test/jalview/io/StockholmFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
  27
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.Annotation;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.JvOptionPane;
  34
  35 import java.io.File;
  36 import java.util.Arrays;
  37 import java.util.BitSet;
  38 import java.util.HashMap;
  39 import java.util.List;
  40 import java.util.Map;
  41
  42 import org.testng.Assert;
  43 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  44 import org.testng.annotations.Test;
  45
  46 public class StockholmFileTest
  47 {
  48
  49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  50   public void setUpJvOptionPane()
  51   {
  52     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  53     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  54   }
  55
  56   static String PfamFile = "examples/PF00111_seed.stk",
  57           RfamFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  58
  59   @Test(groups = { "Functional" })
  60   public void pfamFileIO() throws Exception
  61   {
  62     testFileIOwithFormat(new File(PfamFile), FileFormat.Stockholm, -1, 0,
  63             false);
  64   }
  65
  66   @Test(groups = { "Functional" })
  67   public void pfamFileDataExtraction() throws Exception
  68   {
  69     AppletFormatAdapter af = new AppletFormatAdapter();
  70     AlignmentI al = af.readFile(PfamFile, DataSourceType.FILE,
  71             new IdentifyFile().identify(PfamFile, DataSourceType.FILE));
  72     int numpdb = 0;
  73     for (SequenceI sq : al.getSequences())
  74     {
  75       if (sq.getAllPDBEntries() != null)
  76       {
  77         numpdb += sq.getAllPDBEntries().size();
  78       }
  79     }
  80     assertTrue(
  81             "PF00111 seed alignment has at least 1 PDB file, but the reader found none.",
  82             numpdb > 0);
  83   }
  84
  85   @Test(groups = { "Functional" })
  86   public void rfamFileIO() throws Exception
  87   {
  88     testFileIOwithFormat(new File(RfamFile), FileFormat.Stockholm, 2, 1,
  89             false);
  90   }
  91
  92   /**
  93    * test alignment data in given file can be imported, exported and reimported
  94    * with no dataloss
  95    *
  96    * @param f
  97    *          - source datafile (IdentifyFile.identify() should work with it)
  98    * @param ioformat
  99    *          - label for IO class used to write and read back in the data from
 100    *          f
 101    * @param ignoreRowVisibility
 102    */
 103
 104   public static void testFileIOwithFormat(File f, FileFormatI ioformat,
 105           int naliannot, int nminseqann, boolean ignoreRowVisibility)
 106   {
 107     System.out.println("Reading file: " + f);
 108     String ff = f.getPath();
 109     try
 110     {
 111       AppletFormatAdapter rf = new AppletFormatAdapter();
 112
 113       AlignmentI al = rf.readFile(ff, DataSourceType.FILE,
 114               new IdentifyFile().identify(ff, DataSourceType.FILE));
 115
 116       assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
 117
 118       // make sure dataset is initialised ? not sure about this
 119       for (int i = 0; i < al.getSequencesArray().length; ++i)
 120       {
 121         al.getSequenceAt(i).createDatasetSequence();
 122       }
 123       String outputfile = rf.formatSequences(ioformat, al, true);
 124       System.out.println("Output file in '" + ioformat + "':\n"
 125               + outputfile + "\n<<EOF\n");
 126       // test for consistency in io
 127       AlignmentI al_input = new AppletFormatAdapter().readFile(outputfile,
 128               DataSourceType.PASTE, ioformat);
 129       assertNotNull("Couldn't parse reimported alignment data.", al_input);
 130
 131       FileFormatI identifyoutput = new IdentifyFile().identify(outputfile,
 132               DataSourceType.PASTE);
 133       assertNotNull("Identify routine failed for outputformat " + ioformat,
 134               identifyoutput);
 135       assertTrue(
 136               "Identify routine could not recognise output generated by '"
 137                       + ioformat + "' writer",
 138               ioformat.equals(identifyoutput));
 139       testAlignmentEquivalence(al, al_input, false);
 140       int numaliannot = 0, numsqswithali = 0;
 141       for (AlignmentAnnotation ala : al_input.getAlignmentAnnotation())
 142       {
 143         if (ala.sequenceRef == null)
 144         {
 145           numaliannot++;
 146         }
 147         else
 148         {
 149           numsqswithali++;
 150         }
 151       }
 152       if (naliannot > -1)
 153       {
 154         assertEquals("Number of alignment annotations", naliannot,
 155                 numaliannot);
 156       }
 157
 158       assertTrue(
 159               "Number of sequence associated annotations wasn't at least "
 160                       + nminseqann, numsqswithali >= nminseqann);
 161
 162     } catch (Exception e)
 163     {
 164       e.printStackTrace();
 165       assertTrue("Couln't format the alignment for output file.", false);
 166     }
 167   }
 168
 169   /**
 170    * assert alignment equivalence
 171    *
 172    * @param al
 173    *          'original'
 174    * @param al_input
 175    *          'secondary' or generated alignment from some datapreserving
 176    *          transformation
 177    * @param ignoreFeatures
 178    *          when true, differences in sequence feature annotation are ignored
 179    */
 180   public static void testAlignmentEquivalence(AlignmentI al,
 181           AlignmentI al_input, boolean ignoreFeatures)
 182   {
 183     testAlignmentEquivalence(al, al_input, ignoreFeatures, false, false);
 184   }
 185
 186   /**
 187    * assert alignment equivalence - uses special comparators for RNA structure
 188    * annotation rows.
