test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.HashMap;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Map;
  37
  38 import javax.swing.JInternalFrame;
  39
  40 import org.testng.Assert;
  41 import org.testng.AssertJUnit;
  42 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  43 import org.testng.annotations.Test;
  44
  45 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  46 import jalview.api.AlignViewportI;
  47 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  48 import jalview.api.FeatureColourI;
  49 import jalview.api.ViewStyleI;
  50 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  51 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  52 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  53 import jalview.datamodel.GeneLocus;
  54 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  55 import jalview.datamodel.Mapping;
  56 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  57 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  58 import jalview.datamodel.Sequence.DBModList;
  59 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  60 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  61 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  62 import jalview.datamodel.SequenceI;
  63 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  64 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  65 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  66 import jalview.gui.AlignFrame;
  67 import jalview.gui.AlignViewport;
  68 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  69 import jalview.gui.Desktop;
  70 import jalview.gui.JvOptionPane;
  71 import jalview.gui.PCAPanel;
  72 import jalview.gui.PopupMenu;
  73 import jalview.gui.SliderPanel;
  74 import jalview.io.DataSourceType;
  75 import jalview.io.FileFormat;
  76 import jalview.io.FileLoader;
  77 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  78 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  79 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  80 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  81 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  82 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  83 import jalview.schemes.FeatureColour;
  84 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  85 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  86 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  87 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  88 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  89 import jalview.util.MapList;
  90 import jalview.util.matcher.Condition;
  91 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  92 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  93
  94 @Test(singleThreaded = true)
  95 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  96 {
  97
  98   @Override
  99   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 100   public void setUpJvOptionPane()
 101   {
 102     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 103     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 104   }
 105
 106   @Test(groups = { "Functional" })
 107   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 108   {
 109     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 110     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 111             .getAbsolutePath();
 112     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 113             DataSourceType.FILE);
 114     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 115     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 116     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 117     af.changeColour_actionPerformed(
 118             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 119     assertTrue(
 120             af.getViewport()
 121                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 122             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 123     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 124     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 125             "Failed to store as a project.");
 126     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 127     af = null;
 128     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 129             DataSourceType.FILE);
 130     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 131     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 132     assertEquals(olddsann, newdsann,
 133             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 134                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 135     System.out.println(
 136             "Read in same number of annotations as originally present ("
 137                     + olddsann + ")");
 138     assertTrue(
 139
 140             af.getViewport()
 141                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 142             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 143   }
 144
 145   @Test(groups = { "Functional" })
 146   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 147   {
 148     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 149             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 150     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 151             .getAbsolutePath();
 152     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 153             DataSourceType.FILE);
 154     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 155     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 156     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 157     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 158             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 159     assertNotNull(
 160             ColourSchemeProperty.getColourScheme(viewport,
 161                     viewport.getAlignment(),
 162                     viewport.getGlobalColourScheme()
 163                             .getSchemeName()),
 164             "Recognise T-Coffee score from string");
 165
 166     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 167     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 168             "Failed to store as a project.");
 169     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 170     af = null;
 171     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 172             DataSourceType.FILE);
 173     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 174     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 175             TCoffeeColourScheme.class,
 176             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 177     System.out.println(
 178             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 179   }
 180
 181   @Test(groups = { "Functional" })
 182   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 183   {
 184     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 185             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 186     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 187             .getAbsolutePath();
 188     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 189             DataSourceType.FILE);
 190     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 191     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 192     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 193             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 194     assertTrue(
 195
 196             aa != null && aa.length > 0,
 197             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 198     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 199             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 200     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 201             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 202     cs.setSeqAssociated(true);
 203     gcs.setSeqAssociated(true);
 204     af.changeColour(cs);
 205     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 206     sg.setStartRes(57);
 207     sg.setEndRes(92);
 208     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 209     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 210     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 211     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 212     af.alignPanel.alignmentChanged();
 213     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 214     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 215             "Failed to store as a project.");
 216     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 217     af = null;
 218     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 219             DataSourceType.FILE);
 220     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 221
 222     // check for group and alignment colourschemes
 223
 224     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 225     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 226             .getColourScheme();
 227     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 228     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 229             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 230     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 231     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 232             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 233
