility
 204    *          of annotation rows
 205    * @param allowNullAnnotation
 206    *          when true, positions in alignment annotation that are null will be
 207    *          considered equal to positions containing annotation where
 208    *          Annotation.isWhitespace() returns true.
 209    *
 210    */
 211   public static void testAlignmentEquivalence(AlignmentI al,
 212           AlignmentI al_input, boolean ignoreFeatures,
 213           boolean ignoreRowVisibility, boolean allowNullAnnotation)
 214   {
 215     assertNotNull("Original alignment was null", al);
 216     assertNotNull("Generated alignment was null", al_input);
 217
 218     assertTrue("Alignment dimension mismatch: original: " + al.getHeight()
 219             + "x" + al.getWidth() + ", generated: " + al_input.getHeight()
 220             + "x" + al_input.getWidth(),
 221             al.getHeight() == al_input.getHeight()
 222                     && al.getWidth() == al_input.getWidth());
 223
 224     // check Alignment annotation
 225     AlignmentAnnotation[] aa_new = al_input.getAlignmentAnnotation();
 226     AlignmentAnnotation[] aa_original = al.getAlignmentAnnotation();
 227
 228     // note - at moment we do not distinguish between alignment without any
 229     // annotation rows and alignment with no annotation row vector
 230     // we might want to revise this in future
 231     int aa_new_size = (aa_new == null ? 0 : aa_new.length);
 232     int aa_original_size = (aa_original == null ? 0 : aa_original.length);
 233     Map<Integer, BitSet> orig_groups = new HashMap<Integer, BitSet>();
 234     Map<Integer, BitSet> new_groups = new HashMap<Integer, BitSet>();
 235
 236     if (aa_new != null && aa_original != null)
 237     {
 238       for (int i = 0; i < aa_original.length; i++)
 239       {
 240         if (aa_new.length > i)
 241         {
 242           assertEqualSecondaryStructure(
 243                   "Different alignment annotation at position " + i,
 244                   aa_original[i], aa_new[i], allowNullAnnotation);
 245           // compare graphGroup or graph properties - needed to verify JAL-1299
 246           assertEquals("Graph type not identical.", aa_original[i].graph,
 247                   aa_new[i].graph);
 248           if (!ignoreRowVisibility)
 249           {
 250             assertEquals("Visibility not identical.",
 251                     aa_original[i].visible,
 252                   aa_new[i].visible);
 253           }
 254           assertEquals("Threshold line not identical.",
 255                   aa_original[i].threshold, aa_new[i].threshold);
 256           // graphGroup may differ, but pattern should be the same
 257           Integer o_ggrp = new Integer(aa_original[i].graphGroup + 2);
 258           Integer n_ggrp = new Integer(aa_new[i].graphGroup + 2);
 259           BitSet orig_g = orig_groups.get(o_ggrp);
 260           BitSet new_g = new_groups.get(n_ggrp);
 261           if (orig_g == null)
 262           {
 263             orig_groups.put(o_ggrp, orig_g = new BitSet());
 264           }
 265           if (new_g == null)
 266           {
 267             new_groups.put(n_ggrp, new_g = new BitSet());
 268           }
 269           assertEquals("Graph Group pattern differs at annotation " + i,
 270                   orig_g, new_g);
 271           orig_g.set(i);
 272           new_g.set(i);
 273         }
 274         else
 275         {
 276           System.err.println("No matching annotation row for "
 277                   + aa_original[i].toString());
 278         }
 279       }
 280     }
 281     assertEquals(
 282             "Generated and imported alignment have different annotation sets",
 283             aa_original_size, aa_new_size);
 284
 285     // check sequences, annotation and features
 286     SequenceI[] seq_original = new SequenceI[al.getSequencesArray().length];
 287     seq_original = al.getSequencesArray();
 288     SequenceI[] seq_new = new SequenceI[al_input.getSequencesArray().length];
 289     seq_new = al_input.getSequencesArray();
 290     SequenceFeature[] sequenceFeatures_original, sequenceFeatures_new;
 291     AlignmentAnnotation annot_original, annot_new;
 292     //
 293     for (int i = 0; i < al.getSequencesArray().length; i++)
 294     {
 295       String name = seq_original[i].getName();
 296       int start = seq_original[i].getStart();
 297       int end = seq_original[i].getEnd();