 189    *
 190    * @param al
 191    *          'original'
 192    * @param al_input
 193    *          'secondary' or generated alignment from some datapreserving
 194    *          transformation
 195    * @param ignoreFeatures
 196    *          when true, differences in sequence feature annotation are ignored
 197    *
 198    * @param ignoreRowVisibility
 199    *          when true, do not fail if there are differences in the visibility
 200    *          of annotation rows
 201    * @param allowNullAnnotation
 202    *          when true, positions in alignment annotation that are null will be
 203    *          considered equal to positions containing annotation where
 204    *          Annotation.isWhitespace() returns true.
 205    *
 206    */
 207   public static void testAlignmentEquivalence(AlignmentI al,
 208           AlignmentI al_input, boolean ignoreFeatures,
 209           boolean ignoreRowVisibility, boolean allowNullAnnotation)
 210   {
 211     assertNotNull("Original alignment was null", al);
 212     assertNotNull("Generated alignment was null", al_input);
 213
 214     assertTrue("Alignment dimension mismatch: original: " + al.getHeight()
 215             + "x" + al.getWidth() + ", generated: " + al_input.getHeight()
 216             + "x" + al_input.getWidth(),
 217             al.getHeight() == al_input.getHeight()
 218                     && al.getWidth() == al_input.getWidth());
 219
 220     // check Alignment annotation
 221     AlignmentAnnotation[] aa_new = al_input.getAlignmentAnnotation();
 222     AlignmentAnnotation[] aa_original = al.getAlignmentAnnotation();
 223
 224     // note - at moment we do not distinguish between alignment without any
 225     // annotation rows and alignment with no annotation row vector
 226     // we might want to revise this in future
 227     int aa_new_size = (aa_new == null ? 0 : aa_new.length);
 228     int aa_original_size = (aa_original == null ? 0 : aa_original.length);
 229     Map<Integer, BitSet> orig_groups = new HashMap<Integer, BitSet>();
 230     Map<Integer, BitSet> new_groups = new HashMap<Integer, BitSet>();
 231
 232     if (aa_new != null && aa_original != null)
 233     {
 234       for (int i = 0; i < aa_original.length; i++)
 235       {
 236         if (aa_new.length > i)
 237         {
 238           assertEqualSecondaryStructure(
 239                   "Different alignment annotation at position " + i,
 240                   aa_original[i], aa_new[i], allowNullAnnotation);
 241           // compare graphGroup or graph properties - needed to verify JAL-1299
 242           assertEquals("Graph type not identical.", aa_original[i].graph,
 243                   aa_new[i].graph);
 244           if (!ignoreRowVisibility)
 245           {
 246             assertEquals("Visibility not identical.",
 247                     aa_original[i].visible,
 248                   aa_new[i].visible);
 249           }
 250           assertEquals("Threshold line not identical.",
 251                   aa_original[i].threshold, aa_new[i].threshold);
 252           // graphGroup may differ, but pattern should be the same
 253           Integer o_ggrp = new Integer(aa_original[i].graphGroup + 2);
 254           Integer n_ggrp = new Integer(aa_new[i].graphGroup + 2);
 255           BitSet orig_g = orig_groups.get(o_ggrp);
 256           BitSet new_g = new_groups.get(n_ggrp);
 257           if (orig_g == null)
 258           {
 259             orig_groups.put(o_ggrp, orig_g = new BitSet());
 260           }
 261           if (new_g == null)
 262           {
 263             new_groups.put(n_ggrp, new_g = new BitSet());
 264           }
 265           assertEquals("Graph Group pattern differs at annotation " + i,
 266                   orig_g, new_g);
 267           orig_g.set(i);
 268           new_g.set(i);
 269         }
 270         else
 271         {
 272           System.err.println("No matching annotation row for "
 273                   + aa_original[i].toString());
 274         }
 275       }
 276     }
 277     assertEquals(
 278             "Generated and imported alignment have different annotation sets",
 279             aa_original_size, aa_new_size);
 280
 281     // check sequences, annotation and features
 282     SequenceI[] seq_original = new SequenceI[al.getSequencesArray().length];
 283     seq_original = al.getSequencesArray();
 284     SequenceI[] seq_new = new SequenceI[al_input.getSequencesArray().length];
 285     seq_new = al_input.getSequencesArray();
 286     SequenceFeature[] sequenceFeatures_original, sequenceFeatures_new;
 287     AlignmentAnnotation annot_original, annot_new;