 234     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 235     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 236     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 237             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 238     {
 239       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 240               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 241       {
 242         diffseqcols = true;
 243       }
 244     }
 245     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 246     System.out.println(
 247             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 248
 249     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 250     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 251             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 252     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 253     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 254             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 255
 256     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 257             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 258     {
 259       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 260               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 261                       0f))
 262       {
 263         diffgseqcols = true;
 264       }
 265     }
 266     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 267     System.out.println(
 268             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 269   }
 270
 271   @Test(groups = { "Functional" })
 272   public void gatherViewsHere() throws Exception
 273   {
 274     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 275             : Desktop.getAlignFrames().length;
 276     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 277             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 278     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 279     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 280             "Didn't gather the views in the example file.");
 281
 282   }
 283
 284   /**
 285    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 286    *
 287    * @throws Exception
 288    */
 289   @Test(groups = { "Functional" })
 290   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 291   {
 292     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 293     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 294     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 295             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 296     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 297
 298     // locate Jmol viewer
 299     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 300     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 301             .findFileForPDBId("1A70");
 302     assertEquals(
 303             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 304                     .getMapping(pdbFile).length,
 305             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 306
 307   }
 308
 309   @Test(groups = { "Functional" })
 310   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 311   {
 312     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 313     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 314     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 315             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 316     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 317     AlignmentViewPanel sps = null;
 318     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 319     {
 320       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 321       {
 322         sps = ap;
 323         break;
 324       }
 325     }
 326     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 327     AlignmentAnnotation refan = null;
 328     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 329             .getAlignmentAnnotation())
 330     {
 331       if (ra.graph != 0)
 332       {
 333         refan = ra;
 334         break;
 335       }
 336     }
 337     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 338     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 339     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 340     // compare the manually added temperature factor annotation
 341     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 342     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 343             "1a70 has no annotation");
 344     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 345     {
 346       AlignmentAnnotation alaa;
 347       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 348       alaa.adjustForAlignment();
 349       if (ala.graph == refan.graph)
 350       {
 351         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 352         {
 353           sq.findPosition(p);
 354           try
 355           {
 356             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 357                     && refan.annotations[p] == null)
 358                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 359                     "Mismatch at alignment position " + p);
 360           } catch (NullPointerException q)
 361           {
 362             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 363                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 364                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 365           }
 366         }
 367       }
 368     }
 369
 370   }
 371
 372   @Test(groups = { "Functional" })
 373   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 374   {
 375     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 376             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 377     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 378     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 379     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 380     {
 381       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 382       {
 383         sps = ap;
 384       }
 385       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 386       {
 387         groups = ap;
 388       }
 389     }
 390     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 391     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 392
 393     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 394     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 395     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 396
 397     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 398     AssertJUnit.assertFalse(
 399             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 400     Assert.assertTrue(structureStyle
 401             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 402
 403   }
 404
 405   /**
 406    * test store and recovery of expanded views
 407    *
 408    * @throws Exception
 409    */
 410   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 411   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 412   {
 413     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 414
 415     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 416             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 417     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 418     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 419
 420     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 421     // actually on the Desktop
 422     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 423             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 424
 425     Desktop.explodeViews(af);
 426
 427     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 428     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 429             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 430     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 431     try
 432     {
 433       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 434     } catch (Error e)
 435     {
 436       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 437     } catch (Exception e)
 438     {
 439       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 440     }
 441     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 442     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 443     {
 444       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 445     }
 446     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 447             DataSourceType.FILE);
 448     Assert.assertNotNull(af);
 449     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 450             Desktop.getAlignmentPanels(
 451                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 452     Assert.assertEquals(
 453             Desktop.getAlignmentPanels(
 454                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 455             oldviews);
 456   }
 457
 458   /**
 459    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 460    * in each view.