 298       System.out.println("Check sequence: " + name + "/" + start + "-"
 299               + end);
 300
 301       // search equal sequence
 302       for (int in = 0; in < al_input.getSequencesArray().length; in++)
 303       {
 304         if (name.equals(seq_new[in].getName())
 305                 && start == seq_new[in].getStart()
 306                 && end == seq_new[in].getEnd())
 307         {
 308           String ss_original = seq_original[i].getSequenceAsString();
 309           String ss_new = seq_new[in].getSequenceAsString();
 310           assertEquals("The sequences " + name + "/" + start + "-" + end
 311                   + " are not equal", ss_original, ss_new);
 312
 313           assertTrue(
 314                   "Sequence Features were not equivalent"
 315                           + (ignoreFeatures ? " ignoring." : ""),
 316                   ignoreFeatures
 317                           || (seq_original[i].getSequenceFeatures() == null && seq_new[in]
 318                                   .getSequenceFeatures() == null)
 319                           || (seq_original[i].getSequenceFeatures() != null && seq_new[in]
 320                                   .getSequenceFeatures() != null));
 321           // compare sequence features
 322           if (seq_original[i].getSequenceFeatures() != null
 323                   && seq_new[in].getSequenceFeatures() != null)
 324           {
 325             System.out.println("There are feature!!!");
 326             sequenceFeatures_original = new SequenceFeature[seq_original[i]
 327                     .getSequenceFeatures().length];
 328             sequenceFeatures_original = seq_original[i]
 329                     .getSequenceFeatures();
 330             sequenceFeatures_new = new SequenceFeature[seq_new[in]
 331                     .getSequenceFeatures().length];
 332             sequenceFeatures_new = seq_new[in].getSequenceFeatures();
 333
 334             assertEquals("different number of features",
 335                     seq_original[i].getSequenceFeatures().length,
 336                     seq_new[in].getSequenceFeatures().length);
 337
 338             for (int feat = 0; feat < seq_original[i].getSequenceFeatures().length; feat++)
 339             {
 340               assertEquals("Different features",
 341                       sequenceFeatures_original[feat],
 342                       sequenceFeatures_new[feat]);
 343             }
 344           }
 345           // compare alignment annotation
 346           if (al.getSequenceAt(i).getAnnotation() != null
 347                   && al_input.getSequenceAt(in).getAnnotation() != null)
 348           {
 349             for (int j = 0; j < al.getSequenceAt(i).getAnnotation().length; j++)
 350             {
 351               if (al.getSequenceAt(i).getAnnotation()[j] != null
 352                       && al_input.getSequenceAt(in).getAnnotation()[j] != null)
 353               {
 354                 annot_original = al.getSequenceAt(i).getAnnotation()[j];
 355                 annot_new = al_input.getSequenceAt(in).getAnnotation()[j];
 356                 assertEqualSecondaryStructure(
 357                         "Different annotation elements", annot_original,
 358                         annot_new, allowNullAnnotation);
 359               }
 360             }
 361           }
 362           else if (al.getSequenceAt(i).getAnnotation() == null
 363                   && al_input.getSequenceAt(in).getAnnotation() == null)
 364           {
 365             System.out.println("No annotations");
 366           }
 367           else if (al.getSequenceAt(i).getAnnotation() != null
 368                   && al_input.getSequenceAt(in).getAnnotation() == null)
 369           {
 370             fail("Annotations differed between sequences ("
 371                     + al.getSequenceAt(i).getName() + ") and ("
 372                     + al_input.getSequenceAt(i).getName() + ")");
 373           }
 374           break;
 375         }
 376       }
 377     }
 378   }
 379
 380   /**
 381    * compare two annotation rows, with special support for secondary structure
 382    * comparison. With RNA, only the value and the secondaryStructure symbols are
 383    * compared, displayCharacter and description are ignored. Annotations where
 384    * Annotation.isWhitespace() is true are always considered equal.
 385    *
 386    * @param message
 387    *          - not actually used yet..