 288     //
 289     for (int i = 0; i < al.getSequencesArray().length; i++)
 290     {
 291       String name = seq_original[i].getName();
 292       int start = seq_original[i].getStart();
 293       int end = seq_original[i].getEnd();
 294       System.out.println("Check sequence: " + name + "/" + start + "-"
 295               + end);
 296
 297       // search equal sequence
 298       for (int in = 0; in < al_input.getSequencesArray().length; in++)
 299       {
 300         if (name.equals(seq_new[in].getName())
 301                 && start == seq_new[in].getStart()
 302                 && end == seq_new[in].getEnd())
 303         {
 304           String ss_original = seq_original[i].getSequenceAsString();
 305           String ss_new = seq_new[in].getSequenceAsString();
 306           assertEquals("The sequences " + name + "/" + start + "-" + end
 307                   + " are not equal", ss_original, ss_new);
 308
 309           assertTrue(
 310                   "Sequence Features were not equivalent"
 311                           + (ignoreFeatures ? " ignoring." : ""),
 312                   ignoreFeatures
 313                           || (seq_original[i].getSequenceFeatures() == null && seq_new[in]
 314                                   .getSequenceFeatures() == null)
 315                           || (seq_original[i].getSequenceFeatures() != null && seq_new[in]
 316                                   .getSequenceFeatures() != null));
 317           // compare sequence features
 318           if (seq_original[i].getSequenceFeatures() != null
 319                   && seq_new[in].getSequenceFeatures() != null)
 320           {
 321             System.out.println("There are feature!!!");
 322             sequenceFeatures_original = new SequenceFeature[seq_original[i]
 323                     .getSequenceFeatures().length];
 324             sequenceFeatures_original = seq_original[i]
 325                     .getSequenceFeatures();
 326             sequenceFeatures_new = new SequenceFeature[seq_new[in]
 327                     .getSequenceFeatures().length];
 328             sequenceFeatures_new = seq_new[in].getSequenceFeatures();
 329
 330             assertEquals("different number of features",
 331                     seq_original[i].getSequenceFeatures().length,
 332                     seq_new[in].getSequenceFeatures().length);
 333
 334             for (int feat = 0; feat < seq_original[i].getSequenceFeatures().length; feat++)
 335             {
 336               assertEquals("Different features",
 337                       sequenceFeatures_original[feat],
 338                       sequenceFeatures_new[feat]);
 339             }
 340           }
 341           // compare alignment annotation
 342           if (al.getSequenceAt(i).getAnnotation() != null
 343                   && al_input.getSequenceAt(in).getAnnotation() != null)
 344           {
 345             for (int j = 0; j < al.getSequenceAt(i).getAnnotation().length; j++)
 346             {
 347               if (al.getSequenceAt(i).getAnnotation()[j] != null
 348                       && al_input.getSequenceAt(in).getAnnotation()[j] != null)
 349               {
 350                 annot_original = al.getSequenceAt(i).getAnnotation()[j];
 351                 annot_new = al_input.getSequenceAt(in).getAnnotation()[j];
 352                 assertEqualSecondaryStructure(
 353                         "Different annotation elements", annot_original,
 354                         annot_new, allowNullAnnotation);
 355               }
 356             }
 357           }
 358           else if (al.getSequenceAt(i).getAnnotation() == null
 359                   && al_input.getSequenceAt(in).getAnnotation() == null)
 360           {
 361             System.out.println("No annotations");
 362           }
 363           else if (al.getSequenceAt(i).getAnnotation() != null
 364                   && al_input.getSequenceAt(in).getAnnotation() == null)
 365           {
 366             fail("Annotations differed between sequences ("
 367                     + al.getSequenceAt(i).getName() + ") and ("
 368                     + al_input.getSequenceAt(i).getName() + ")");
 369           }
 370           break;
 371         }
 372       }
 373     }
 374   }
 375
 376   /**
 377    * compare two annotation rows, with special support for secondary structure
 378    * comparison. With RNA, only the value and the secondaryStructure symbols are
 379    * compared, displayCharacter and description are ignored. Annotations where
 380    * Annotation.isWhitespace() is true are always considered equal.
