test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

   1 package jalview.io.vcf;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.bin.Cache;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   8 import jalview.datamodel.Mapping;
   9 import jalview.datamodel.Sequence;
  10 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12 import jalview.datamodel.features.SequenceFeatures;
  13 import jalview.gui.AlignFrame;
  14 import jalview.io.DataSourceType;
  15 import jalview.io.FileLoader;
  16 import jalview.io.gff.Gff3Helper;
  17 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  18 import jalview.util.MapList;
  19
  20 import java.io.File;
  21 import java.io.IOException;
  22 import java.io.PrintWriter;
  23 import java.util.List;
  24 import java.util.Map;
  25
  26 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 public class VCFLoaderTest
  30 {
  31   private static final float DELTA = 0.00001f;
  32
  33   // columns 9717- of gene P30419 from Ensembl (much modified)
  34   private static final String FASTA = ""
  35           +
  36           /*
  37            * forward strand 'gene' and 'transcript' with two exons
  38            */
  39           ">gene1/1-25 chromosome:GRCh38:17:45051610:45051634:1\n"
  40           + "CAAGCTGGCGGACGAGAGTGTGACA\n"
  41           + ">transcript1/1-18\n--AGCTGGCG----AGAGTGTGAC-\n"
  42
  43           /*
  44            * reverse strand gene and transcript (reverse complement alleles!)
  45            */
  46           + ">gene2/1-25 chromosome:GRCh38:17:45051610:45051634:-1\n"
  47           + "TGTCACACTCTCGTCCGCCAGCTTG\n"
  48           + ">transcript2/1-18\n" + "-GTCACACTCT----CGCCAGCT--\n"
  49
  50           /*
  51            * 'gene' on chromosome 5 with two transcripts
  52            */
  53           + ">gene3/1-25 chromosome:GRCh38:5:45051610:45051634:1\n"
  54           + "CAAGCTGGCGGACGAGAGTGTGACA\n"
  55           + ">transcript3/1-18\n--AGCTGGCG----AGAGTGTGAC-\n"
  56           + ">transcript4/1-18\n-----TGG-GGACGAGAGTGTGA-A\n";
  57
  58   private static final String[] VCF = { "##fileformat=VCFv4.2",
  59       "##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description=\"Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed\">",
  60       "##reference=Homo_sapiens/GRCh38",
  61       "#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO",
  62       // A/T,C variants in position 2 of gene sequence (precedes transcript)
  63       // should create 2 variant features with respective scores
  64       "17\t45051611\t.\tA\tT,C\t1666.64\tRF\tAC=15;AF=5.0e-03,4.0e-03",
  65       // SNP G/C in position 4 of gene sequence, position 2 of transcript
  66       // insertion G/GA is transferred to nucleotide but not to peptide
  67       "17\t45051613\t.\tG\tGA,C\t1666.64\tRF\tAC=15;AF=3.0e-03,2.0e-03" };
  68
  69   @BeforeClass
  70   public void setUp()
  71   {
  72     /*
  73      * configure to capture all available VCF and VEP (CSQ) fields
  74      */
  75     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  76     Cache.setProperty("VCF_FIELDS", ".*");
  77     Cache.setProperty("VEP_FIELDS", ".*");
  78     Cache.initLogger();
  79   }
  80
  81   @Test(groups = "Functional")
  82   public void testDoLoad() throws IOException
  83   {
  84     AlignmentI al = buildAlignment();
  85
  86     File f = makeVcf();
  87     VCFLoader loader = new VCFLoader(f.getPath());
  88
  89     loader.doLoad(al.getSequencesArray(), null);
  90
  91     /*
  92      * verify variant feature(s) added to gene
  93      * NB alleles at a locus may not be processed, and features added,
  94      * in the order in which they appear in the VCF record as method
  95      * VariantContext.getAlternateAlleles() does not guarantee order
  96      * - order of assertions here matches what we find (is not important)
  97      */
  98     List<SequenceFeature> geneFeatures = al.getSequenceAt(0)
  99             .getSequenceFeatures();
 100     SequenceFeatures.sortFeatures(geneFeatures, true);
 101     assertEquals(geneFeatures.size(), 4);
 102     SequenceFeature sf = geneFeatures.get(0);
 103     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 104     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 105     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 106     assertEquals(sf.getScore(), 4.0e-03, DELTA);
