test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

   1 package jalview.io.vcf;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.bin.Cache;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   8 import jalview.datamodel.Mapping;
   9 import jalview.datamodel.Sequence;
  10 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12 import jalview.datamodel.features.SequenceFeatures;
  13 import jalview.gui.AlignFrame;
  14 import jalview.io.DataSourceType;
  15 import jalview.io.FileLoader;
  16 import jalview.io.gff.Gff3Helper;
  17 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  18 import jalview.util.MapList;
  19
  20 import java.io.File;
  21 import java.io.IOException;
  22 import java.io.PrintWriter;
  23 import java.util.List;
  24 import java.util.Map;
  25
  26 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 public class VCFLoaderTest
  30 {
  31   private static final float DELTA = 0.00001f;
  32
  33   // columns 9717- of gene P30419 from Ensembl (much modified)
  34   private static final String FASTA = ""
  35           +
  36           /*
  37            * forward strand 'gene' and 'transcript' with two exons
  38            */
  39           ">gene1/1-25 chromosome:GRCh38:17:45051610:45051634:1\n"
  40           + "CAAGCTGGCGGACGAGAGTGTGACA\n"
  41           + ">transcript1/1-18\n--AGCTGGCG----AGAGTGTGAC-\n"
  42
  43           /*
  44            * reverse strand gene and transcript (reverse complement alleles!)
  45            */
  46           + ">gene2/1-25 chromosome:GRCh38:17:45051610:45051634:-1\n"
  47           + "TGTCACACTCTCGTCCGCCAGCTTG\n"
  48           + ">transcript2/1-18\n" + "-GTCACACTCT----CGCCAGCT--\n"
  49
  50           /*
  51            * 'gene' on chromosome 5 with two transcripts
  52            */
  53           + ">gene3/1-25 chromosome:GRCh38:5:45051610:45051634:1\n"
  54           + "CAAGCTGGCGGACGAGAGTGTGACA\n"
  55           + ">transcript3/1-18\n--AGCTGGCG----AGAGTGTGAC-\n"
  56           + ">transcript4/1-18\n-----TGG-GGACGAGAGTGTGA-A\n";
  57
  58   private static final String[] VCF = { "##fileformat=VCFv4.2",
  59       "##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description=\"Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed\">",
  60       "##reference=Homo_sapiens/GRCh38",
  61       "#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO",
  62       // A/T,C variants in position 2 of gene sequence (precedes transcript)
  63       // should create 2 variant features with respective scores
  64       "17\t45051611\t.\tA\tT,C\t1666.64\tRF\tAC=15;AF=5.0e-03,4.0e-03",
  65       // SNP G/C in position 4 of gene sequence, position 2 of transcript
  66       // insertion G/GA is transferred to nucleotide but not to peptide
  67       "17\t45051613\t.\tG\tGA,C\t1666.64\tRF\tAC=15;AF=3.0e-03,2.0e-03" };
  68
  69   @BeforeClass
  70   public void setUp()
  71   {
  72     /*
  73      * configure to capture all available VCF and VEP (CSQ) fields
  74      */
  75     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  76     Cache.setProperty("VCF_FIELDS", ".*");
  77     Cache.setProperty("VEP_FIELDS", ".*");
  78   }
  79
  80   @Test(groups = "Functional")
  81   public void testDoLoad() throws IOException
  82   {
  83     AlignmentI al = buildAlignment();
  84     VCFLoader loader = new VCFLoader(al);
  85
  86     File f = makeVcf();
  87
  88     loader.doLoad(f.getPath(), null);
  89
  90     /*
  91      * verify variant feature(s) added to gene
  92      * NB alleles at a locus may not be processed, and features added,
  93      * in the order in which they appear in the VCF record as method
  94      * VariantContext.getAlternateAlleles() does not guarantee order
  95      * - order of assertions here matches what we find (is not important)
  96      */
  97     List<SequenceFeature> geneFeatures = al.getSequenceAt(0)
  98             .getSequenceFeatures();
  99     SequenceFeatures.sortFeatures(geneFeatures, true);
 100     assertEquals(geneFeatures.size(), 4);
 101     SequenceFeature sf = geneFeatures.get(0);
 102     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 103     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 104     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 105     assertEquals(sf.getScore(), 4.0e-03, DELTA);
 106     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "A,C");
 107     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 108     sf = geneFeatures.get(1);
 109     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 110     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 111     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 112     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 113     assertEquals(sf.getScore(), 5.0e-03, DELTA);
 114     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "A,T");
 115
 116     sf = geneFeatures.get(2);
 117     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 118     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
 119     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
 120     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 121     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 122     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,C");