 461    *
 462    * @throws Exception
 463    */
 464   @Test(groups = { "Functional" })
 465   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 466   {
 467     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 468     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 469             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 470     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 471     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 472
 473     // remember reference sequence for each panel
 474     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 475
 476     /*
 477      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 478      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 479      */
 480     int n = 1;
 481     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 482     {
 483       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 484       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 485       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 486       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 487       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 488
 489       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 490       // todo refactor this to an alignment view controller
 491       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 492       av.setColourByReferenceSeq(true);
 493       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 494
 495       n++;
 496     }
 497     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 498             ".jvp");
 499     try
 500     {
 501       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 502     } catch (Throwable e)
 503     {
 504       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 505     }
 506     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 507     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 508     {
 509       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 510     }
 511
 512     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 513             DataSourceType.FILE);
 514     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 515
 516     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 517     {
 518       // check representative
 519       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 520       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 521       Assert.assertNotNull(rep,
 522               "Couldn't restore sequence representative from project");
 523       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 524       // will be different.
 525       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 526       // load/saves.
 527       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 528               rep.toString(),
 529               "Representative wasn't the same when recovered.");
 530       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 531               "Display reference sequence view setting not set.");
 532       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 533               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 534     }
 535   }
 536
 537   @Test(groups = { "Functional" })
 538   public void testIsVersionStringLaterThan()
 539   {
 540     /*
 541      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 542      * compatible
 543      */
 544     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 547     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 548             "Development Build"));
 549     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 550             "DEVELOPMENT BUILD"));
 551     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 552             "Development Build"));
 553     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 554     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 555     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 556     assertTrue(
 557             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 558     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 559             "Automated Build"));
 560     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 561             "AUTOMATED BUILD"));
 562
 563     /*
 564      * same version returns true i.e. compatible
 565      */
 566     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 567     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 568     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 569     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 570     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 571
 572     /*
 573      * later version returns true
 574      */
 575     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 576     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 577     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 578     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 579     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 580
 581     /*
 582      * earlier version returns false
 583      */
 584     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 585     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 586     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 587     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 588     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 589   }
 590
 591   /**
 592    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 593    * representative sequence) in each view.
 594    *
 595    * @throws Exception
 596    */
 597   @Test(groups = { "Functional" })
 598   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 599   {
 600     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 601     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 602             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 603     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 604     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 605     // make a second view of the alignment
 606     af.newView_actionPerformed(null);
 607
 608     /*
 609      * remember representative and hidden sequences marked
 610      * on each panel
 611      */
 612     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 613     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 614
 615     /*
 616      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 617      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 618      */
 619     int n = 1;
 620     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 621     {
 622       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 623       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 624       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 625       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 626       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 627       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 628       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 629       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 630       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 631
 632       /*
 633        * have rep sequence represent itself and the one before it
 634        * this hides the group (except for the rep seq)
 635        */
 636       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 637       sg.addSequence(repSeq, false);
 638       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 639       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 640       sg.setSeqrep(repSeq);
 641       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 642       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 643       av.setSelectionGroup(sg);
 644       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 645
 646       /*
 647        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 648        * (it does not create a group on the alignment)
 649        */
 650       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 651       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 652       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 653       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 654       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 655       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 656               .getHiddenRepSequences();
 657       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 658       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 659       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 660       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 661       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 662       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 663
 664       n++;
 665     }
 666     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 667             ".jvp");
 668     try
 669     {
 670       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 671     } catch (Throwable e)
 672     {
 673       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 674     }
 675     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 676     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 677     {
 678       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 679     }
 680
 681     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 682             DataSourceType.FILE);
 683     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 684
 685     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 686     {
 687       String viewName = ap.getViewName();
 688       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 689       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 690       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 691       assertNotNull(groups);
 692       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 693       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 694               .getHiddenRepSequences();