 107     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "A,C");
 108     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 109     sf = geneFeatures.get(1);
 110     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 111     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 112     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 113     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 114     assertEquals(sf.getScore(), 5.0e-03, DELTA);
 115     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "A,T");
 116
 117     sf = geneFeatures.get(2);
 118     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 119     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
 120     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
 121     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 122     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 123     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,C");
 124
 125     sf = geneFeatures.get(3);
 126     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 127     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
 128     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
 129     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 130     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 131     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GA");
 132
 133     /*
 134      * verify variant feature(s) added to transcript
 135      */
 136     List<SequenceFeature> transcriptFeatures = al.getSequenceAt(1)
 137             .getSequenceFeatures();
 138     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 2);
 139     sf = transcriptFeatures.get(0);
 140     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 141     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 142     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 143     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 144     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 145     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,C");
 146     sf = transcriptFeatures.get(1);
 147     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 148     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 149     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 150     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 151     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 152     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GA");
 153
 154     /*
 155      * verify SNP variant feature(s) computed and added to protein
 156      * first codon AGC varies to ACC giving S/T
 157      */
 158     DBRefEntry[] dbRefs = al.getSequenceAt(1).getDBRefs();
 159     SequenceI peptide = null;
 160     for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 161     {
 162       if (dbref.getMap().getMap().getFromRatio() == 3)
 163       {
 164         peptide = dbref.getMap().getTo();
 165       }
 166     }
 167     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
 168     assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
 169     sf = proteinFeatures.get(0);
 170     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 171     assertEquals(sf.getBegin(), 1);
 172     assertEquals(sf.getEnd(), 1);
 173     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.NONSYNONYMOUS_VARIANT);
 174     assertEquals(sf.getDescription(), "p.Ser1Thr");
 175   }
 176
 177   private File makeVcf() throws IOException
 178   {
 179     File f = File.createTempFile("Test", ".vcf");
 180     f.deleteOnExit();
 181     PrintWriter pw = new PrintWriter(f);
 182     for (String vcfLine : VCF)
 183     {
 184       pw.println(vcfLine);
 185     }
 186     pw.close();
 187     return f;
 188   }
 189
 190   /**
 191    * Make a simple alignment with one 'gene' and one 'transcript'
 192    *
 193    * @return
 194    */
 195   private AlignmentI buildAlignment()
 196   {
 197     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(FASTA,
 198             DataSourceType.PASTE);
 199
 200     /*
 201      * map gene1 sequence to chromosome (normally done when the sequence is fetched
 202      * from Ensembl and transcripts computed)
 203      */
 204     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 205     SequenceI gene1 = alignment.findName("gene1");
