test/jalview/renderer/OverviewResColourFinderTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.AlignViewport;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  32 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class OverviewResColourFinderTest
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   @Test(groups = { "Functional" })
  50   public void testGetResidueBoxColour_none()
  51   {
  52     SequenceI seq = new Sequence("name", "MA--TVLGSPRAPAFF");
  53     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  54     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  55     ResidueColourFinder rcf = new OverviewResColourFinder();
  56
  57     // gaps are grey, residues white
  58     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(true,
  59             av.getResidueShading(),
  60             null, seq, 0, null));
  61     assertEquals(Color.lightGray, rcf
  62             .getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 2,
  63                     null));
  64
  65     // unaffected by showBoxes setting
  66     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  67             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null));
  68     assertEquals(Color.lightGray, rcf.getResidueColour(false,
  69             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null));
  70   }
  71
  72   @Test(groups = { "Functional" })
  73   public void testGetResidueBoxColour_zappo()
  74   {
  75     SequenceI seq = new Sequence("name", "MAT--GSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE... + a
  76                                                             // gap
  77     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  78     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  79     ResidueColourFinder rcf = new OverviewResColourFinder();
  80     av.setGlobalColourScheme(new ZappoColourScheme());
  81
  82     // @see ResidueProperties.zappo
  83     assertEquals(Color.pink,
  84             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
  85             null, seq, 0, null)); // M
  86     assertEquals(Color.green,
  87             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
  88             null, seq, 2, null)); // T
  89     assertEquals(Color.magenta,
  90             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
  91             null, seq, 5, null)); // G
  92     assertEquals(Color.orange,
  93             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
  94             null, seq, 12, null)); // F
  95
  96     // gap colour not specified so gaps are lightGray
  97     assertEquals(Color.lightGray, rcf
  98             .getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 3,
  99                     null));
 100
 101     // unaffected by showBoxes setting
 102     assertEquals(Color.pink, rcf.getResidueColour(false,
 103             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null)); // M
 104     assertEquals(Color.green, rcf.getResidueColour(false,
 105             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null)); // T
 106     assertEquals(Color.magenta, rcf.getResidueColour(false,
 107             av.getResidueShading(), null, seq, 5, null)); // G
 108     assertEquals(Color.orange, rcf.getResidueColour(false,
 109             av.getResidueShading(), null, seq, 12, null)); // F
 110
 111     // gap colour not specified so gaps are lightGray
 112     assertEquals(Color.lightGray, rcf
 113             .getResidueColour(false, av.getResidueShading(), null, seq, 3,
 114                     null));
 115
 116   }
 117
 118   @Test(groups = { "Functional" })
 119   public void testGetResidueBoxColour_userdef()
 120   {
 121     SequenceI seq = new Sequence("name", "MAT--GSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE... + a
 122                                                             // gap
 123     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
 124     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
 125     ResidueColourFinder rcf = new OverviewResColourFinder();
 126
 127     Color[] newColours = new Color[24];
 128     for (int i = 0; i < 24; i++)
 129     {
 130       newColours[i] = null;
 131     }
 132
 133     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 134
 135     // gap colour not specified so gaps are lightGray
 136     assertEquals(Color.lightGray, rcf
 137             .getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 3,
 138                     null));
 139
 140     newColours[23] = Color.pink;
 141     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 142
 143     // gap colour specified as pink
 144     assertEquals(Color.pink, rcf.getResidueColour(true,
 145             av.getResidueShading(),
 146             null, seq, 3, null));
 147
 148     // unaffected by showBoxes setting
 149     // gap colour not specified so gaps are lightGray
 150     newColours[23] = null;
 151     assertEquals(Color.lightGray, rcf.getResidueColour(false,
 152             av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
 153
 154     newColours[23] = Color.pink;
 155     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 156
 157     // gap colour specified as pink
 158     assertEquals(Color.pink, rcf.getResidueColour(false,
 159             av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
 160   }
 161 }