test/jalview/schemes/ClustalxColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.gui.AlignFrame;
   7 import jalview.io.DataSourceType;
   8 import jalview.io.FileLoader;
   9
  10 import java.awt.Color;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class ClustalxColourSchemeTest
  15 {
  16   // @formatter:off
  17   private static final String FASTA =
  18           ">seq1\nAAANNNRQ\n" +
  19           ">seq2\nAAANNNRQ\n" +
  20           ">seq3\nAAANNNRQ\n" +
  21           ">seq4\nAAANNNRQ\n" +
  22           ">seq5\nAAANYYKQ\n" +
  23           ">seq6\nAAANYYKQ\n" +
  24           ">seq7\nAVKWYYKQ\n" +
  25           ">seq8\nKKKWYYQQ\n" +
  26           ">seq9\nKKKWWYQQ\n" +
  27           ">seq0\nKKKWWWQW\n";
  28   // @formatter:on
  29
  30   @Test(groups = "Functional")
  31   public void testFindColour()
  32   {
  33     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(FASTA,
  34             DataSourceType.PASTE);
  35     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
  36     ClustalxColourScheme cs = new ClustalxColourScheme(al, null);
  37
  38     /*
  39      * column 1 is 70% A which is above Clustalx threshold of 60%
  40      */
  41     Color clustalBlue = new Color(0.5f, 0.7f, 0.9f);
  42     assertEquals(cs.findColour('A', 0, al.getSequenceAt(0)), clustalBlue);
  43
  44     /*
  45      * column 2 is 70% A or V which is above Clustalx threshold for group
  46      */
  47     assertEquals(cs.findColour('A', 0, al.getSequenceAt(1)), clustalBlue);
  48
  49     /*
  50      * column 3 is 60% A which is not above Clustalx threshold
  51      * the Ks in the other rows are not in the same Clustalx group
  52      */
  53     assertEquals(cs.findColour('A', 2, al.getSequenceAt(1)), Color.white);
  54
  55     /*
  56      * column 4 is 60% N which is above Clustalx threshold of 50%
  57      */
  58     Color clustalGreen = new Color(0.1f, 0.8f, 0.1f);
  59     assertEquals(cs.findColour('N', 3, al.getSequenceAt(1)), clustalGreen);
  60
  61     /*
  62      * column 5 is 40% N and 40% Y which fails to pass the threshold of
  63      * 50% N or 85% either
  64      */
  65     assertEquals(cs.findColour('N', 4, al.getSequenceAt(1)), Color.white);
  66
  67     /*
  68      * column 6 is 40% N and 50% Y which fails to pass the threshold of
  69      * 85% for either
  70      */
  71     assertEquals(cs.findColour('N', 5, al.getSequenceAt(1)), Color.white);
  72
  73     /*
  74      * column 7 is 40% R and 30% K which combine to make > 60%
  75      */
  76     Color clustalRed = new Color(0.9f, 0.2f, 0.1f);
  77     assertEquals(cs.findColour('R', 6, al.getSequenceAt(1)), clustalRed);
  78     assertEquals(cs.findColour('K', 6, al.getSequenceAt(7)), clustalRed);
  79
  80     /*
  81      * column 8 is >85% Q which qualifies K and R to be red
  82      */
  83     assertEquals(cs.findColour('R', 7, al.getSequenceAt(1)), clustalRed);
  84     assertEquals(cs.findColour('K', 7, al.getSequenceAt(1)), clustalRed);
  85
  86     // TODO more test cases; check if help documentation matches implementation
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Test for colour calculation when the consensus percentage ignores gapped
  91    * sequences
  92    */
  93   @Test(groups = "Functional")
  94   public void testFindColour_ignoreGaps()
  95   {
  96     /*
  97      * CCC
  98      * CCC
  99      * -CC
 100      * first column is 66% C (blue) including gaps
 101      * or 100% C ignoring gaps
 102      */
 103     String fasta = ">seq1\nCCC\n>seq2\nccc\n>seq3\n-CC\n";
 104     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(fasta,
 105             DataSourceType.PASTE);
 106     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
 107     ClustalxColourScheme cs = new ClustalxColourScheme(al, null);
 108
 109     /*
 110      * column 1 is 66% C which is above Clustalx threshold of 60%
 111      */
 112     Color clustalBlue = ClustalxColourScheme.ClustalColour.BLUE.colour;
 113     assertEquals(cs.findColour('C', 0, al.getSequenceAt(0)), clustalBlue);
 114
 115     /*
 116      * set directly to ignore gaps
 117      */
 118     cs.setIncludeGaps(false);
 119     Color clustalPink = ClustalxColourScheme.ClustalColour.PINK.colour;
 120     assertEquals(cs.findColour('C', 0, al.getSequenceAt(0)), clustalPink);
 121
 122     /*
 123      * set ignore gaps on the viewport...
 124      */
 125     cs.setIncludeGaps(true);
 126     assertEquals(cs.findColour('C', 0, al.getSequenceAt(0)), clustalBlue);
 127     af.getViewport().setIgnoreGapsConsensus(true, af.alignPanel);
 128     // next test fails: colour scheme does not read ignore gaps flag from
 129     // viewport
 130     // assertEquals(cs.findColour('C', 0, al.getSequenceAt(0)), clustalPink);
 131   }
 132 }