 206     int[] to = new int[] { 45051610, 45051634 };
 207     int[] from = new int[] { gene1.getStart(), gene1.getEnd() };
 208     gene1.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(from, to,
 209             1, 1));
 210
 211     /*
 212      * map 'transcript1' to chromosome via 'gene1'
 213      * transcript1/1-18 is gene1/3-10,15-24
 214      * which is chromosome 45051612-45051619,45051624-45051633
 215      */
 216     to = new int[] { 45051612, 45051619, 45051624, 45051633 };
 217     SequenceI transcript1 = alignment.findName("transcript1");
 218     from = new int[] { transcript1.getStart(), transcript1.getEnd() };
 219     transcript1.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(
 220             from, to,
 221             1, 1));
 222
 223     /*
 224      * map gene2 to chromosome reverse strand
 225      */
 226     SequenceI gene2 = alignment.findName("gene2");
 227     to = new int[] { 45051634, 45051610 };
 228     from = new int[] { gene2.getStart(), gene2.getEnd() };
 229     gene2.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(from, to,
 230             1, 1));
 231
 232     /*
 233      * map 'transcript2' to chromosome via 'gene2'
 234      * transcript2/1-18 is gene2/2-11,16-23
 235      * which is chromosome 45051633-45051624,45051619-45051612
 236      */
 237     to = new int[] { 45051633, 45051624, 45051619, 45051612 };
 238     SequenceI transcript2 = alignment.findName("transcript2");
 239     from = new int[] { transcript2.getStart(), transcript2.getEnd() };
 240     transcript2.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(
 241             from, to,
 242             1, 1));
 243
 244     /*
 245      * add a protein product as a DBRef on transcript1
 246      */
 247     SequenceI peptide1 = new Sequence("ENSP001", "SWRECD");
 248     MapList mapList = new MapList(new int[] { 1, 18 }, new int[] { 1, 6 },
 249             3, 1);
 250     Mapping map = new Mapping(peptide1, mapList);
 251     DBRefEntry product = new DBRefEntry("", "", "ENSP001", map);
 252     transcript1.addDBRef(product);
 253
 254     /*
 255      * add a protein product as a DBRef on transcript2
 256      */
 257     SequenceI peptide2 = new Sequence("ENSP002", "VTLSPA");
 258     mapList = new MapList(new int[] { 1, 18 }, new int[] { 1, 6 }, 3, 1);
 259     map = new Mapping(peptide2, mapList);
 260     product = new DBRefEntry("", "", "ENSP002", map);
 261     transcript2.addDBRef(product);
 262
 263     /*
 264      * map gene3 to chromosome
 265      */
 266     SequenceI gene3 = alignment.findName("gene3");
 267     to = new int[] { 45051610, 45051634 };
 268     from = new int[] { gene3.getStart(), gene3.getEnd() };
 269     gene3.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "5", new MapList(from, to,
 270             1, 1));
 271
 272     /*
 273      * map 'transcript3' to chromosome
 274      */
 275     SequenceI transcript3 = alignment.findName("transcript3");
 276     to = new int[] { 45051612, 45051619, 45051624, 45051633 };
 277     from = new int[] { transcript3.getStart(), transcript3.getEnd() };
 278     transcript3.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "5", new MapList(
 279             from, to,
 280             1, 1));
 281
 282     /*
 283      * map 'transcript4' to chromosome
 284      */
 285     SequenceI transcript4 = alignment.findName("transcript4");
 286     to = new int[] { 45051615, 45051617, 45051619, 45051632, 45051634,
 287         45051634 };
 288     from = new int[] { transcript4.getStart(), transcript4.getEnd() };
 289     transcript4.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "5", new MapList(
 290             from, to,
 291             1, 1));
 292
 293     /*
 294      * add a protein product as a DBRef on transcript3
 295      */
 296     SequenceI peptide3 = new Sequence("ENSP003", "SWRECD");
 297     mapList = new MapList(new int[] { 1, 18 }, new int[] { 1, 6 }, 3, 1);
 298     map = new Mapping(peptide3, mapList);
 299     product = new DBRefEntry("", "", "ENSP003", map);
 300     transcript3.addDBRef(product);
 301
 302     return alignment;
 303   }
 304
 305   /**
 306    * Test with 'gene' and 'transcript' mapped to the reverse strand of the
 307    * chromosome. The VCF variant positions (in forward coordinates) should get
 308    * correctly located on sequence positions.
