test/jalview/schemes/Blosum62ColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import java.awt.Color;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class Blosum62ColourSchemeTest
  10 {
  11   /**
  12    * Test the method that determines colour as:
  13    * <ul>
  14    * <li>white if there is no consensus</li>
  15    * <li>white if 'residue' is a gap</li>
  16    * <li>dark blue if residue matches consensus (or joint consensus)</li>
  17    * <li>else, total the residue's Blosum score with the consensus
  18    * residue(s)</li>
  19    * <ul>
  20    * <li>if positive, light blue, else white</li>
  21    * </ul>
  22    * <ul>
  23    */
  24   @Test(groups = "Functional")
  25   public void testFindColour()
  26   {
  27     ColourSchemeI blosum = new Blosum62ColourScheme();
  28     Color lightBlue = new Color(204, 204, 255);
  29     Color darkBlue = new Color(154, 154, 255);
  30
  31     /*
  32      * findColour does not use column, sequence or pid score
  33      * we assume consensus residue is computed as upper case
  34      */
  35     assertEquals(blosum.findColour('A', 0, null, "A", 0f), darkBlue);
  36     assertEquals(blosum.findColour('a', 0, null, "A", 0f), darkBlue);
  37
  38     /*
  39      * L has a Blosum score of
  40      * -1 with A
  41      * -4 with B
  42      * 0 with F
  43      * 2 with I
  44      * -1 with T
  45      * 1 with V
  46      * etc
  47      */
  48     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "A", 0f), Color.white); // -1
  49     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "B", 0f), Color.white); // -4
  50     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "F", 0f), Color.white); // 0
  51     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "I", 0f), lightBlue); // 2
  52     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "TV", 0f), Color.white); // 0
  53     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IV", 0f), lightBlue); // 3
  54     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IT", 0f), lightBlue); // 1
  55     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IAT", 0f), Color.white); // 0
  56   }
  57 }