test/jalview/schemes/BuriedColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import java.awt.Color;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class BuriedColourSchemeTest
  10 {
  11   /**
  12    * Turn colours are based on the scores in ResidueProperties.buried A = 1.7, R
  13    * = 0.1, N = 0.4, D = 0.4... min = 0.05 max = 4.6
  14    * <p>
  15    * scores are scaled to c 0-1 between min and max and colour is (0, 1-c, c)
  16    */
  17   @Test(groups = "Functional")
  18   public void testFindColour()
  19   {
  20     ScoreColourScheme scheme = new BuriedColourScheme();
  21
  22     float min = 0.05f;
  23     float max = 4.6f;
  24     float a = (1.7f - min) / (max - min);
  25     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null), new Color(0, 1 - a, a));
  26
  27     float d = (0.4f - min) / (max - min);
  28     assertEquals(scheme.findColour('D', 0, null), new Color(0, 1 - d, d));
  29
  30     assertEquals(scheme.findColour('-', 0, null), Color.WHITE);
  31   }
  32
  33 }