 123
 124     sf = geneFeatures.get(3);
 125     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 126     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
 127     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
 128     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 129     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 130     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GA");
 131
 132     /*
 133      * verify variant feature(s) added to transcript
 134      */
 135     List<SequenceFeature> transcriptFeatures = al.getSequenceAt(1)
 136             .getSequenceFeatures();
 137     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 2);
 138     sf = transcriptFeatures.get(0);
 139     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 140     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 141     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 142     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 143     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 144     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,C");
 145     sf = transcriptFeatures.get(1);
 146     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 147     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 148     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 149     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 150     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 151     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GA");
 152
 153     /*
 154      * verify SNP variant feature(s) computed and added to protein
 155      * first codon AGC varies to ACC giving S/T
 156      */
 157     DBRefEntry[] dbRefs = al.getSequenceAt(1).getDBRefs();
 158     SequenceI peptide = null;
 159     for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 160     {
 161       if (dbref.getMap().getMap().getFromRatio() == 3)
 162       {
 163         peptide = dbref.getMap().getTo();
 164       }
 165     }
 166     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
 167     assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
 168     sf = proteinFeatures.get(0);
 169     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 170     assertEquals(sf.getBegin(), 1);
 171     assertEquals(sf.getEnd(), 1);
 172     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 173     assertEquals(sf.getDescription(), "p.Ser1Thr");
 174   }
 175
 176   private File makeVcf() throws IOException
 177   {
 178     File f = File.createTempFile("Test", ".vcf");
 179     f.deleteOnExit();
 180     PrintWriter pw = new PrintWriter(f);
 181     for (String vcfLine : VCF)
 182     {
 183       pw.println(vcfLine);
 184     }
 185     pw.close();
 186     return f;
 187   }
 188
 189   /**
 190    * Make a simple alignment with one 'gene' and one 'transcript'
 191    *
 192    * @return
 193    */
 194   private AlignmentI buildAlignment()
 195   {
 196     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(FASTA,
 197             DataSourceType.PASTE);
 198
 199     /*
 200      * map gene1 sequence to chromosome (normally done when the sequence is fetched
 201      * from Ensembl and transcripts computed)
 202      */
 203     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 204     SequenceI gene1 = alignment.findName("gene1");
 205     int[] to = new int[] { 45051610, 45051634 };
 206     int[] from = new int[] { gene1.getStart(), gene1.getEnd() };
 207     gene1.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(from, to,
 208             1, 1));
 209
 210     /*
 211      * map 'transcript1' to chromosome via 'gene1'
 212      * transcript1/1-18 is gene1/3-10,15-24
 213      * which is chromosome 45051612-45051619,45051624-45051633
 214      */
 215     to = new int[] { 45051612, 45051619, 45051624, 45051633 };
 216     SequenceI transcript1 = alignment.findName("transcript1");
 217     from = new int[] { transcript1.getStart(), transcript1.getEnd() };
 218     transcript1.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(
 219             from, to,
 220             1, 1));
 221
 222     /*
 223      * map gene2 to chromosome reverse strand
 224      */
 225     SequenceI gene2 = alignment.findName("gene2");
 226     to = new int[] { 45051634, 45051610 };
 227     from = new int[] { gene2.getStart(), gene2.getEnd() };
 228     gene2.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(from, to,
 229             1, 1));
 230
 231     /*
 232      * map 'transcript2' to chromosome via 'gene2'
 233      * transcript2/1-18 is gene2/2-11,16-23
 234      * which is chromosome 45051633-45051624,45051619-45051612
 235      */
 236     to = new int[] { 45051633, 45051624, 45051619, 45051612 };
 237     SequenceI transcript2 = alignment.findName("transcript2");
 238     from = new int[] { transcript2.getStart(), transcript2.getEnd() };
 239     transcript2.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(
 240             from, to,
 241             1, 1));
 242
 243     /*
 244      * add a protein product as a DBRef on transcript1
 245      */
 246     SequenceI peptide1 = new Sequence("ENSP001", "SWRECD");
 247     MapList mapList = new MapList(new int[] { 1, 18 }, new int[] { 1, 6 },
 248             3, 1);