 695       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 696       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 697       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 698               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 699                       .getDisplayId(true));
 700
 701       /*
 702        * verify hidden sequences in restored panel
 703        */
 704       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 705       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 706       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 707               "wrong number of restored hidden sequences in "
 708                       + ap.getViewName());
 709     }
 710   }
 711
 712   /**
 713    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 714    *
 715    * @throws Exception
 716    */
 717   @Test(groups = { "Functional" })
 718   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 719   {
 720     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 721     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 722     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 723             DataSourceType.FILE);
 724     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 725     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 726
 727     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 728     System.out.println();
 729     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 730     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 731     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 732     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 733     System.out.println("blah");
 734     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 735     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 736     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 737     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 738     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 739     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 740     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 741     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 742     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 743     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 744     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 745     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 746     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 747     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 748     Assert.assertEquals(
 749             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 750             pdbEntries[0]);
 751     Assert.assertEquals(
 752             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 753             pdbEntries[1]);
 754     Assert.assertEquals(
 755             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 756             pdbEntries[2]);
 757     Assert.assertEquals(
 758             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 759             pdbEntries[3]);
 760
 761     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 762     try
 763     {
 764       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 765     } catch (Throwable e)
 766     {
 767       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 768     }
 769     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 770     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 771     {
 772       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 773     }
 774
 775     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 776             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 777     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 778     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 779     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 780     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 781     System.out.println("blah");
 782     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 783     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 784     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 785     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 786     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 787     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 788     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 789     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 790     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 791
 792     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 793     // recoverable from a Jalview projects
 794     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 795     {
 796       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 797               .get(0);
 798       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 799       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 800               "Mismatch PDB ID");
 801       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 802               "Mismatch PDB ID");
 803       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 804               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 805       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 806               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 807     }
 808   }
 809
 810   /**
 811    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 812    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 813    * saved project.
 814    *
 815    * @throws IOException
 816    */
 817   @Test(groups = { "Functional" })
 818   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 819   {
 820     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 821     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 822             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 823
 824     AlignViewport av = af.getViewport();
 825     AlignmentI al = av.getAlignment();
 826
 827     /*
 828      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 829      */
 830     av.setColourAppliesToAllGroups(false);
 831     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 832     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 833     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 834     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 835     assertFalse(sp.isForConservation());
 836     sp.valueChanged(10);
 837     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 838     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 839     assertTrue(sp.isForConservation());
 840     sp.valueChanged(20);
 841     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 842     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 843     assertTrue(rs.conservationApplied());
 844     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 845
 846     /*
 847      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 848      * and 40% PID threshold
 849      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 850      * is at a sequence not in the group)
 851      */
 852     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 853     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 854     sg.setStartRes(15);
 855     sg.setEndRes(25);
 856     av.setSelectionGroup(sg);
 857     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 858             null);
 859     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 860             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 861     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 862     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 863     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 864     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 865     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 866     assertTrue(sp.isForConservation());
 867     sp.valueChanged(30);
 868     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 869     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 870     assertFalse(sp.isForConservation());
 871     sp.valueChanged(40);
 872     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 873     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 874     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 875
 876     /*
 877      * save project, close windows, reload project, verify
 878      */
 879     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 880             ".jvp");
 881     tfile.deleteOnExit();
 882     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 883     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 884     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 885             DataSourceType.FILE);
 886     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 887
 888     /*
 889      * verify alignment (background) colouring
 890      */
 891     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 892     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 893     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 894     assertTrue(rs.conservationApplied());
 895     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 896
 897     /*
 898      * verify group colouring
 899      */
 900     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 901     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 902             .getGroupColourScheme();
 903     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 904     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 905     assertTrue(rs.conservationApplied());
 906     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 907   }
 908
 909   /**
 910    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 911    *
 912    * @throws IOException
 913    */
 914   @Test(groups = { "Functional" })
 915   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 916   {
