test/jalview/io/gff/GffHelperBaseTest.java

   1 package jalview.io.gff;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 import org.testng.annotations.Test;
  12
  13 public class GffHelperBaseTest
  14 {
  15
  16   /**
  17    * Test the method that parses lines like <br>
  18    * ID=2345;Name=Something,Another thing;Notes=Hello;Notes=World
  19    */
  20   @Test(groups = { "Functional" })
  21   public void testParseNameValuePairs()
  22   {
  23     assertTrue(GffHelperBase.parseNameValuePairs(null, ";", ' ', ",")
  24             .isEmpty());
  25     assertTrue(GffHelperBase.parseNameValuePairs("", ";", ' ', ",")
  26             .isEmpty());
  27     assertTrue(GffHelperBase.parseNameValuePairs("hello=world", ";", ' ',
  28             ",").isEmpty());
  29
  30     Map<String, List<String>> map = GffHelperBase.parseNameValuePairs(
  31             "hello world", ";", ' ', ", ");
  32     assertEquals(1, map.size());
  33     assertEquals(1, map.get("hello").size());
  34     assertEquals("world", map.get("hello").get(0));
  35
  36     map = GffHelperBase
  37             .parseNameValuePairs(
  38                     "Method= manual curation ;nothing; Notes=F2 S ; Notes=Metal,Shiny; Type=",
  39                     ";", '=', ",");
  40
  41     // Type is ignored as no value was supplied
  42     assertEquals(2, map.size());
  43
  44     assertEquals(1, map.get("Method").size());
  45     assertEquals("manual curation", map.get("Method").get(0)); // trimmed
  46
  47     assertEquals(3, map.get("Notes").size());
  48     assertEquals("F2 S", map.get("Notes").get(0));
  49     assertEquals("Metal", map.get("Notes").get(1));
  50     assertEquals("Shiny", map.get("Notes").get(2));
  51   }
  52
  53   /**
  54    * Test for the method that tries to trim mappings to equivalent lengths
  55    */
  56   @Test(groups = "Functional")
  57   public void testTrimMapping()
  58   {
  59     int[] from = { 1, 12 };
  60     int[] to = { 20, 31 };
  61     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  62     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(from)); // unchanged
  63     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // unchanged
  64
  65     // from too long:
  66     from = new int[] { 1, 13 };
  67     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  68     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(from)); // trimmed
  69     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // unchanged
  70
  71     // to too long:
  72     to = new int[] { 20, 33 };
  73     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  74     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(from)); // unchanged
  75     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // trimmed
  76
  77     // from reversed:
  78     from = new int[] { 12, 1 };
  79     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  80     assertEquals("[12, 1]", Arrays.toString(from)); // unchanged
  81     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // unchanged
  82
  83     // to reversed:
  84     to = new int[] { 31, 20 };
  85     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  86     assertEquals("[12, 1]", Arrays.toString(from)); // unchanged
  87     assertEquals("[31, 20]", Arrays.toString(to)); // unchanged
  88
  89     // from reversed and too long:
  90     from = new int[] { 14, 1 };
  91     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  92     assertEquals("[14, 3]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
  93     assertEquals("[31, 20]", Arrays.toString(to)); // unchanged
  94
  95     // to reversed and too long:
  96     to = new int[] { 31, 10 };
  97     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  98     assertEquals("[14, 3]", Arrays.toString(from)); // unchanged
  99     assertEquals("[31, 20]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 100
 101     // cdna to peptide (matching)
 102     from = new int[] { 1, 18 };
 103     to = new int[] { 4, 9 };
 104     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 105     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 106     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 107
 108     // overlong cdna to peptide
 109     from = new int[] { 1, 20 };
 110     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 111     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 112     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 113
 114     // overlong cdna (reversed) to peptide
 115     from = new int[] { 20, 1 };
 116     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 117     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 118     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 119
 120     // overlong cdna (reversed) to peptide (reversed)
 121     from = new int[] { 20, 1 };
 122     to = new int[] { 9, 4 };
 123     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 124     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 125     assertEquals("[9, 4]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 126
 127     // peptide to cdna (matching)
 128     from = new int[] { 4, 9 };
 129     to = new int[] { 1, 18 };
 130     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 131     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 132     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 133
 134     // peptide to overlong cdna
 135     to = new int[] { 1, 20 };
 136     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 137     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 138     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 139
 140     // peptide to overlong cdna (reversed)
 141     to = new int[] { 20, 1 };
 142     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 143     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 144     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 145
 146     // peptide (reversed) to overlong cdna (reversed)
 147     from = new int[] { 9, 4 };
 148     to = new int[] { 20, 1 };
 149     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 150     assertEquals("[9, 4]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 151     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 152
 153     // overlong peptide to word-length cdna
 154     from = new int[] { 4, 10 };
 155     to = new int[] { 1, 18 };
 156     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 157     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 158     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 159
 160     // overlong peptide to non-word-length cdna
 161     from = new int[] { 4, 10 };
 162     to = new int[] { 1, 19 };
 163     assertFalse(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 164     assertEquals("[4, 10]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 165     assertEquals("[1, 19]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 166
 167   }
 168 }