test/jalview/schemes/Blosum62ColourSchemeTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 public class Blosum62ColourSchemeTest
  30 {
  31   /**
  32    * Test the method that determines colour as:
  33    * <ul>
  34    * <li>white if there is no consensus</li>
  35    * <li>white if 'residue' is a gap</li>
  36    * <li>dark blue if residue matches consensus (or joint consensus)</li>
  37    * <li>else, total the residue's Blosum score with the consensus
  38    * residue(s)</li>
  39    * <ul>
  40    * <li>if positive, light blue, else white</li>
  41    * </ul>
  42    * <ul>
  43    */
  44   @Test(groups = "Functional")
  45   public void testFindColour()
  46   {
  47     ColourSchemeI blosum = new Blosum62ColourScheme();
  48     Color lightBlue = new Color(204, 204, 255);
  49     Color darkBlue = new Color(154, 154, 255);
  50
  51     /*
  52      * findColour does not use column, sequence or pid score
  53      * we assume consensus residue is computed as upper case
  54      */
  55     assertEquals(blosum.findColour('A', 0, null, "A", 0f), darkBlue);
  56     assertEquals(blosum.findColour('a', 0, null, "A", 0f), darkBlue);
  57
  58     /*
  59      * L has a Blosum score of
  60      * -1 with A
  61      * -4 with B
  62      * 0 with F
  63      * 2 with I
  64      * -1 with T
  65      * 1 with V
  66      * etc
  67      */
  68     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "A", 0f), Color.white); // -1
  69     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "B", 0f), Color.white); // -4
  70     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "F", 0f), Color.white); // 0
  71     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "I", 0f), lightBlue); // 2
  72     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "TV", 0f), Color.white); // 0
  73     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IV", 0f), lightBlue); // 3
  74     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IT", 0f), lightBlue); // 1
  75     assertEquals(blosum.findColour('L', 0, null, "IAT", 0f), Color.white); // 0
  76   }
  77 }