 309    *
 310    * @throws IOException
 311    */
 312   @Test(groups = "Functional")
 313   public void testDoLoad_reverseStrand() throws IOException
 314   {
 315     AlignmentI al = buildAlignment();
 316
 317     File f = makeVcf();
 318
 319     VCFLoader loader = new VCFLoader(f.getPath());
 320
 321     loader.doLoad(al.getSequencesArray(), null);
 322
 323     /*
 324      * verify variant feature(s) added to gene2
 325      * gene2/1-25 maps to chromosome 45051634- reverse strand
 326      */
 327     List<SequenceFeature> geneFeatures = al.getSequenceAt(2)
 328             .getSequenceFeatures();
 329     SequenceFeatures.sortFeatures(geneFeatures, true);
 330     assertEquals(geneFeatures.size(), 4);
 331
 332     /*
 333      * variant A/T at 45051611 maps to T/A at gene position 24
 334      */
 335     SequenceFeature sf = geneFeatures.get(3);
 336     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 337     assertEquals(sf.getBegin(), 24);
 338     assertEquals(sf.getEnd(), 24);
 339     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 340     assertEquals(sf.getScore(), 5.0e-03, DELTA);
 341     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "T,A");
 342
 343     /*
 344      * variant A/C at 45051611 maps to T/G at gene position 24
 345      */
 346     sf = geneFeatures.get(2);
 347     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 348     assertEquals(sf.getBegin(), 24);
 349     assertEquals(sf.getEnd(), 24);
 350     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 351     assertEquals(sf.getScore(), 4.0e-03, DELTA);
 352     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "T,G");
 353
 354     /*
 355      * variant G/C at 45051613 maps to C/G at gene position 22
 356      */
 357     sf = geneFeatures.get(1);
 358     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 359     assertEquals(sf.getBegin(), 22);
 360     assertEquals(sf.getEnd(), 22);
 361     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 362     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 363     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "C,G");
 364
 365     /*
 366      * insertion G/GA at 45051613 maps to an insertion at
 367      * the preceding position (21) on reverse strand gene
 368      * reference: CAAGC -> GCTTG/21-25
 369      * genomic variant: CAAGAC (G/GA)
 370      * gene variant: GTCTTG (G/GT at 21)
 371      */
 372     sf = geneFeatures.get(0);
 373     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 374     assertEquals(sf.getBegin(), 21);
 375     assertEquals(sf.getEnd(), 21);
 376     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 377     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 378     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GT");
 379
 380     /*
 381      * verify 2 variant features added to transcript2
 382      */
 383     List<SequenceFeature> transcriptFeatures = al.getSequenceAt(3)
 384             .getSequenceFeatures();
 385     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 2);
 386
 387     /*
 388      * insertion G/GT at position 21 of gene maps to position 16 of transcript
 389      */
 390     sf = transcriptFeatures.get(0);
 391     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 392     assertEquals(sf.getBegin(), 16);
 393     assertEquals(sf.getEnd(), 16);
 394     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 395     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 396     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GT");
 397
 398     /*
 399      * SNP C/G at position 22 of gene maps to position 17 of transcript
 400      */
 401     sf = transcriptFeatures.get(1);
 402     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 403     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
 404     assertEquals(sf.getEnd(), 17);
 405     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 406     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 407     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "C,G");
 408
 409     /*
 410      * verify variant feature(s) computed and added to protein
 411      * last codon GCT varies to GGT giving A/G in the last peptide position
 412      */
 413     DBRefEntry[] dbRefs = al.getSequenceAt(3).getDBRefs();
 414     SequenceI peptide = null;
 415     for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 416     {
 417       if (dbref.getMap().getMap().getFromRatio() == 3)
 418       {
 419         peptide = dbref.getMap().getTo();
 420       }
 421     }
 422     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
 423     assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
 424     sf = proteinFeatures.get(0);
 425     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 426     assertEquals(sf.getBegin(), 6);
 427     assertEquals(sf.getEnd(), 6);
 428     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.NONSYNONYMOUS_VARIANT);
 429     assertEquals(sf.getDescription(), "p.Ala6Gly");
 430   }
 431
 432   /**
 433    * Tests that if VEP consequence (CSQ) data is present in the VCF data, then
 434    * it is added to the variant feature, but restricted where possible to the
 435    * consequences for a specific transcript
 436    *
 437    * @throws IOException
 438    */
 439   @Test(groups = "Functional")
 440   public void testDoLoad_vepCsq() throws IOException