 388    * @param annot_or
 389    *          - the original annotation
 390    * @param annot_new
 391    *          - the one compared to the original annotation
 392    * @param allowNullEquivalence
 393    *          when true, positions in alignment annotation that are null will be
 394    *          considered equal to non-null positions for which
 395    *          Annotation.isWhitespace() is true.
 396    */
 397   private static void assertEqualSecondaryStructure(String message,
 398           AlignmentAnnotation annot_or, AlignmentAnnotation annot_new,
 399           boolean allowNullEqivalence)
 400   {
 401     // TODO: test to cover this assert behaves correctly for all allowed
 402     // variations of secondary structure annotation row equivalence
 403     if (annot_or.annotations.length != annot_new.annotations.length)
 404     {
 405       fail("Different lengths for annotation row elements: "
 406               + annot_or.annotations.length + "!="
 407               + annot_new.annotations.length);
 408     }
 409     boolean isRna = annot_or.isRNA();
 410     assertTrue("Expected " + (isRna ? " valid RNA " : " no RNA ")
 411             + " secondary structure in the row.",
 412             isRna == annot_new.isRNA());
 413     for (int i = 0; i < annot_or.annotations.length; i++)
 414     {
 415       Annotation an_or = annot_or.annotations[i], an_new = annot_new.annotations[i];
 416       if (an_or != null && an_new != null)
 417       {
 418
 419         if (isRna)
 420         {
 421           if (an_or.secondaryStructure != an_new.secondaryStructure
 422                   || ((Float.isNaN(an_or.value) != Float
 423                           .isNaN(an_new.value)) || an_or.value != an_new.value))
 424           {
 425             fail("Different RNA secondary structure at column " + i
 426                     + " expected: [" + annot_or.annotations[i].toString()
 427                     + "] but got: [" + annot_new.annotations[i].toString()
 428                     + "]");
 429           }
 430         }
 431         else
 432         {
 433           // not RNA secondary structure, so expect all elements to match...
 434           if ((an_or.isWhitespace() != an_new.isWhitespace())
 435                   || !an_or.displayCharacter.trim().equals(
 436                   an_new.displayCharacter.trim())
 437                   || !("" + an_or.secondaryStructure).trim().equals(
 438                           ("" + an_new.secondaryStructure).trim())
 439                   || (an_or.description != an_new.description && !((an_or.description == null && an_new.description
 440                           .trim().length() == 0)
 441                           || (an_new.description == null && an_or.description
 442                                   .trim().length() == 0) || an_or.description
 443                           .trim().equals(an_new.description.trim())))
 444                   || !((Float.isNaN(an_or.value) && Float
 445                           .isNaN(an_new.value)) || an_or.value == an_new.value))
 446           {
 447             fail("Annotation Element Mismatch\nElement " + i
 448                     + " in original: " + annot_or.annotations[i].toString()
 449                     + "\nElement " + i + " in new: "
 450                     + annot_new.annotations[i].toString());
 451           }
 452         }
 453       }
 454       else if (annot_or.annotations[i] == null
 455               && annot_new.annotations[i] == null)
 456       {
 457         continue;
 458       }
 459       else
 460       {
 461         if (allowNullEqivalence)
 462         {
 463           if (an_or != null && an_or.isWhitespace())
 464
 465           {
 466             continue;
 467           }
 468           if (an_new != null && an_new.isWhitespace())
 469           {
 470             continue;
 471           }
 472         }
 473         // need also to test for null in one, non-SS annotation in other...
