test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import static org.junit.Assert.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.util.Map;
  30 import java.util.Vector;
  31
  32 import org.junit.AfterClass;
  33 import org.junit.BeforeClass;
  34 import org.junit.Test;
  35
  36 public class DnaCodonTests
  37 {
  38
  39   @Test
  40   public void testAmbiguityCodeGeneration()
  41   {
  42     assertTrue(ResidueProperties.ambiguityCodes.size()>0);
  43   }
  44   @Test
  45   public void testAmbiguityCodon() {
  46     for (String ac:ResidueProperties.ambiguityCodes.keySet())
  47     {
  48       assertTrue("Couldn't resolve GGN as glycine codon",ResidueProperties.codonHash2.get("GG"+ac).equals("G"));
  49     }
  50   }
  51   @Test
  52   public void regenerateCodonTable() {
  53     for (Map.Entry<String, String> codon:ResidueProperties.codonHash2.entrySet())
  54     {
  55       System.out.println("ResidueProperties.codonHash2.set(\""+codon.getKey()+"\", \""+codon.getValue()+"\");");
  56     }
  57   }
  58   @Test
  59   public void checkOldCodonagainstNewCodonTable() {
  60     // note - this test will be removed once the old codon table (including Vectors) is removed
  61     String additional="",failtrans="",differentTr="";
  62     for (Object aa:ResidueProperties.codonHash.keySet())
  63     {
  64       String amacid=(String) aa;
  65       for (Object codons:((Vector)ResidueProperties.codonHash.get(amacid)))
  66       {
  67         String codon = (String) codons;
  68         String trans = ResidueProperties.codonTranslate(codon);
  69         String oldtrans = ResidueProperties._codonTranslate(codon);
  70         if (trans==null) {
  71           additional+="\nOld translation table includes additional codons for "+amacid+" : "+codon;
  72         }
  73         if (oldtrans==null) {
  74           failtrans+=("\nold translation routine failed for old translation entry (aa was "+amacid+" codon was "+codon+")");
  75         }
  76         if (!oldtrans.equals(trans))
  77         {
  78           differentTr+=("\nDifferent translation for old and new routines: "+amacid+" "+codon+" => expected "+oldtrans+" and got "+trans);
  79         }
  80       }
  81     }
  82     assertTrue(""+additional+"\n"+failtrans+"\n"+differentTr,additional.length()==0 && failtrans.length()==0 && differentTr.length()==0);
  83   }
  84 }