 441   {
 442     AlignmentI al = buildAlignment();
 443
 444     VCFLoader loader = new VCFLoader("test/jalview/io/vcf/testVcf.vcf");
 445
 446     /*
 447      * VCF data file with variants at gene3 positions
 448      * 1 C/A
 449      * 5 C/T
 450      * 9 CGT/C (deletion)
 451      * 13 C/G, C/T
 452      * 17 A/AC (insertion), A/G
 453      */
 454     loader.doLoad(al.getSequencesArray(), null);
 455
 456     /*
 457      * verify variant feature(s) added to gene3
 458      */
 459     List<SequenceFeature> geneFeatures = al.findName("gene3")
 460             .getSequenceFeatures();
 461     SequenceFeatures.sortFeatures(geneFeatures, true);
 462     assertEquals(geneFeatures.size(), 7);
 463     SequenceFeature sf = geneFeatures.get(0);
 464     assertEquals(sf.getBegin(), 1);
 465     assertEquals(sf.getEnd(), 1);
 466     assertEquals(sf.getScore(), 0.1f, DELTA);
 467     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,A");
 468     // gene features include Consequence for all transcripts
 469     Map map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 470     assertEquals(map.size(), 9);
 471
 472     sf = geneFeatures.get(1);
 473     assertEquals(sf.getBegin(), 5);
 474     assertEquals(sf.getEnd(), 5);
 475     assertEquals(sf.getScore(), 0.2f, DELTA);
 476     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 477     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 478     assertEquals(map.size(), 9);
 479
 480     sf = geneFeatures.get(2);
 481     assertEquals(sf.getBegin(), 9);
 482     assertEquals(sf.getEnd(), 11); // deletion over 3 positions
 483     assertEquals(sf.getScore(), 0.3f, DELTA);
 484     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "CGG,C");
 485     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 486     assertEquals(map.size(), 9);
 487
 488     sf = geneFeatures.get(3);
 489     assertEquals(sf.getBegin(), 13);
 490     assertEquals(sf.getEnd(), 13);
 491     assertEquals(sf.getScore(), 0.5f, DELTA);
 492     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 493     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 494     assertEquals(map.size(), 9);
 495
 496     sf = geneFeatures.get(4);
 497     assertEquals(sf.getBegin(), 13);
 498     assertEquals(sf.getEnd(), 13);
 499     assertEquals(sf.getScore(), 0.4f, DELTA);
 500     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,G");
 501     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 502     assertEquals(map.size(), 9);
 503
 504     sf = geneFeatures.get(5);
 505     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
 506     assertEquals(sf.getEnd(), 17);
 507     assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
 508     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
 509     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 510     assertEquals(map.size(), 9);
 511
 512     sf = geneFeatures.get(6);
 513     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
 514     assertEquals(sf.getEnd(), 17); // insertion
 515     assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
 516     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
 517     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 518     assertEquals(map.size(), 9);
 519
 520     /*
 521      * verify variant feature(s) added to transcript3
 522      * at columns 5 (1), 17 (2), positions 3, 11
 523      * note the deletion at columns 9-11 is not transferred since col 11
 524      * has no mapping to transcript 3
 525      */
 526     List<SequenceFeature> transcriptFeatures = al.findName("transcript3")
 527             .getSequenceFeatures();
 528     SequenceFeatures.sortFeatures(transcriptFeatures, true);
 529     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 3);
 530     sf = transcriptFeatures.get(0);
 531     assertEquals(sf.getBegin(), 3);
 532     assertEquals(sf.getEnd(), 3);
 533     assertEquals(sf.getScore(), 0.2f, DELTA);
 534     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 535     // transcript features only have Consequence for that transcripts
 536     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
 537     assertEquals(map.size(), 9);
 538     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript3");
 539
 540     sf = transcriptFeatures.get(1);
 541     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 542     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 543     assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
 544     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
 545     assertEquals(map.size(), 9);
 546     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript3");
 547
 548     sf = transcriptFeatures.get(2);
 549     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 550     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 551     assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
 552     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
 553     assertEquals(map.size(), 9);
 554     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript3");
 555
 556     /*
 557      * verify variants computed on protein product for transcript3
 558      * peptide is SWRECD
 559      * codon variants are AGC/AGT position 1 which is synonymous
 560      * and GAG/GGG which is E/G in position 4
 561      * the insertion variant is not transferred to the peptide
