test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import java.util.Map;
  26
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 public class DnaCodonTests
  30 {
  31
  32   @Test(groups = { "Functional" })
  33   public void testAmbiguityCodeGeneration()
  34   {
  35     assertTrue(ResidueProperties.ambiguityCodes.size() > 0);
  36   }
  37
  38   @Test(groups = { "Functional" })
  39   public void testAmbiguityCodon()
  40   {
  41     for (String ac : ResidueProperties.ambiguityCodes.keySet())
  42     {
  43       assertTrue("Couldn't resolve GGN as glycine codon",
  44               ResidueProperties.codonHash2.get("GG" + ac).equals("G"));
  45     }
  46   }
  47
  48   @Test(groups = { "Functional" })
  49   public void regenerateCodonTable()
  50   {
  51     for (Map.Entry<String, String> codon : ResidueProperties.codonHash2
  52             .entrySet())
  53     {
  54       System.out.println("ResidueProperties.codonHash2.set(\""
  55               + codon.getKey() + "\", \"" + codon.getValue() + "\");");
  56     }
  57   }
  58
  59   @Test(groups = { "Functional" })
  60   public void checkOldCodonagainstNewCodonTable()
  61   {
  62     // note - this test will be removed once the old codon table (including
  63     // Vectors) is removed
  64     String additional = "", failtrans = "", differentTr = "";
  65     for (String amacid : ResidueProperties.codonHash.keySet())
  66     {
  67       for (String codon : ResidueProperties.codonHash.get(amacid))
  68       {
  69         String trans = ResidueProperties.codonTranslate(codon);
  70         String oldtrans = ResidueProperties._codonTranslate(codon);
  71         if (trans == null)
  72         {
  73           additional += "\nOld translation table includes additional codons for "
  74                   + amacid + " : " + codon;
  75         }
  76         if (oldtrans == null)
  77         {
  78           failtrans += ("\nold translation routine failed for old translation entry (aa was "
  79                   + amacid + " codon was " + codon + ")");
  80         }
  81         if (!oldtrans.equals(trans))
  82         {
  83           differentTr += ("\nDifferent translation for old and new routines: "
  84                   + amacid
  85                   + " "
  86                   + codon
  87                   + " => expected "
  88                   + oldtrans
  89                   + " and got " + trans);
  90         }
  91       }
  92     }
  93     assertTrue("" + additional + "\n" + failtrans + "\n" + differentTr,
  94             additional.length() == 0 && failtrans.length() == 0
  95                     && differentTr.length() == 0);
  96   }
  97 }