test/jalview/io/WindowsFileLoadAndSaveTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.nio.file.Files;
  26 import java.nio.file.StandardCopyOption;
  27
  28 import org.testng.Assert;
  29 import org.testng.annotations.AfterClass;
  30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 import jalview.bin.Cache;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.gui.AlignFrame;
  36 import jalview.gui.JvOptionPane;
  37
  38 /**
  39  * WindowsFileSaveTest simply opens an alignment file and then tries to save it.
  40  * This failed in Windows from 2.11.0 to 2.11.1.6 due to a combination of the
  41  * opening file handle being left open ad infinitum, causing the BackupFiles
  42  * operation of moving the saved (temp) file onto the original filename to fail,
  43  * but only in Windows. See: https://issues.jalview.org/browse/JAL-3628
  44  * https://issues.jalview.org/browse/JAL-3703
  45  * https://issues.jalview.org/browse/JAL-3935 These issues are really all fixed
  46  * by JAL-3703 This test is to ensure it doesn't start again, but note that this
  47  * test will only fail in Windows.
  48  */
  49 public class WindowsFileLoadAndSaveTest
  50 {
  51
  52   private final static String fileName = "examples" + File.separator
  53           + "uniref50.fa";
  54
  55   private final static String testFileName = fileName + "-TEST";
  56
  57   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  58   public void setUpJvOptionPane()
  59   {
  60     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  61     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  62   }
  63
  64   /**
  65    * Test saving and re-reading in a specified format
  66    *
  67    * @throws IOException
  68    */
  69   @Test(groups = { "Functional" })
  70   public void loadAndSaveAlignment() throws IOException
  71   {
  72     Cache.initLogger();
  73     File file = new File(fileName);
  74     File testFile = new File(testFileName);
  75     Files.copy(file.toPath(), testFile.toPath(),
  76             StandardCopyOption.REPLACE_EXISTING);
  77     FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
  78     AlignmentI a = fa.readFile(fileName, DataSourceType.FILE,
  79             FileFormat.Fasta);
  80
  81     AlignFrame af = new AlignFrame(a, 500, 500);
  82     Assert.assertTrue(af.saveAlignment(testFileName, FileFormat.Fasta));
  83   }
  84
  85   @AfterClass(alwaysRun = true)
  86   private void cleanupTmpFiles()
  87   {
  88     BackupFilesPresetEntry bfpe = BackupFilesPresetEntry
  89             .getSavedBackupEntry();
  90     BackupFilesTest.cleanupTmpFiles(testFileName, bfpe.suffix, bfpe.digits);
  91   }
  92
  93 }