 562      */
 563     DBRefEntry[] dbRefs = al.findName("transcript3").getDBRefs();
 564     SequenceI peptide = null;
 565     for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 566     {
 567       if (dbref.getMap().getMap().getFromRatio() == 3)
 568       {
 569         peptide = dbref.getMap().getTo();
 570       }
 571     }
 572     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
 573     SequenceFeatures.sortFeatures(proteinFeatures, true);
 574     assertEquals(proteinFeatures.size(), 2);
 575     sf = proteinFeatures.get(0);
 576     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 577     assertEquals(sf.getBegin(), 1);
 578     assertEquals(sf.getEnd(), 1);
 579     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SYNONYMOUS_VARIANT);
 580     assertEquals(sf.getDescription(), "agC/agT");
 581     sf = proteinFeatures.get(1);
 582     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 583     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
 584     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
 585     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.NONSYNONYMOUS_VARIANT);
 586     assertEquals(sf.getDescription(), "p.Glu4Gly");
 587
 588     /*
 589      * verify variant feature(s) added to transcript4
 590      * at columns 13 (2) and 17 (2), positions 7 and 11
 591      */
 592     transcriptFeatures = al.findName("transcript4").getSequenceFeatures();
 593     SequenceFeatures.sortFeatures(transcriptFeatures, true);
 594     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 4);
 595     sf = transcriptFeatures.get(0);
 596     assertEquals(sf.getBegin(), 7);
 597     assertEquals(sf.getEnd(), 7);
 598     assertEquals(sf.getScore(), 0.5f, DELTA);
 599     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 600     assertEquals(map.size(), 9);
 601     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
 602
 603     sf = transcriptFeatures.get(1);
 604     assertEquals(sf.getBegin(), 7);
 605     assertEquals(sf.getEnd(), 7);
 606     assertEquals(sf.getScore(), 0.4f, DELTA);
 607     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,G");
 608     assertEquals(map.size(), 9);
 609     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
 610
 611     sf = transcriptFeatures.get(2);
 612     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 613     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 614     assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
 615     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
 616     assertEquals(map.size(), 9);
 617     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
 618
 619     sf = transcriptFeatures.get(3);
 620     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 621     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 622     assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
 623     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
 624     assertEquals(map.size(), 9);
 625     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
 626   }
 627
 628   /**
 629    * A test that demonstrates loading a contig sequence from an indexed sequence
 630    * database which is the reference for a VCF file
 631    *
 632    * @throws IOException
 633    */
 634   @Test(groups = "Functional")
 635   public void testLoadVCFContig() throws IOException
 636   {
 637     VCFLoader loader = new VCFLoader(
 638             "test/jalview/io/vcf/testVcf2.vcf");
 639
 640     SequenceI seq = loader.loadVCFContig("contig123");
 641     assertEquals(seq.getLength(), 15);
 642     assertEquals(seq.getSequenceAsString(), "AAAAACCCCCGGGGG");
 643     List<SequenceFeature> features = seq.getSequenceFeatures();
 644     SequenceFeatures.sortFeatures(features, true);
 645     assertEquals(features.size(), 2);
 646     SequenceFeature sf = features.get(0);
 647     assertEquals(sf.getBegin(), 8);
 648     assertEquals(sf.getEnd(), 8);
 649     assertEquals(sf.getDescription(), "C,A");
 650     sf = features.get(1);
 651     assertEquals(sf.getBegin(), 12);
 652     assertEquals(sf.getEnd(), 12);
 653     assertEquals(sf.getDescription(), "G,T");
 654
 655     seq = loader.loadVCFContig("contig789");
 656     assertEquals(seq.getLength(), 25);
 657     assertEquals(seq.getSequenceAsString(), "GGGGGTTTTTAAAAACCCCCGGGGG");
 658     features = seq.getSequenceFeatures();
 659     SequenceFeatures.sortFeatures(features, true);
 660     assertEquals(features.size(), 2);
 661     sf = features.get(0);
 662     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 663     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 664     assertEquals(sf.getDescription(), "G,T");
 665     sf = features.get(1);
 666     assertEquals(sf.getBegin(), 21);
 667     assertEquals(sf.getEnd(), 21);
 668     assertEquals(sf.getDescription(), "G,A");
 669
 670     seq = loader.loadVCFContig("contig456");
 671     assertEquals(seq.getLength(), 20);
 672     assertEquals(seq.getSequenceAsString(), "CCCCCGGGGGTTTTTAAAAA");
 673     features = seq.getSequenceFeatures();
 674     SequenceFeatures.sortFeatures(features, true);
 675     assertEquals(features.size(), 1);
 676     sf = features.get(0);
 677     assertEquals(sf.getBegin(), 15);
 678     assertEquals(sf.getEnd(), 15);
 679     assertEquals(sf.getDescription(), "T,C");
 680   }
 681 }