test/jalview/io/WindowsFileLoadAndSaveTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.nio.file.Files;
  26 import java.nio.file.StandardCopyOption;
  27
  28 import org.testng.Assert;
  29 import org.testng.annotations.AfterClass;
  30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  34 import jalview.gui.AlignFrame;
  35 import jalview.gui.JvOptionPane;
  36
  37 /**
  38  * WindowsFileSaveTest simply opens an alignment file and then tries to save it.
  39  * This failed in Windows from 2.11.0 to 2.11.1.6 due to a combination of the
  40  * opening file handle being left open ad infinitum, causing the BackupFiles
  41  * operation of moving the saved (temp) file onto the original filename to fail,
  42  * but only in Windows. See: https://issues.jalview.org/browse/JAL-3628
  43  * https://issues.jalview.org/browse/JAL-3703
  44  * https://issues.jalview.org/browse/JAL-3935 These issues are really all fixed
  45  * by JAL-3703 This test is to ensure it doesn't start again, but note that this
  46  * test will only fail in Windows.
  47  */
  48 public class WindowsFileLoadAndSaveTest
  49 {
  50
  51   private final static String fileName = "examples" + File.separator
  52           + "uniref50.fa";
  53
  54   private final static String testFileName = fileName + "-TEST";
  55
  56   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  57   public void setUpJvOptionPane()
  58   {
  59     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  60     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Test saving and re-reading in a specified format
  65    *
  66    * @throws IOException
  67    */
  68   @Test(groups = { "Functional" })
  69   public void loadAndSaveAlignment() throws IOException
  70   {
  71     File file = new File(fileName);
  72     File testFile = new File(testFileName);
  73     Files.copy(file.toPath(), testFile.toPath(),
  74             StandardCopyOption.REPLACE_EXISTING);
  75     FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
  76     AlignmentI a = fa.readFile(testFile, DataSourceType.FILE,
  77             FileFormat.Fasta);
  78
  79     AlignFrame af = new AlignFrame(a, 500, 500);
  80     af.saveAlignment(testFileName, FileFormat.Fasta);
  81
  82     Assert.assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful());
  83   }
  84
  85   @AfterClass(alwaysRun = true)
  86   private void cleanupTmpFiles()
  87   {
  88     BackupFilesPresetEntry bfpe = BackupFilesPresetEntry
  89             .getSavedBackupEntry();
  90     BackupFilesTest.cleanupTmpFiles(testFileName, bfpe.suffix, bfpe.digits);
  91   }
  92
  93 }