 381    *
 382    * @param message
 383    *          - not actually used yet..
 384    * @param annot_or
 385    *          - the original annotation
 386    * @param annot_new
 387    *          - the one compared to the original annotation
 388    * @param allowNullEquivalence
 389    *          when true, positions in alignment annotation that are null will be
 390    *          considered equal to non-null positions for which
 391    *          Annotation.isWhitespace() is true.
 392    */
 393   private static void assertEqualSecondaryStructure(String message,
 394           AlignmentAnnotation annot_or, AlignmentAnnotation annot_new,
 395           boolean allowNullEqivalence)
 396   {
 397     // TODO: test to cover this assert behaves correctly for all allowed
 398     // variations of secondary structure annotation row equivalence
 399     if (annot_or.annotations.length != annot_new.annotations.length)
 400     {
 401       fail("Different lengths for annotation row elements: "
 402               + annot_or.annotations.length + "!="
 403               + annot_new.annotations.length);
 404     }
 405     boolean isRna = annot_or.isRNA();
 406     assertTrue("Expected " + (isRna ? " valid RNA " : " no RNA ")
 407             + " secondary structure in the row.",
 408             isRna == annot_new.isRNA());
 409     for (int i = 0; i < annot_or.annotations.length; i++)
 410     {
 411       Annotation an_or = annot_or.annotations[i], an_new = annot_new.annotations[i];
 412       if (an_or != null && an_new != null)
 413       {
 414
 415         if (isRna)
 416         {
 417           if (an_or.secondaryStructure != an_new.secondaryStructure
 418                   || ((Float.isNaN(an_or.value) != Float
 419                           .isNaN(an_new.value)) || an_or.value != an_new.value))
 420           {
 421             fail("Different RNA secondary structure at column " + i
 422                     + " expected: [" + annot_or.annotations[i].toString()
 423                     + "] but got: [" + annot_new.annotations[i].toString()
 424                     + "]");
 425           }
 426         }
 427         else
 428         {
 429           // not RNA secondary structure, so expect all elements to match...
 430           if ((an_or.isWhitespace() != an_new.isWhitespace())
 431                   || !an_or.displayCharacter.trim().equals(
 432                   an_new.displayCharacter.trim())
 433                   || !("" + an_or.secondaryStructure).trim().equals(
 434                           ("" + an_new.secondaryStructure).trim())
 435                   || (an_or.description != an_new.description && !((an_or.description == null && an_new.description
 436                           .trim().length() == 0)
 437                           || (an_new.description == null && an_or.description
 438                                   .trim().length() == 0) || an_or.description
 439                           .trim().equals(an_new.description.trim())))
 440                   || !((Float.isNaN(an_or.value) && Float
 441                           .isNaN(an_new.value)) || an_or.value == an_new.value))
 442           {
 443             fail("Annotation Element Mismatch\nElement " + i
 444                     + " in original: " + annot_or.annotations[i].toString()
 445                     + "\nElement " + i + " in new: "
 446                     + annot_new.annotations[i].toString());
 447           }
 448         }
 449       }
 450       else if (annot_or.annotations[i] == null
 451               && annot_new.annotations[i] == null)
 452       {
 453         continue;
 454       }
 455       else
 456       {
 457         if (allowNullEqivalence)
 458         {
 459           if (an_or != null && an_or.isWhitespace())
 460
 461           {
 462             continue;
 463           }
 464           if (an_new != null && an_new.isWhitespace())
 465           {
 466             continue;
 467           }
 468         }
 469         // need also to test for null in one, non-SS annotation in other...
