test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.util.Map;
  12 import java.util.Vector;
  13
  14 import org.junit.AfterClass;
  15 import org.junit.BeforeClass;
  16 import org.junit.Test;
  17
  18 public class DnaCodonTests
  19 {
  20
  21   @Test
  22   public void testAmbiguityCodeGeneration()
  23   {
  24     assertTrue(ResidueProperties.ambiguityCodes.size()>0);
  25   }
  26   @Test
  27   public void testAmbiguityCodon() {
  28     for (String ac:ResidueProperties.ambiguityCodes.keySet())
  29     {
  30       assertTrue("Couldn't resolve GGN as glycine codon",ResidueProperties.codonHash2.get("GG"+ac).equals("G"));
  31     }
  32   }
  33   @Test
  34   public void regenerateCodonTable() {
  35     for (Map.Entry<String, String> codon:ResidueProperties.codonHash2.entrySet())
  36     {
  37       System.out.println("ResidueProperties.codonHash2.set(\""+codon.getKey()+"\", \""+codon.getValue()+"\");");
  38     }
  39   }
  40   @Test
  41   public void checkOldCodonagainstNewCodonTable() {
  42     // note - this test will be removed once the old codon table (including Vectors) is removed
  43     String additional="",failtrans="",differentTr="";
  44     for (Object aa:ResidueProperties.codonHash.keySet())
  45     {
  46       String amacid=(String) aa;
  47       for (Object codons:((Vector)ResidueProperties.codonHash.get(amacid)))
  48       {
  49         String codon = (String) codons;
  50         String trans = ResidueProperties.codonTranslate(codon);
  51         String oldtrans = ResidueProperties._codonTranslate(codon);
  52         if (trans==null) {
  53           additional+="\nOld translation table includes additional codons for "+amacid+" : "+codon;
  54         }
  55         if (oldtrans==null) {
  56           failtrans+=("\nold translation routine failed for old translation entry (aa was "+amacid+" codon was "+codon+")");
  57         }
  58         if (!oldtrans.equals(trans))
  59         {
  60           differentTr+=("\nDifferent translation for old and new routines: "+amacid+" "+codon+" => expected "+oldtrans+" and got "+trans);
  61         }
  62       }
  63     }
  64     assertTrue(""+additional+"\n"+failtrans+"\n"+differentTr,additional.length()==0 && failtrans.length()==0 && differentTr.length()==0);
  65   }
  66 }