test/jalview/renderer/ResidueColourFinderTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Sequence;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.AlignViewport;
  31 import jalview.gui.JvOptionPane;
  32 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  33 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  34 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  35
  36 import java.awt.Color;
  37
  38 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 public class ResidueColourFinderTest
  42 {
  43
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUpJvOptionPane()
  46   {
  47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  49   }
  50
  51   @Test(groups = { "Functional" })
  52   public void testGetResidueColour_zappo()
  53   {
  54     SequenceI seq = new Sequence("name", "MATVLGSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE...
  55     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  56     final AlignViewportI av = new AlignViewport(al);
  57     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
  58     av.setGlobalColourScheme(new ZappoColourScheme());
  59
  60     // @see ResidueProperties.zappo
  61     assertEquals(Color.pink,
  62             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 0,
  63                     null)); // M
  64     assertEquals(Color.green,
  65             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 2,
  66                     null)); // T
  67     assertEquals(Color.magenta,
  68             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq, 5,
  69                     null)); // G
  70     assertEquals(Color.orange,
  71             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(), null, seq,
  72                     12,
  73                     null)); // F
  74
  75     // everything is white if showBoxes is false
  76     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  77             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null)); // M
  78     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  79             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null)); // T
  80     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  81             av.getResidueShading(), null, seq, 5, null)); // G
  82     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  83             av.getResidueShading(), null, seq, 12, null)); // F
  84   }
  85
  86   @Test(groups = { "Functional" })
  87   public void testGetResidueColour_none()
  88   {
  89     SequenceI seq = new Sequence("name", "MA--TVLGSPRAPAFF");
  90     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  91     final AlignViewportI av = new AlignViewport(al);
  92     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
  93
  94     assertEquals(Color.white,
  95             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
  96             null, seq, 0, null));
  97     assertEquals(Color.white,
  98             rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
  99             null, seq, 2, null));
 100
 101     // no change if showBoxes is false
 102     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
 103             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null));
 104     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
 105             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null));
 106   }
 107
 108   @Test(groups = { "Functional" })
 109   public void testGetResidueColour_userdef()
 110   {
 111     SequenceI seq = new Sequence("name", "MAT--GSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE... + a
 112                                                             // gap
 113     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
 114     final AlignViewportI av = new AlignViewport(al);
 115     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
 116
 117     Color[] newColours = new Color[24];
 118     for (int i = 0; i < 24; i++)
 119     {
 120       newColours[i] = null;
 121     }
 122
 123     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 124
 125     // gap colour not specified so gap colour is null
 126     // this is consistent with previous behaviour, but may not be correct?
 127     assertEquals(null, rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
 128             null, seq, 3, null));
 129
 130     newColours[23] = Color.pink;
 131     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 132
 133     // gap colour specified as pink
 134     assertEquals(Color.pink, rcf.getResidueColour(true,
 135             av.getResidueShading(),
 136             null, seq, 3, null));
 137
 138     // everything is white if showBoxes is false
 139     newColours[23] = null;
 140     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
 141             av.getResidueShading(),
 142             null, seq, 3, null));
 143
 144     newColours[23] = Color.pink;
 145     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 146
 147     // gap colour specified as pink
 148     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
 149             av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
 150   }
 151
 152   // TODO more tests for getResidueColour covering groups, feature rendering...
 153 }