 470         fail("Annotation Element Mismatch\nElement " + i + " in original: "
 471                 + (an_or == null ? "is null" : an_or.toString())
 472                 + "\nElement " + i + " in new: "
 473                 + (an_new == null ? "is null" : an_new.toString()));
 474       }
 475     }
 476   }
 477
 478   /**
 479    * @see assertEqualSecondaryStructure - test if two secondary structure
 480    *      annotations are not equal
 481    * @param message
 482    * @param an_orig
 483    * @param an_new
 484    * @param allowNullEquivalence
 485    */
 486   public static void assertNotEqualSecondaryStructure(String message,
 487           AlignmentAnnotation an_orig, AlignmentAnnotation an_new,
 488           boolean allowNullEquivalence)
 489   {
 490     boolean thrown = false;
 491     try
 492     {
 493       assertEqualSecondaryStructure("", an_orig, an_new,
 494               allowNullEquivalence);
 495     } catch (AssertionError af)
 496     {
 497       thrown = true;
 498     }
 499     if (!thrown)
 500     {
 501       fail("Expected difference for [" + an_orig + "] and [" + an_new + "]");
 502     }
 503   }
 504   private AlignmentAnnotation makeAnnot(Annotation ae)
 505   {
 506     return new AlignmentAnnotation("label", "description", new Annotation[]
 507     { ae });
 508   }
 509
 510   @Test(groups={"Functional"})
 511   public void testAnnotationEquivalence()
 512   {
 513     AlignmentAnnotation one = makeAnnot(new Annotation("", "", ' ', 1));
 514     AlignmentAnnotation anotherOne = makeAnnot(new Annotation("", "", ' ',
 515             1));
 516     AlignmentAnnotation sheet = makeAnnot(new Annotation("","",'E',0f));
 517     AlignmentAnnotation anotherSheet = makeAnnot(new Annotation("","",'E',0f));
 518     AlignmentAnnotation sheetWithLabel = makeAnnot(new Annotation("1", "",
 519             'E', 0f));
 520     AlignmentAnnotation anotherSheetWithLabel = makeAnnot(new Annotation(
 521             "1", "", 'E', 0f));
 522     AlignmentAnnotation rnaNoDC = makeAnnot(new Annotation("","",'<',0f));
 523     AlignmentAnnotation anotherRnaNoDC = makeAnnot(new Annotation("","",'<',0f));
 524     AlignmentAnnotation rnaWithDC = makeAnnot(new Annotation("B", "", '<',
 525             0f));
 526     AlignmentAnnotation anotherRnaWithDC = makeAnnot(new Annotation("B",
 527             "", '<', 0f));
 528
 529     // check self equivalence
 530     for (boolean allowNull : new boolean[] { true, false })
 531     {
 532       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", one, anotherOne,
 533               allowNull);
 534       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", sheet, anotherSheet,
 535               allowNull);
 536       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", sheetWithLabel,
 537               anotherSheetWithLabel, allowNull);
 538       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", rnaNoDC,
 539               anotherRnaNoDC, allowNull);
 540       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", rnaWithDC,
 541               anotherRnaWithDC, allowNull);
 542       // display character doesn't matter for RNA structure (for 2.10.2)
 543       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", rnaWithDC, rnaNoDC,
 544               allowNull);
 545       assertEqualSecondaryStructure("Should be equal", rnaNoDC, rnaWithDC,
 546               allowNull);
 547     }
 548
 549     // verify others are different
 550     List<AlignmentAnnotation> aaSet = Arrays.asList(one, sheet,
 551             sheetWithLabel, rnaWithDC);
 552     for (int p = 0; p < aaSet.size(); p++)
 553     {
 554       for (int q = 0; q < aaSet.size(); q++)
 555       {
 556         if (p != q)
 557         {
 558           assertNotEqualSecondaryStructure("Should be different",
 559                     aaSet.get(p), aaSet.get(q), false);
 560         }
 561         else
 562         {
 563           assertEqualSecondaryStructure("Should be same", aaSet.get(p),
 564                   aaSet.get(q), false);
 565           assertEqualSecondaryStructure("Should be same", aaSet.get(p),
 566                   aaSet.get(q), true);