 917     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 918             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 919     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 920
 921     /*
 922      * add some features to the sequence
 923      */
 924     int score = 1;
 925     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 926     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 927     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 928     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 929     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 930
 931     /*
 932      * set colour schemes for features
 933      */
 934     FeatureRendererModel fr = af.getFeatureRenderer();
 935     fr.findAllFeatures(true);
 936
 937     // type1: red
 938     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 939
 940     // type2: by label
 941     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 942     byLabel.setColourByLabel(true);
 943     fr.setColour("type2", byLabel);
 944
 945     // type3: by score above threshold
 946     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 947             Color.BLUE, null, 1, 10);
 948     byScore.setAboveThreshold(true);
 949     byScore.setThreshold(2f);
 950     fr.setColour("type3", byScore);
 951
 952     // type4: by attribute AF
 953     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 954     byAF.setColourByLabel(true);
 955     byAF.setAttributeName("AF");
 956     fr.setColour("type4", byAF);
 957
 958     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 959     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 960             Color.BLUE, null, 1, 10);
 961     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 962     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 963     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 964     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 965
 966     /*
 967      * set filters for feature types
 968      */
 969
 970     // filter type1 features by (label contains "x")
 971     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 972     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 973     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 974
 975     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 976     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 977     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 978     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 979     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 980
 981     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 982     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 983     filterByXY
 984             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 985     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 986             "PolyPhen"));
 987     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 988
 989     /*
 990      * save as Jalview project
 991      */
 992     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 993     tfile.deleteOnExit();
 994     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
 995     af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview);
 996     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 997             "Failed to store as a project.");
 998
 999     /*
1000      * close current alignment and load the saved project
1001      */
1002     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1003     af = null;
1004     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
1005             DataSourceType.FILE);
1006     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
1007
1008     /*
1009      * verify restored feature colour schemes and filters
1010      */
1011     fr = af.getFeatureRenderer();
1012     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1013     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1014     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1015     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1016     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1017     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1018     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1019     assertNull(fc.getAttributeName());
1020     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1021     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1022     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1023     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1024     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1025     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1026     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1027     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1028     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1029     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1030     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1031     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1032
1033     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1034             "Label Contains x");
1035     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1036             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1037     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1038             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0)");
1039   }
1040
1041   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1042   {
1043     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1044             score, "grp");
1045     sf.setValue("AF", score);
1046     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1047     {
1048       {
1049         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1050       }
1051     });
1052     seq.addSequenceFeature(sf);
1053   }
1054
1055   /**
1056    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1057    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1058    *
1059    * @param seq
1060    * @param featureType
1061    * @param score
1062    */
1063   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1064   {
1065     addFeature(seq, featureType, score++);
1066     addFeature(seq, featureType, score);
1067   }
1068
1069   /**
1070    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1071    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1072    */
1073   @Test(groups = { "Functional" })
1074   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1075   {
1076     // simple project - two views on one alignment
1077     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1078             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1079     assertNotNull(af);
1080     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1081     verifyDs(af);
1082   }
1083
1084   /**
1085    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1086    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1087    * is a more complex project
1088    */
1089   @Test(groups = { "Functional" })
1090   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1091   {
1092     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1093
1094     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1095     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1096             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1097             DataSourceType.FILE);
1098     assertNotNull(af);
1099
1100     AlignmentI ds = null;
1101     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1102     {
1103       if (ds == null)
1104       {
1105         ds = verifyDs(alignFrame);
1106       }
1107       else
1108       {
1109         // check that this frame's dataset matches the last
1110         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1111       }
1112     }
1113   }
1114
1115   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1116   {
1117     AlignmentI ds = null;
1118     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1119     {
1120       if (ds == null)
1121       {
1122         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1123       }
1124       else
1125       {
1126         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1127                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1128       }
1129     }
1130     return ds;
1131   }
1132
1133   @Test(groups = "Functional")
1134   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1135   {
1136     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1137     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1138     // create a new tempfile
1139     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1140
1141     {
1142       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1143       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1144               DataSourceType.FILE);
1145       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1146       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1147       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1148       // create another for good measure
1149       af.newView("Not the PCA View", true);
1150       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1151               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1152       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1153       pcaPanel.run();
1154
1155       // now switch the linked view
1156       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1157
1158       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1159               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1160
1161       // now save and reload project
1162       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1163       tempfile.delete();
1164       jv2xml.saveState(tempfile);
1165       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1166               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1167     }
1168
1169     // load again.
