test/jalview/schemes/CollectionColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.analysis.Conservation;
   8 import jalview.datamodel.Profile;
   9 import jalview.datamodel.ProfileI;
  10 import jalview.datamodel.Profiles;
  11 import jalview.datamodel.Sequence;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13
  14 import java.awt.Color;
  15 import java.util.Collections;
  16
  17 import org.testng.annotations.Test;
  18
  19 public class CollectionColourSchemeTest
  20 {
  21
  22   @Test(groups = "Functional")
  23   public void testAboveThreshold()
  24   {
  25     /*
  26      * make up profiles for this alignment:
  27      * AR-Q
  28      * AR--
  29      * SR-T
  30      * SR-T
  31      */
  32     ProfileI[] profiles = new ProfileI[4];
  33     profiles[0] = new Profile(4, 0, 2, "AS");
  34     profiles[1] = new Profile(4, 0, 4, "R");
  35     profiles[2] = new Profile(4, 4, 0, "");
  36     profiles[3] = new Profile(4, 1, 2, "T");
  37     CollectionColourScheme ccs = new CollectionColourScheme(
  38             new PIDColourScheme());
  39     ccs.setConsensus(new Profiles(profiles));
  40
  41     /*
  42      * no threshold
  43      */
  44     ccs.setThreshold(0, true);
  45     assertTrue(ccs.aboveThreshold('a', 0));
  46     assertTrue(ccs.aboveThreshold('S', 0));
  47     assertTrue(ccs.aboveThreshold('W', 0));
  48     assertTrue(ccs.aboveThreshold('R', 1));
  49     assertTrue(ccs.aboveThreshold('W', 2));
  50     assertTrue(ccs.aboveThreshold('t', 3));
  51     assertTrue(ccs.aboveThreshold('Q', 3));
  52
  53     /*
  54      * with threshold, include gaps
  55      */
  56     ccs.setThreshold(60, false);
  57     assertFalse(ccs.aboveThreshold('a', 0));
  58     assertFalse(ccs.aboveThreshold('S', 0));
  59     assertTrue(ccs.aboveThreshold('R', 1));
  60     assertFalse(ccs.aboveThreshold('W', 2));
  61     assertFalse(ccs.aboveThreshold('t', 3)); // 50% < 60%
  62
  63     /*
  64      * with threshold, ignore gaps
  65      */
  66     ccs.setThreshold(60, true);
  67     assertFalse(ccs.aboveThreshold('a', 0));
  68     assertFalse(ccs.aboveThreshold('S', 0));
  69     assertTrue(ccs.aboveThreshold('R', 1));
  70     assertFalse(ccs.aboveThreshold('W', 2));
  71     assertTrue(ccs.aboveThreshold('t', 3)); // 67% > 60%
  72   }
  73
  74   /**
  75    * Test colour bleaching based on conservation score and conservation slider.
  76    * Scores of 10 or 11 should leave colours unchanged. Gap is always white.
  77    */
  78   @Test(groups = "Functional")
  79   public void testApplyConservation()
  80   {
  81     CollectionColourScheme ccs = new CollectionColourScheme(
  82             new PIDColourScheme());
  83
  84     // no conservation present - no fading
  85     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 12));
  86
  87     /*
  88      * stub Conservation to return a given consensus string
  89      */
  90     final String consSequence = "0123456789+*-";
  91     Conservation cons = new Conservation(null,
  92             Collections.<SequenceI> emptyList(), 0, 0)
  93     {
  94       @Override
  95       public SequenceI getConsSequence() {
  96         return new Sequence("seq", consSequence);
  97       }
  98     };
  99     ccs.setConservation(cons);
 100
 101     // column out of range:
 102     assertEquals(Color.RED,
 103             ccs.applyConservation(Color.RED, consSequence.length()));
 104
 105     /*
 106      * with 100% threshold, 'fade factor' is
 107      * (11-score)/10 * 100/20 = (11-score)/2
 108      * which is >= 1 for all scores i.e. all fade to white except +, *
 109      */
 110     ccs.setConservationInc(100);
 111     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 0));
 112     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 1));
 113     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 2));
 114     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 3));
 115     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 4));
 116     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 5));
 117     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 6));
 118     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 7));
 119     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 8));
 120     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 9));
 121     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 10));
 122     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 11));
 123     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 12));
 124
 125     /*
 126      * with 0% threshold, there should be no fading
 127      */
 128     ccs.setConservationInc(0);
 129     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 0));
 130     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 1));
 131     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 2));
 132     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 3));
 133     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 4));
 134     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 5));
 135     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 6));
 136     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 7));
 137     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 8));
 138     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 9));
 139     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 10));
 140     assertEquals(Color.RED, ccs.applyConservation(Color.RED, 11));
 141     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(Color.RED, 12)); // gap
 142
 143     /*
 144      * with 40% threshold, 'fade factor' is
 145      * (11-score)/10 * 40/20 = (11-score)/5
 146      * which is {>1, >1, >1, >1, >1, >1, 1, 0.8, 0.6, 0.4} for score 0-9
 147      * e.g. score 7 colour fades 80% of the way to white (255, 255, 255)
 148      */
 149     ccs.setConservationInc(40);
 150     Color colour = new Color(155, 105, 55);
 151     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 0));
 152     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 1));
 153     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 2));
 154     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 3));
 155     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 4));
 156     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 5));
 157     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 6));
 158     assertEquals(new Color(235, 225, 215), ccs.applyConservation(colour, 7));
 159     assertEquals(new Color(215, 195, 175), ccs.applyConservation(colour, 8));
 160     assertEquals(new Color(195, 165, 135), ccs.applyConservation(colour, 9));
 161     assertEquals(colour, ccs.applyConservation(colour, 10));
 162     assertEquals(colour, ccs.applyConservation(colour, 11));
 163     assertEquals(Color.WHITE, ccs.applyConservation(colour, 12));
 164   }
 165
 166 }