test/jalview/io/gff/Gff3HelperTest.java

   1 package jalview.io.gff;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   6 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   7 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
   8
   9 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  10 import jalview.datamodel.Alignment;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.datamodel.Sequence;
  13 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
  14 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  15 import jalview.datamodel.SequenceI;
  16
  17 import java.io.IOException;
  18 import java.util.ArrayList;
  19 import java.util.List;
  20
  21 import org.testng.annotations.Test;
  22
  23 public class Gff3HelperTest
  24 {
  25
  26   /**
  27    * Test processing one PASA GFF line giving a match from forward strand to
  28    * forward strand
  29    *
  30    * @throws IOException
  31    */
  32   @Test(groups = "Functional")
  33   public void testProcessCdnaMatch_forwardToForward() throws IOException
  34   {
  35     GffHelperBase testee = new Gff3Helper();
  36     List<SequenceI> newseqs = new ArrayList<SequenceI>();
  37     String[] gff = "gi|68711\tblat-pasa\tcDNA_match\t12923\t13060\t98.55\t+\t.\tID=align_68;Target=gi|N37351 1 138 +"
  38             .split("\\t");
  39     SequenceI seq = new Sequence("gi|68711",
  40             "GAATTCGTTCATGTAGGTTGATTTTTATT");
  41     seq.createDatasetSequence();
  42     AlignmentI align = new Alignment(new SequenceI[] {});
  43
  44     /*
  45      * this should create a mapping from gi|68711/12923-13060
  46      * to virtual sequence gi|N37351 (added to newseqs) positions 1-138
  47      */
  48     testee.processGff(seq, gff, align, newseqs, false);
  49     assertEquals(1, newseqs.size());
  50     assertTrue(newseqs.get(0) instanceof SequenceDummy);
  51     assertEquals("gi|N37351", newseqs.get(0).getName());
  52     assertEquals(1, align.getCodonFrames().size());
  53     AlignedCodonFrame mapping = align.getCodonFrames().iterator().next();
  54
  55     /*
  56      * 'dnaseqs' (map from) is here [gi|68711]
  57      * 'aaseqs' (map to) is here [gi|N37351]
  58      */
  59     // TODO use more suitable naming in AlignedCodonFrame
  60     assertEquals(1, mapping.getAaSeqs().length);
  61     assertSame(seq.getDatasetSequence(), mapping.getdnaSeqs()[0]);
  62     assertEquals(1, mapping.getdnaSeqs().length);
  63     assertSame(newseqs.get(0), mapping.getAaSeqs()[0]);
  64     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt().length);
  65     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getFromRanges().size());
  66     assertArrayEquals(new int[] { 12923, 13060 }, mapping.getdnaToProt()[0]
  67             .getFromRanges().get(0));
  68     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getToRanges().size());
  69     assertArrayEquals(new int[] { 1, 138 }, mapping.getdnaToProt()[0]
  70             .getToRanges().get(0));
  71   }
  72
  73   /**
  74    * Test processing one PASA GFF line giving a match from forward strand to
  75    * reverse strand
  76    *
  77    * @throws IOException
  78    */
  79   @Test(groups = "Functional")
  80   public void testProcessCdnaMatch_forwardToReverse() throws IOException
  81   {
  82     GffHelperBase testee = new Gff3Helper();
  83     List<SequenceI> newseqs = new ArrayList<SequenceI>();
  84     String[] gff = "gi|68711\tblat-pasa\tcDNA_match\t12923\t13060\t98.55\t+\t.\tID=align_68;Target=gi|N37351 1 138 -"
  85             .split("\\t");
  86     SequenceI seq = new Sequence("gi|68711",
  87             "GAATTCGTTCATGTAGGTTGATTTTTATT");
  88     seq.createDatasetSequence();
  89     AlignmentI align = new Alignment(new SequenceI[] {});
  90
  91     /*
  92      * this should create a mapping from gi|68711/12923-13060
  93      * to virtual sequence gi|N37351 (added to newseqs) positions 138-1
  94      */
  95     testee.processGff(seq, gff, align, newseqs, false);
  96     assertEquals(1, newseqs.size());
  97     assertTrue(newseqs.get(0) instanceof SequenceDummy);
  98     assertEquals("gi|N37351", newseqs.get(0).getName());
  99     assertEquals(1, align.getCodonFrames().size());
 100     AlignedCodonFrame mapping = align.getCodonFrames().iterator().next();
 101
 102     /*
 103      * 'dnaseqs' (map from) is here [gi|68711]
 104      * 'aaseqs' (map to) is here [gi|N37351]
 105      */
 106     // TODO use more suitable naming in AlignedCodonFrame
 107     assertEquals(1, mapping.getAaSeqs().length);
 108     assertSame(seq.getDatasetSequence(), mapping.getdnaSeqs()[0]);
 109     assertEquals(1, mapping.getdnaSeqs().length);
 110     assertSame(newseqs.get(0), mapping.getAaSeqs()[0]);