 474         fail("Annotation Element Mismatch\nElement " + i + " in original: "
 475                 + (an_or == null ? "is null" : an_or.toString())
 476                 + "\nElement " + i + " in new: "
 477                 + (an_new == null ? "is null" : an_new.toString()));
 478       }
 479     }
 480   }
 481
 482   /**
 483    * @see assertEqualSecondaryStructure - test if two secondary structure
 484    *      annotations are not equal
 485    * @param message
 486    * @param an_orig
 487    * @param an_new
 488    * @param allowNullEquivalence
 489    */
 490   public static void assertNotEqualSecondaryStructure(String message,
 491           AlignmentAnnotation an_orig, AlignmentAnnotation an_new,
 492           boolean allowNullEquivalence)
 493   {
 494     boolean thrown = false;
 495     try
 496     {
 497       assertEqualSecondaryStructure("", an_orig, an_new,
 498               allowNullEquivalence);
 499     } catch (AssertionError af)
 500     {
 501       thrown = true;
 502     }
 503     if (!thrown)
 504     {
 505       fail("Expected difference for [" + an_orig + "] and [" + an_new + "]");
 506     }
 507   }
 508   private AlignmentAnnotation makeAnnot(Annotation ae)
 509   {
 510     return new AlignmentAnnotation("label", "description", new Annotation[]
 511     { ae });
 512   }
 513
 514   @Test(groups={"Functional"})
 515   public void testAnnotationEquivalence()
 516   {
 517     AlignmentAnnotation one = makeAnnot(new Annotation("", "", ' ', 1));
 518     AlignmentAnnotation anotherOne = makeAnnot(new Annotation("", "", ' ',
 519             1));
 520     AlignmentAnnotation sheet = makeAnnot(new Annotation("","",'E',0f));
 521     AlignmentAnnotation anotherSheet = makeAnnot(new Annotation("","",'E',0f));
 522     AlignmentAnnotation sheetWithLabel = makeAnnot(new Annotation("1", "",
 523             'E', 0f));
 524     AlignmentAnnotation anotherSheetWithLabel = makeAnnot(new Annotation(
 525             "1", "", 'E', 0f));
 526     AlignmentAnnotation rnaNoDC = makeAnnot(new Annotation("","",'<',0f));
 527     AlignmentAnnotation anotherRnaNoDC = makeAnnot(new Annotation("","",'<',0f));
 528     AlignmentAnnotation rnaWithDC = makeAnnot(new Annotation("B", "", '<',
 529             0f));
 530     AlignmentAnnotation anotherRnaWithDC = makeAnnot(new Annotation("B",
 531             "", '<', 0f));
 532
 533     // check self equivalence
 534     for (boolean allowNull : new boolean[] { true, false })
 535     {
 536       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", one, anotherOne,
 537               allowNull);
 538       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", sheet, anotherSheet,
 539               allowNull);
 540       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", sheetWithLabel,
 541               anotherSheetWithLabel, allowNull);
 542       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", rnaNoDC,
 543               anotherRnaNoDC, allowNull);
 544       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", rnaWithDC,
 545               anotherRnaWithDC, allowNull);
 546       // display character doesn't matter for RNA structure (for 2.10.2)
 547       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", rnaWithDC, rnaNoDC,
 548               allowNull);
 549       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", rnaNoDC, rnaWithDC,
 550               allowNull);
 551     }
 552
 553     // verify others are different
 554     List<AlignmentAnnotation> aaSet = Arrays.asList(one, sheet,
 555             sheetWithLabel, rnaWithDC);
 556     for (int p = 0; p < aaSet.size(); p++)
 557     {
 558       for (int q = 0; q < aaSet.size(); q++)
 559       {
 560         if (p != q)
 561         {
 562           assertNotEqualSecondaryStructure("Should be different",
 563                     aaSet.get(p), aaSet.get(q), false);
 564         }
 565         else
 566         {
 567           assertEqualSecondaryStructure("Should be same", aaSet.get(p),
 568                   aaSet.get(q), false);
 569           assertEqualSecondaryStructure("Should be same", aaSet.get(p),
 570                   aaSet.get(q), true);
