test/jalview/schemes/FeatureColourTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   8
   9 import java.awt.Color;
  10
  11 import org.testng.annotations.Test;
  12
  13 public class FeatureColourTest
  14 {
  15   @Test(groups = { "Functional" })
  16   public void testIsColored_simpleColour()
  17   {
  18     FeatureColour fc = new FeatureColour(Color.RED);
  19     assertTrue(fc.isColored(new SequenceFeature()));
  20   }
  21
  22   @Test(groups = { "Functional" })
  23   public void testIsColored_colourByLabel()
  24   {
  25     FeatureColour fc = new FeatureColour();
  26     fc.setColourByLabel(true);
  27     assertTrue(fc.isColored(new SequenceFeature()));
  28   }
  29
  30   @Test(groups = { "Functional" })
  31   public void testIsColored_aboveThreshold()
  32   {
  33     // graduated colour range from score 20 to 100
  34     FeatureColour fc = new FeatureColour(Color.WHITE, Color.BLACK, 20f,
  35             100f);
  36
  37     // score 0 is adjusted to bottom of range
  38     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("type", "desc", 0, 20, 0f,
  39             null);
  40     assertTrue(fc.isColored(sf));
  41     assertEquals(Color.WHITE, fc.getColor(sf));
  42
  43     // score 120 is adjusted to top of range
  44     sf.setScore(120f);
  45     assertEquals(Color.BLACK, fc.getColor(sf));
  46
  47     // value below threshold is still rendered
  48     // setting threshold has no effect yet...
  49     fc.setThreshold(60f);
  50     sf.setScore(36f);
  51     assertTrue(fc.isColored(sf));
  52     assertEquals(new Color(204, 204, 204), fc.getColor(sf));
  53
  54     // now apply threshold:
  55     fc.setAboveThreshold(true);
  56     assertFalse(fc.isColored(sf));
  57     // colour is still returned though ?!?
  58     assertEquals(new Color(204, 204, 204), fc.getColor(sf));
  59
  60     sf.setScore(84); // above threshold now
  61     assertTrue(fc.isColored(sf));
  62     assertEquals(new Color(51, 51, 51), fc.getColor(sf));
  63   }
  64
  65   @Test(groups = { "Functional" })
  66   public void testGetColor_simpleColour()
  67   {
  68     FeatureColour fc = new FeatureColour(Color.RED);
  69     assertEquals(Color.RED, fc.getColor(new SequenceFeature()));
  70   }
  71
  72   @Test(groups = { "Functional" })
  73   public void testGetColor_colourByLabel()
  74   {
  75     FeatureColour fc = new FeatureColour();
  76     fc.setColourByLabel(true);
  77     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("type", "desc", 0, 20, 1f,
  78             null);
  79     Color expected = UserColourScheme.createColourFromName("desc");
  80     assertEquals(expected, fc.getColor(sf));
  81   }
  82
  83   @Test(groups = { "Functional" })
  84   public void testGetColor_Graduated()
  85   {
  86     // graduated colour from score 0 to 100, gray(128, 128, 128) to red(255, 0, 0)
  87     FeatureColour fc = new FeatureColour(Color.GRAY, Color.RED, 0f, 100f);
  88     // feature score is 75 which is 3/4 of the way from GRAY to RED
  89     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("type", "desc", 0, 20, 75f,
  90             null);
  91     // the colour gradient is computed in float values from 0-1 (where 1 == 255)
  92     float red = 128 / 255f + 3 / 4f * (255 - 128) / 255f;
  93     float green = 128 / 255f + 3 / 4f * (0 - 128) / 255f;
  94     float blue = 128 / 255f + 3 / 4f * (0 - 128) / 255f;
  95     Color expected = new Color(red, green, blue);
  96     assertEquals(expected, fc.getColor(sf));
  97   }
  98
  99   @Test(groups = { "Functional" })
 100   public void testGetColor_belowThreshold()
 101   {
 102     // gradient from [50, 150] from WHITE(255, 255, 255) to BLACK(0, 0, 0)
 103     FeatureColour fc = new FeatureColour(Color.WHITE, Color.BLACK, 50f,
 104             150f);
 105     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("type", "desc", 0, 20, 70f,
 106             null);
 107     fc.setThreshold(100f); // ignore for now
 108     assertTrue(fc.isColored(sf));
 109     assertEquals(new Color(204, 204, 204), fc.getColor(sf));
 110
 111     fc.setAboveThreshold(true); // feature lies below threshold
 112     assertFalse(fc.isColored(sf));
 113     assertEquals(new Color(204, 204, 204), fc.getColor(sf));
 114   }
 115 }