 567           assertNotEqualSecondaryStructure(
 568                   "Should be different to empty anot", aaSet.get(p),
 569                   makeAnnot(Annotation.EMPTY_ANNOTATION), false);
 570           assertNotEqualSecondaryStructure(
 571                   "Should be different to empty annot",
 572                   makeAnnot(Annotation.EMPTY_ANNOTATION), aaSet.get(q),
 573                   true);
 574           assertNotEqualSecondaryStructure("Should be different to null",
 575                   aaSet.get(p), makeAnnot(null), false);
 576           assertNotEqualSecondaryStructure("Should be different to null",
 577                   makeAnnot(null), aaSet.get(q), true);
 578         }
 579       }
 580     }
 581
 582     // test null
 583
 584   }
 585
 586   String aliFile = ">Dm\nAAACCCUUUUACACACGGGAAAGGG";
 587   String annFile = "JALVIEW_ANNOTATION\n# Created: Thu May 04 11:16:52 BST 2017\n\n"
 588           + "SEQUENCE_REF\tDm\nNO_GRAPH\tsecondary structure\tsecondary structure\t"
 589           + "(|(|(|(|, .|, .|, .|, .|)|)|)|)|\t0.0\nROWPROPERTIES\t"
 590           + "secondary structure\tscaletofit=true\tshowalllabs=true\tcentrelabs=false";
 591
 592   String annFileCurlyWuss = "JALVIEW_ANNOTATION\n# Created: Thu May 04 11:16:52 BST 2017\n\n"
 593           + "SEQUENCE_REF\tDm\nNO_GRAPH\tsecondary structure\tsecondary structure\t"
 594           + "(|(|(|(||{|{||{|{||)|)|)|)||}|}|}|}|\t0.0\nROWPROPERTIES\t"
 595           + "secondary structure\tscaletofit=true\tshowalllabs=true\tcentrelabs=false";
 596   String annFileFullWuss = "JALVIEW_ANNOTATION\n# Created: Thu May 04 11:16:52 BST 2017\n\n"
 597           + "SEQUENCE_REF\tDm\nNO_GRAPH\tsecondary structure\tsecondary structure\t"
 598           + "(|(|(|(||{|{||[|[||)|)|)|)||}|}|]|]|\t0.0\nROWPROPERTIES\t"
 599           + "secondary structure\tscaletofit=true\tshowalllabs=true\tcentrelabs=false";
 600
 601   @Test(groups = { "Functional" })
 602   public void secondaryStructureForRNASequence() throws Exception
 603   {
 604     roundTripSSForRNA(aliFile, annFile);
 605   }
 606
 607   @Test(groups = { "Functional" })
 608   public void curlyWUSSsecondaryStructureForRNASequence() throws Exception
 609   {
 610     roundTripSSForRNA(aliFile, annFileCurlyWuss);
 611   }
 612
 613   @Test(groups = { "Functional" })
 614   public void fullWUSSsecondaryStructureForRNASequence() throws Exception
 615   {
 616     roundTripSSForRNA(aliFile, annFileFullWuss);
 617   }
 618
 619   @Test(groups = { "Functional" })
 620   public void detectWussBrackets()
 621   {
 622     for (char ch : new char[] { '{', '}', '[', ']', '(', ')', '<', '>' })
 623     {
 624       Assert.assertTrue(StockholmFile.DETECT_BRACKETS.matchAt("" + ch, 0),
 625               "Didn't recognise " + ch + " as a WUSS bracket");
 626     }
 627     for (char ch : new char[] { '@', '!', 'V', 'Q', '*', ' ', '-', '.' })
 628     {
 629       Assert.assertFalse(StockholmFile.DETECT_BRACKETS.matchAt("" + ch, 0),
 630               "Shouldn't recognise " + ch + " as a WUSS bracket");
 631     }
 632   }
 633   private static void roundTripSSForRNA(String aliFile, String annFile)
 634           throws Exception
 635   {
 636     AlignmentI al = new AppletFormatAdapter().readFile(aliFile,
 637             DataSourceType.PASTE, jalview.io.FileFormat.Fasta);
 638     AnnotationFile aaf = new AnnotationFile();
 639     aaf.readAnnotationFile(al, annFile, DataSourceType.PASTE);
 640     al.getAlignmentAnnotation()[0].visible = true;
 641
 642     // TODO: create a better 'save as <format>' pattern
 643     StockholmFile sf = new StockholmFile(al);
 644
 645     String stockholmFile = sf.print(al.getSequencesArray(), true);
 646
 647     AlignmentI newAl = new AppletFormatAdapter().readFile(stockholmFile,
 648             DataSourceType.PASTE, jalview.io.FileFormat.Stockholm);
 649     // AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(newAl.getViewport()
 650     // .getAlignment(), Arrays.asList("Secondary Structure"), newAl
 651     // .getViewport().getAlignment().getSequences(), true, true);
 652     testAlignmentEquivalence(al, newAl, true, true, true);
 653
 654   }
 655 }