 249     Mapping map = new Mapping(peptide1, mapList);
 250     DBRefEntry product = new DBRefEntry("", "", "ENSP001", map);
 251     transcript1.addDBRef(product);
 252
 253     /*
 254      * add a protein product as a DBRef on transcript2
 255      */
 256     SequenceI peptide2 = new Sequence("ENSP002", "VTLSPA");
 257     mapList = new MapList(new int[] { 1, 18 }, new int[] { 1, 6 }, 3, 1);
 258     map = new Mapping(peptide2, mapList);
 259     product = new DBRefEntry("", "", "ENSP002", map);
 260     transcript2.addDBRef(product);
 261
 262     /*
 263      * map gene3 to chromosome
 264      */
 265     SequenceI gene3 = alignment.findName("gene3");
 266     to = new int[] { 45051610, 45051634 };
 267     from = new int[] { gene3.getStart(), gene3.getEnd() };
 268     gene3.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "5", new MapList(from, to,
 269             1, 1));
 270
 271     /*
 272      * map 'transcript3' to chromosome
 273      */
 274     SequenceI transcript3 = alignment.findName("transcript3");
 275     to = new int[] { 45051612, 45051619, 45051624, 45051633 };
 276     from = new int[] { transcript3.getStart(), transcript3.getEnd() };
 277     transcript3.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "5", new MapList(
 278             from, to,
 279             1, 1));
 280
 281     /*
 282      * map 'transcript4' to chromosome
 283      */
 284     SequenceI transcript4 = alignment.findName("transcript4");
 285     to = new int[] { 45051615, 45051617, 45051619, 45051632, 45051634,
 286         45051634 };
 287     from = new int[] { transcript4.getStart(), transcript4.getEnd() };
 288     transcript4.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "5", new MapList(
 289             from, to,
 290             1, 1));
 291
 292     /*
 293      * add a protein product as a DBRef on transcript3
 294      */
 295     SequenceI peptide3 = new Sequence("ENSP003", "SWRECD");
 296     mapList = new MapList(new int[] { 1, 18 }, new int[] { 1, 6 }, 3, 1);
 297     map = new Mapping(peptide3, mapList);
 298     product = new DBRefEntry("", "", "ENSP003", map);
 299     transcript3.addDBRef(product);
 300
 301     return alignment;
 302   }
 303
 304   /**
 305    * Test with 'gene' and 'transcript' mapped to the reverse strand of the
 306    * chromosome. The VCF variant positions (in forward coordinates) should get
 307    * correctly located on sequence positions.
 308    *
 309    * @throws IOException
 310    */
 311   @Test(groups = "Functional")
 312   public void testDoLoad_reverseStrand() throws IOException
 313   {
 314     AlignmentI al = buildAlignment();
 315
 316     VCFLoader loader = new VCFLoader(al);
 317
 318     File f = makeVcf();
 319
 320     loader.doLoad(f.getPath(), null);
 321
 322     /*
 323      * verify variant feature(s) added to gene2
 324      * gene2/1-25 maps to chromosome 45051634- reverse strand
 325      */
 326     List<SequenceFeature> geneFeatures = al.getSequenceAt(2)
 327             .getSequenceFeatures();
 328     SequenceFeatures.sortFeatures(geneFeatures, true);
 329     assertEquals(geneFeatures.size(), 4);
 330
 331     /*
 332      * variant A/T at 45051611 maps to T/A at gene position 24
 333      */
 334     SequenceFeature sf = geneFeatures.get(3);
 335     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 336     assertEquals(sf.getBegin(), 24);
 337     assertEquals(sf.getEnd(), 24);
 338     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 339     assertEquals(sf.getScore(), 5.0e-03, DELTA);
 340     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "T,A");
 341
 342     /*
 343      * variant A/C at 45051611 maps to T/G at gene position 24
 344      */
 345     sf = geneFeatures.get(2);
 346     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 347     assertEquals(sf.getBegin(), 24);
 348     assertEquals(sf.getEnd(), 24);
 349     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 350     assertEquals(sf.getScore(), 4.0e-03, DELTA);
 351     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "T,G");
 352
 353     /*
 354      * variant G/C at 45051613 maps to C/G at gene position 22
 355      */
 356     sf = geneFeatures.get(1);
 357     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 358     assertEquals(sf.getBegin(), 22);
 359     assertEquals(sf.getEnd(), 22);
 360     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 361     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 362     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "C,G");
 363
 364     /*
 365      * insertion G/GA at 45051613 maps to an insertion at
 366      * the preceding position (21) on reverse strand gene
 367      * reference: CAAGC -> GCTTG/21-25
 368      * genomic variant: CAAGAC (G/GA)
 369      * gene variant: GTCTTG (G/GT at 21)
 370      */
 371     sf = geneFeatures.get(0);
 372     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 373     assertEquals(sf.getBegin(), 21);
 374     assertEquals(sf.getEnd(), 21);
 375     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 376     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 377     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GT");
 378
 379     /*
 380      * verify 2 variant features added to transcript2