1170     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1171     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1172             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1173     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
1174     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1175     // desktop
1176     assertEquals(frames.length, 2,
1177             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1178     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1179
1180     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1181     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1182     {
1183       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1184       {
1185         restoredNewView = alignpanel;
1186       }
1187     }
1188     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1189     assertTrue(
1190             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1191                     .getAlignViewport(),
1192             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1193   }
1194
1195   /**
1196    * Test save and reload of DBRefEntry including GeneLocus in project
1197    *
1198    * @throws Exception
1199    */
1200   @Test(groups = { "Functional" })
1201   public void testStoreAndRecoverGeneLocus() throws Exception
1202   {
1203     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1204     String seqData = ">P30419\nACDE\n>X1235\nGCCTGTGACGAA";
1205     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
1206             DataSourceType.PASTE);
1207     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1208
1209     AlignmentViewPanel ap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1210     SequenceI pep = ap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1211     SequenceI cds = ap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1212
1213     /*
1214      * give 'protein' a dbref to self, a dbref with map to CDS,
1215      * and a dbref with map to gene 'locus'
1216      */
1217     DBRefEntry dbref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P30419", null);
1218     pep.addDBRef(dbref1);
1219     Mapping cdsmap = new Mapping(cds,
1220             new MapList(new int[]
1221             { 1, 4 }, new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
1222     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "X1235", cdsmap);
1223     pep.addDBRef(dbref2);
1224     Mapping locusmap = new Mapping(null,
1225             new MapList(new int[]
1226             { 1, 4 }, new int[] { 2674123, 2674135 }, 1, 3));
1227     DBRefEntry dbref3 = new GeneLocus("human", "GRCh38", "5", locusmap);
1228     pep.addDBRef(dbref3);
1229
1230     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGeneLocus",
1231             ".jvp");
1232     try
1233     {
1234       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1235     } catch (Throwable e)
1236     {
1237       Assert.fail("Didn't save the state", e);
1238     }
1239     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1240
1241     new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1242             DataSourceType.FILE);
1243     AlignmentViewPanel rap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1244     SequenceI rpep = rap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1245     DBModList<DBRefEntry> dbrefs = rpep.getDBRefs();
1246     assertEquals(rpep.getName(), "P30419");
1247     assertEquals(dbrefs.size(), 3);
1248     DBRefEntry dbRef = dbrefs.get(0);
1249     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1250     assertNull(dbRef.getMap());
1251     assertEquals(dbRef, dbref1);
1252
1253     /*
1254      * restored dbrefs with mapping have a different 'map to'
1255      * sequence but otherwise match the original dbrefs
1256      */
1257     dbRef = dbrefs.get(1);
1258     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1259     assertTrue(dbRef.equalRef(dbref2));
1260     assertNotNull(dbRef.getMap());
1261     SequenceI rcds = rap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1262     assertSame(dbRef.getMap().getTo(), rcds);
1263     // compare MapList but not map.to
1264     assertEquals(dbRef.getMap().getMap(), dbref2.getMap().getMap());
1265
1266     /*
1267      * GeneLocus map.to is null so can compare Mapping objects
1268      */
1269     dbRef = dbrefs.get(2);
1270     assertTrue(dbRef instanceof GeneLocus);
1271     assertEquals(dbRef, dbref3);
1272   }
1273 }