 571           assertNotEqualSecondaryStructure(
 572                   "Should be different to empty anot", aaSet.get(p),
 573                   makeAnnot(Annotation.EMPTY_ANNOTATION), false);
 574           assertNotEqualSecondaryStructure(
 575                   "Should be different to empty annot",
 576                   makeAnnot(Annotation.EMPTY_ANNOTATION), aaSet.get(q),
 577                   true);
 578           assertNotEqualSecondaryStructure("Should be different to null",
 579                   aaSet.get(p), makeAnnot(null), false);
 580           assertNotEqualSecondaryStructure("Should be different to null",
 581                   makeAnnot(null), aaSet.get(q), true);
 582         }
 583       }
 584     }
 585
 586     // test null
 587
 588   }
 589
 590   String aliFile = ">Dm\nAAACCCUUUUACACACGGGAAAGGG";
 591   String annFile = "JALVIEW_ANNOTATION\n# Created: Thu May 04 11:16:52 BST 2017\n\n"
 592           + "SEQUENCE_REF\tDm\nNO_GRAPH\tsecondary structure\tsecondary structure\t"
 593           + "(|(|(|(|, .|, .|, .|, .|)|)|)|)|\t0.0\nROWPROPERTIES\t"
 594           + "secondary structure\tscaletofit=true\tshowalllabs=true\tcentrelabs=false";
 595
 596   String annFileCurlyWuss = "JALVIEW_ANNOTATION\n# Created: Thu May 04 11:16:52 BST 2017\n\n"
 597           + "SEQUENCE_REF\tDm\nNO_GRAPH\tsecondary structure\tsecondary structure\t"
 598           + "(|(|(|(||{|{||{|{||)|)|)|)||}|}|}|}|\t0.0\nROWPROPERTIES\t"
 599           + "secondary structure\tscaletofit=true\tshowalllabs=true\tcentrelabs=false";
 600   String annFileFullWuss = "JALVIEW_ANNOTATION\n# Created: Thu May 04 11:16:52 BST 2017\n\n"
 601           + "SEQUENCE_REF\tDm\nNO_GRAPH\tsecondary structure\tsecondary structure\t"
 602           + "(|(|(|(||{|{||[|[||)|)|)|)||}|}|]|]|\t0.0\nROWPROPERTIES\t"
 603           + "secondary structure\tscaletofit=true\tshowalllabs=true\tcentrelabs=false";
 604
 605   @Test(groups = { "Functional" })
 606   public void secondaryStructureForRNASequence() throws Exception
 607   {
 608     roundTripSSForRNA(aliFile, annFile);
 609   }
 610
 611   @Test(groups = { "Functional" })
 612   public void curlyWUSSsecondaryStructureForRNASequence() throws Exception
 613   {
 614     roundTripSSForRNA(aliFile, annFileCurlyWuss);
 615   }
 616
 617   @Test(groups = { "Functional" })
 618   public void fullWUSSsecondaryStructureForRNASequence() throws Exception
 619   {
 620     roundTripSSForRNA(aliFile, annFileFullWuss);
 621   }
 622
 623   @Test(groups = { "Functional" })
 624   public void detectWussBrackets()
 625   {
 626     for (char ch : new char[] { '{', '}', '[', ']', '(', ')', '<', '>' })
 627     {
 628       Assert.assertTrue(StockholmFile.DETECT_BRACKETS.matchAt("" + ch, 0),
 629               "Didn't recognise " + ch + " as a WUSS bracket");
 630     }
 631     for (char ch : new char[] { '@', '!', 'V', 'Q', '*', ' ', '-', '.' })
 632     {
 633       Assert.assertFalse(StockholmFile.DETECT_BRACKETS.matchAt("" + ch, 0),
 634               "Shouldn't recognise " + ch + " as a WUSS bracket");
 635     }
 636   }
 637   private static void roundTripSSForRNA(String aliFile, String annFile)
 638           throws Exception
 639   {
 640     AlignmentI al = new AppletFormatAdapter().readFile(aliFile,
 641             DataSourceType.PASTE, jalview.io.FileFormat.Fasta);
 642     AnnotationFile aaf = new AnnotationFile();
 643     aaf.readAnnotationFile(al, annFile, DataSourceType.PASTE);
 644     al.getAlignmentAnnotation()[0].visible = true;
 645
 646     // TODO: create a better 'save as <format>' pattern
 647     StockholmFile sf = new StockholmFile(al);
 648
 649     String stockholmFile = sf.print(al.getSequencesArray(), true);
 650
 651     AlignmentI newAl = new AppletFormatAdapter().readFile(stockholmFile,
 652             DataSourceType.PASTE, jalview.io.FileFormat.Stockholm);
 653     // AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(newAl.getViewport()
 654     // .getAlignment(), Arrays.asList("Secondary Structure"), newAl
 655     // .getViewport().getAlignment().getSequences(), true, true);
 656     testAlignmentEquivalence(al, newAl, true, true, true);
 657
 658   }
 659 }