 381      */
 382     List<SequenceFeature> transcriptFeatures = al.getSequenceAt(3)
 383             .getSequenceFeatures();
 384     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 2);
 385
 386     /*
 387      * insertion G/GT at position 21 of gene maps to position 16 of transcript
 388      */
 389     sf = transcriptFeatures.get(0);
 390     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 391     assertEquals(sf.getBegin(), 16);
 392     assertEquals(sf.getEnd(), 16);
 393     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 394     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 395     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GT");
 396
 397     /*
 398      * SNP C/G at position 22 of gene maps to position 17 of transcript
 399      */
 400     sf = transcriptFeatures.get(1);
 401     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 402     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
 403     assertEquals(sf.getEnd(), 17);
 404     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 405     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 406     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "C,G");
 407
 408     /*
 409      * verify variant feature(s) computed and added to protein
 410      * last codon GCT varies to GGT giving A/G in the last peptide position
 411      */
 412     DBRefEntry[] dbRefs = al.getSequenceAt(3).getDBRefs();
 413     SequenceI peptide = null;
 414     for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 415     {
 416       if (dbref.getMap().getMap().getFromRatio() == 3)
 417       {
 418         peptide = dbref.getMap().getTo();
 419       }
 420     }
 421     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
 422     assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
 423     sf = proteinFeatures.get(0);
 424     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 425     assertEquals(sf.getBegin(), 6);
 426     assertEquals(sf.getEnd(), 6);
 427     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 428     assertEquals(sf.getDescription(), "p.Ala6Gly");
 429   }
 430
 431   /**
 432    * Tests that if VEP consequence (CSQ) data is present in the VCF data, then
 433    * it is added to the variant feature, but restricted where possible to the
 434    * consequences for a specific transcript
 435    *
 436    * @throws IOException
 437    */
 438   @Test(groups = "Functional")
 439   public void testDoLoad_vepCsq() throws IOException
 440   {
 441     AlignmentI al = buildAlignment();
 442
 443     VCFLoader loader = new VCFLoader(al);
 444
 445     /*
 446      * VCF data file with variants at gene3 positions
 447      * 1 C/A
 448      * 5 C/T
 449      * 9 CGT/C (deletion)
 450      * 13 C/G, C/T
 451      * 17 A/AC (insertion), A/G
 452      */
 453     loader.doLoad("test/jalview/io/vcf/testVcf.dat", null);
 454
 455     /*
 456      * verify variant feature(s) added to gene3
 457      */
 458     List<SequenceFeature> geneFeatures = al.findName("gene3")
 459             .getSequenceFeatures();
 460     SequenceFeatures.sortFeatures(geneFeatures, true);
 461     assertEquals(geneFeatures.size(), 7);
 462     SequenceFeature sf = geneFeatures.get(0);
 463     assertEquals(sf.getBegin(), 1);
 464     assertEquals(sf.getEnd(), 1);
 465     assertEquals(sf.getScore(), 0.1f, DELTA);
 466     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,A");
 467     // gene features include Consequence for all transcripts
 468     Map map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 469     assertEquals(map.size(), 9);
 470
 471     sf = geneFeatures.get(1);
 472     assertEquals(sf.getBegin(), 5);
 473     assertEquals(sf.getEnd(), 5);
 474     assertEquals(sf.getScore(), 0.2f, DELTA);
 475     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 476     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 477     assertEquals(map.size(), 9);
 478
 479     sf = geneFeatures.get(2);
 480     assertEquals(sf.getBegin(), 9);
 481     assertEquals(sf.getEnd(), 11); // deletion over 3 positions
 482     assertEquals(sf.getScore(), 0.3f, DELTA);
 483     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "CGG,C");
 484     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 485     assertEquals(map.size(), 9);
 486
 487     sf = geneFeatures.get(3);
 488     assertEquals(sf.getBegin(), 13);
 489     assertEquals(sf.getEnd(), 13);
 490     assertEquals(sf.getScore(), 0.5f, DELTA);
 491     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 492     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 493     assertEquals(map.size(), 9);
 494
 495     sf = geneFeatures.get(4);
 496     assertEquals(sf.getBegin(), 13);
 497     assertEquals(sf.getEnd(), 13);
 498     assertEquals(sf.getScore(), 0.4f, DELTA);
 499     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,G");
 500     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 501     assertEquals(map.size(), 9);
 502
 503     sf = geneFeatures.get(5);
 504     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
 505     assertEquals(sf.getEnd(), 17);
 506     assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
 507     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