 111     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt().length);
 112     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getFromRanges().size());
 113     assertArrayEquals(new int[] { 12923, 13060 }, mapping.getdnaToProt()[0]
 114             .getFromRanges().get(0));
 115     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getToRanges().size());
 116     assertArrayEquals(new int[] { 138, 1 }, mapping.getdnaToProt()[0]
 117             .getToRanges().get(0));
 118   }
 119
 120   /**
 121    * Test processing one PASA GFF line giving a match from reverse complement
 122    * strand to forward strand
 123    *
 124    * @throws IOException
 125    */
 126   @Test(groups = "Functional")
 127   public void testProcessCdnaMatch_reverseToForward() throws IOException
 128   {
 129     GffHelperBase testee = new Gff3Helper();
 130     List<SequenceI> newseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 131     String[] gff = "gi|68711\tblat-pasa\tcDNA_match\t12923\t13060\t98.55\t-\t.\tID=align_68;Target=gi|N37351 1 138 +"
 132             .split("\\t");
 133     SequenceI seq = new Sequence("gi|68711",
 134             "GAATTCGTTCATGTAGGTTGATTTTTATT");
 135     seq.createDatasetSequence();
 136     AlignmentI align = new Alignment(new SequenceI[] {});
 137
 138     /*
 139      * (For now) we don't process reverse complement mappings; to do this
 140      * would require (a) creating a virtual sequence placeholder for the
 141      * reverse complement (b) resolving the sequence by its id from some
 142      * source (GFF ##FASTA or other) (c) creating the reverse complement
 143      * sequence (d) updating the mapping to be to the reverse complement
 144      */
 145     SequenceFeature sf = testee.processGff(seq, gff, align, newseqs, false);
 146     assertNull(sf);
 147     assertTrue(newseqs.isEmpty());
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Test processing two PASA GFF lines representing a spliced mapping
 152    *
 153    * @throws IOException
 154    */
 155   @Test(groups = "Functional")
 156   public void testProcessCdnaMatch_spliced() throws IOException
 157   {
 158     GffHelperBase testee = new Gff3Helper();
 159     List<SequenceI> newseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 160     SequenceI seq = new Sequence("gi|68711",
 161             "GAATTCGTTCATGTAGGTTGATTTTTATT");
 162     seq.createDatasetSequence();
 163     AlignmentI align = new Alignment(new SequenceI[] {});
 164
 165     // mapping from gi|68711 12923-13060 to gi|N37351 1-138
 166     String[] gff = "gi|68711\tblat-pasa\tcDNA_match\t12923\t13060\t98.55\t+\t.\tID=align_68;Target=gi|N37351 1 138 +"
 167             .split("\\t");
 168     testee.processGff(seq, gff, align, newseqs, false);
 169     // mapping from gi|68711 13411-13550 to gi|N37351 139-278
 170     gff = "gi|68711\tblat-pasa\tcDNA_match\t13411\t13550\t98.55\t+\t.\tID=align_68;Target=gi|N37351 139 278 +"
 171             .split("\\t");
 172     testee.processGff(seq, gff, align, newseqs, false);
 173
 174     assertEquals(1, newseqs.size());
 175     assertTrue(newseqs.get(0) instanceof SequenceDummy);
 176     assertEquals("gi|N37351", newseqs.get(0).getName());
 177
 178     // only 1 AlignedCodonFrame added to the alignment with both mappings!
 179     // (this is important for 'align cdna to genome' to work correctly)
 180     assertEquals(1, align.getCodonFrames().size());
 181     AlignedCodonFrame mapping = align.getCodonFrames().get(0);
 182
 183     /*
 184      * 'dnaseqs' (map from) is here [gi|68711]
 185      * 'aaseqs' (map to) is here [gi|N37351]
 186      */
 187     // TODO use more suitable naming in AlignedCodonFrame
 188     assertEquals(1, mapping.getAaSeqs().length);
 189     assertSame(seq.getDatasetSequence(), mapping.getdnaSeqs()[0]);
 190     assertEquals(1, mapping.getdnaSeqs().length);
 191     assertSame(newseqs.get(0), mapping.getAaSeqs()[0]);
 192     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt().length);
 193     assertEquals(2, mapping.getdnaToProt()[0].getFromRanges().size());
 194     // the two spliced dna ranges are combined in one MapList
 195     assertArrayEquals(new int[] { 12923, 13060 }, mapping.getdnaToProt()[0]
 196             .getFromRanges().get(0));
 197     assertArrayEquals(new int[] { 13411, 13550 }, mapping.getdnaToProt()[0]
 198             .getFromRanges().get(1));
 199     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getToRanges().size());
 200     // the two cdna ranges are merged into one contiguous region
 201     assertArrayEquals(new int[] { 1, 278 }, mapping.getdnaToProt()[0]
 202             .getToRanges().get(0));
 203   }
 204
 205 }