 508     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 509     assertEquals(map.size(), 9);
 510
 511     sf = geneFeatures.get(6);
 512     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
 513     assertEquals(sf.getEnd(), 17); // insertion
 514     assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
 515     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
 516     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 517     assertEquals(map.size(), 9);
 518
 519     /*
 520      * verify variant feature(s) added to transcript3
 521      * at columns 5 (1), 17 (2), positions 3, 11
 522      * note the deletion at columns 9-11 is not transferred since col 11
 523      * has no mapping to transcript 3
 524      */
 525     List<SequenceFeature> transcriptFeatures = al.findName("transcript3")
 526             .getSequenceFeatures();
 527     SequenceFeatures.sortFeatures(transcriptFeatures, true);
 528     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 3);
 529     sf = transcriptFeatures.get(0);
 530     assertEquals(sf.getBegin(), 3);
 531     assertEquals(sf.getEnd(), 3);
 532     assertEquals(sf.getScore(), 0.2f, DELTA);
 533     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 534     // transcript features only have Consequence for that transcripts
 535     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 536     assertEquals(map.size(), 9);
 537     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript3");
 538
 539     sf = transcriptFeatures.get(1);
 540     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 541     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 542     assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
 543     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
 544     assertEquals(map.size(), 9);
 545     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript3");
 546
 547     sf = transcriptFeatures.get(2);
 548     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 549     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 550     assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
 551     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
 552     assertEquals(map.size(), 9);
 553     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript3");
 554
 555     /*
 556      * verify variants computed on protein product for transcript3
 557      * peptide is SWRECD
 558      * codon variants are AGC/AGT position 1 which is synonymous
 559      * and GAG/GGG which is E/G in position 4
 560      * the insertion variant is not transferred to the peptide
 561      */
 562     DBRefEntry[] dbRefs = al.findName("transcript3").getDBRefs();
 563     SequenceI peptide = null;
 564     for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 565     {
 566       if (dbref.getMap().getMap().getFromRatio() == 3)
 567       {
 568         peptide = dbref.getMap().getTo();
 569       }
 570     }
 571     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
 572     assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
 573     sf = proteinFeatures.get(0);
 574     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 575     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
 576     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
 577     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 578     assertEquals(sf.getDescription(), "p.Glu4Gly");
 579
 580     /*
 581      * verify variant feature(s) added to transcript4
 582      * at columns 13 (2) and 17 (2), positions 7 and 11
 583      */
 584     transcriptFeatures = al.findName("transcript4").getSequenceFeatures();
 585     SequenceFeatures.sortFeatures(transcriptFeatures, true);
 586     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 4);
 587     sf = transcriptFeatures.get(0);
 588     assertEquals(sf.getBegin(), 7);
 589     assertEquals(sf.getEnd(), 7);
 590     assertEquals(sf.getScore(), 0.5f, DELTA);
 591     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 592     assertEquals(map.size(), 9);
 593     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
 594
 595     sf = transcriptFeatures.get(1);
 596     assertEquals(sf.getBegin(), 7);
 597     assertEquals(sf.getEnd(), 7);
 598     assertEquals(sf.getScore(), 0.4f, DELTA);
 599     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,G");
 600     assertEquals(map.size(), 9);
 601     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
 602
 603     sf = transcriptFeatures.get(2);
 604     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 605     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 606     assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
 607     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
 608     assertEquals(map.size(), 9);
 609     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
 610
 611     sf = transcriptFeatures.get(3);
 612     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 613     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 614     assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
 615     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
 616     assertEquals(map.size(), 9);
 617     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
 618   }
 619 }